Rational design of highly active sgRNAs for CRISPR-Cas9–mediated gene inactivation

書誌情報

一言でいうと

CRISPR/Cas9のオンターゲット効果を解析するため，大規模スクリーニング実験により活性を向上させる配列特徴を発見した．さらにsgRNAの活性予測モデルを作成した．

論文リンク

著者

John G Doench, Ella Hartenian, Daniel B Graham, Zuzana Tothova, Mudra Hegde, Ian Smith, Meagan Sullender, Benjamin L Ebert, Ramnik J Xavier & David E Root

ジャーナル/会議名

Nature Biotechnology

出版日(yyyy/MM/dd)

2014/09/03

概要

結果

一塩基のミスマッチは5’側であれば許容される
発現していないエクソンには活性があるターゲットが存在しないことがある
C’末端に近い部分を標的とするsgRNAの活性が低下
CDSが標的部位として適するが，クロマチン状態も考慮する必要がある
ノンコーディング領域・3’, 5’UTRは活性が低い
GC含量が多すぎ・小さすぎの配列は活性が低い
PAM配列の前の20位はGが強く好まれる，Cは好まれない
16位はCが好まれ，Gは好まれない
sgRNAの中間はAが好まれる
3位ではシトシンが好まれない

NagiYoshitsugu / JC

Rational design of highly active sgRNAs for CRISPR-Cas9–mediated gene inactivation #9

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ジャーナル/会議名

出版日(yyyy/MM/dd)

概要

結果