Uploader le fichier tsv

[Anne-LDS]

L'occasion de tester le GitHub !

On a essayé avec Marine la semaine dernière de charger le fichier tsv obtenu via IMGT pour un de ses samples. Mais le site demande un fichier .zip. Si on essaie de charger quand même un fichier tsv il est indiqué "provide a readable zip file". Je crois que Marine a essayé de zipper le tsv mais que ça n'a pas fonctionné.

Quelle est exactement la marche à suivre ? Ne faudrait-il pas être un peu plus précis sur la page d'accueil ?

[marine-armand]

Si en fait ça a fonctionné !! j'ai compressé le fichier tsv de sortie de High-VQuest pour avoir un tsv.zip et c'est bon. En revanche depuis chez moi, je n'ai pas accès à toute la page de résultat, si je scroll down la suite des clonotypes ne s'affiche pas par ex; il faut utiliser un navigateur particulier ? j’étais sur Chrome

[NikaAb]

Salut @marine-armand, Merci pour la remarque, effectivement c'est très important à étudier les compatibilités. Je n'ai pas de Chrome et je n'ai pas pu le testé, mais sur Firefox et Safari, je n'ai pas rencontré des problèmes.

[LucileJeusset]

Merci pour vos retours @Anne-LDS et @marine-armand. Oui il faut zipper le fichier tsv obtenu par IMGT parce que les fichiers sont trop lourds à charger. Je vais l'indiquer plus clairement sur la page d'accueil. Normalement il n'y a pas besoin d'utiliser un navigateur particulier. C'est le tableau contenant les informations des clonotypes d'un clone qui ne s'affiche pas? Je n'ai pas retrouvé ce problème par contre, j'ai bien un problème d'affichage sur vos données avec Firefox et Chrome : sur les deux arbres ils n'y a pas la couleur des noeuds, les séquences et les distances ne s'affichent pas sur la deuxième page. Est-ce que vous avez le même résultat?

[marine-armand]

Oui @LucileJeusset, pas de couleurs sur la 2e page, pour les sequences et les distances je ne me souviens pas exactement mais c etait comme si toutes les donnees n etaient pas chargees sur la page...

[LucileJeusset]

Merci @marine-armand, le problème était lié aux identifiants des séquences. J'ai fait des modifications la page doit s'afficher normalement maintenant. J'ai testé de mon coté ça fonctionne.

[marine-armand]

Super @LucileJeusset , ca fonctionne avec les couleurs maintenant !

Question pour toi ou peut être pour @NikaAb : quand je regarde le patient "sppa", le clone C1 a pour CDR3 'TRANCSSTSCPNW*P' et quand je clique pour avoir les sous clones de C1, je ne retrouve pas cette séquence de CDR3 (C1-1, C1-2 etc ont tous des CDR3 sans codons stop). Any thoughts ?

merci!!

[LucileJeusset]

Merci @marine-armand, il y avait bien une erreur. Le CDR3 'TRANCSSTSCPNW*P' correspond au CDR3 du clonotype le moins abondant du clone 1 (C1-2278). J'ai corrigé maintenant on a bien le CDR3 du clonotype majeur de chacun des clones qui apparaît sur la 1er page.

[marine-armand]

@NikaAb @LucileJeusset j’ai essayé d uploader plusieurs patients, la visualisation est top, tout semble fonctionner. Le seul probleme c est que depuis le PC de l’hopital, il ne doit pas y avoir le bon outil pour dezipper le fichier de sortie IMGT. Depuis mon Mac perso, aucun probleme, mais il y a qd meme une serie d operations à effectuer 1) telecharger le .txz depuis IGMT; 2) dezipper 3) rezipper le fichier tsv 4)uploader dans vicod Y a t il plus simple? Merci

[Anne-LDS]

Je n'ai pas compris pour l'instant où se trouve le problème mais effectivement je n'arrive pas non plus à uploader le tsv.zip depuis mon PC à l'hôpital. Le message d'erreur dit que ce n'est pas le format attendu. J'arrive à décompresser le .txz d'IMGT depuis windows avec WiniRar ou bien en ligne de commande sur ubuntu. J'ai essayé de zipper le tsv depuis windows ou ubuntu... j'ai toujours le même message d'erreur (le même que Marine quand elle essaie depuis son PC). Une idée ?

Je n'ai pas essayé d'accéder à l'outil depuis ubuntu.
On n'a pas essayé avec un fichier tsv.zip du mac de l'uploader depuis le PC...

[marine-armand]

Si ! ca marche

[Anne-LDS]

Qu'est ce qui marche ? Le fichier téléchargé et rezippé depuis le mac, que tu utilises ensuite sur le PC ?

[marine-armand]

oui !

[marine-armand]

Hello, Il y a un bug avec un patient, http://genome.lcqb.upmc.fr/ViCoD/clonotype.php Impossible de voir la page Intraclonal Study (j’ai essayé plusieurs fois) @LucileJeusset tu me confirmes que chez toi non plus rien ne s affiche? Merci

[LucileJeusset]

Merci @marine-armand. Oui je confirme la page Intraclonal Study s'affiche uniquement pour les clones C2, C3 et C5. L'arbre avec les 30 clonotypes n'a pas été généré pour le clone C1 de ce patient. Je vais regarder d'où vient le problème.

[marine-armand]

Bonjour ! J ai chargé bcp de sequences dans vicod, avec quelques difficultés, bcp de messages d erreur (possible que le reseau de l hopital bloque les gros fichiers 3 fois sur 4). Il me reste 4 ou 5 patients que je n arrive pas du tout a uploader. @NikaAb Si vous avez besoin de « faire de la place », vous pouvez supprimer mes donnees, j ai tout telechargé. bonne journee !

[marine-armand]

Bonjour, @LucileJeusset je sais que tu étais en vacances (j'espère que c'était bien !), mais juste pour dire que je suis toujours bloquée avec les problèmes dont on a parlé plus tot (upload des derniers patients impossible et toujours une page qui manque pour l'échantillon http://genome.lcqb.upmc.fr/ViCoD/clonotype.php) Si tu peux faire qq chose ... merci, marine

[LucileJeusset]

Bonjour @marine-armand, Oui j'ai noté les différents problèmes que tu as eus. Les problèmes d'upload des derniers patients et de la page manquante sont liés au pipeline. J'essaie de régler cela au plus vite. Je te tiens au courant.

[NikaAb]

Bonjour @LucileJeusset , @marine-armand Le problème de la page manquante est liée aux identifiants #8 qui ne sont pas formater correctement si je ne me trompe pas, je vais probablement avoir du temps demain pour le regler. @LucileJeusset Est ce que le problem d'upload est toujours liés aux identifiants ou c'est un autre bug? Si c'est nécessaire, on peut créer un nouveau issue pour adresser directement ce problème de pipeline. Merci !

[LucileJeusset]

Bonjour @NikaAb, Le problème d'upload est aussi lié à un identifiant de séquence qu'il ne trouve pas. J'ai le même message d'erreur que pour le fichier 907037 #8.