合并umi问题

[zhujiaqi2014]

hi，你好 我用的umi数据，大概是下面这样。感觉从IGV图来看合并重复序列的时候没有用上umi呢，不然不应该有下面IGV图里面那些分散的低质量C突变。是不是我的使用方法有问题？

下面是gencore代码

/mnt/nfs/zhujiaqi/test/umi/gencore --umi_prefix umi --ref /mnt/nfs/database/hg19/reference/ucsc.hg19.fasta -b /mnt/nfs/zhujiaqi/test/test.bed -i /mnt/nfs/zhujiaqi/test/umi/test1.sort.bam -o /mnt/nfs/zhujiaqi/test/umi/test1.umi.bam -s 3 --score_threshold 8

下面是IGV图

[zhujiaqi2014]

晓得了，用上了umi的。具体过滤cluster序列方式我个人根据需求改改吧