pcqm4m-v2中valid和test的3D结构信息如何获取？

[Ranceeeee]

你好，我看到GEM-2的输入特征会包含原子对距离和键角等信息，这些特征应该是需要根据输入分子的3D结构信息提取的，但我看到OGB仅提供了训练集的3D结构，这里valid和test的特征是如何提取的呢？ 最好麻烦能指出具体做特征提取（距离，键角计算）的代码大致位置：）

[Noisyntrain]

你好, ogb官方只提供了训练集的3d坐标. 所以可以通过调用transform函数来进行3d信息的生成并加入到特征中. 需要在配置文件中将gen_rdkit3d设置为true. 3d坐标的生成可参见 https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/blob/f214b6c3c53dceb3ef49f48bc1bb4be567cf2518/apps/pretrained_compound/ChemRL/GEM-2/pahelix/utils/compound_tools.py#L751 距离和键角的计算可参见 https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/blob/f214b6c3c53dceb3ef49f48bc1bb4be567cf2518/apps/pretrained_compound/ChemRL/GEM-2/src/basic_block.py#L192 及 https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/blob/f214b6c3c53dceb3ef49f48bc1bb4be567cf2518/apps/pretrained_compound/ChemRL/GEM-2/src/basic_block.py#L204 希望这些信息能够对你有所帮助

[Ranceeeee]

非常感谢！

[Ranceeeee]

你好, ogb官方只提供了训练集的3d坐标. 所以可以通过调用transform函数来进行3d信息的生成并加入到特征中. 需要在配置文件中将gen_rdkit3d设置为true. 3d坐标的生成可参见

https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/blob/f214b6c3c53dceb3ef49f48bc1bb4be567cf2518/apps/pretrained_compound/ChemRL/GEM-2/pahelix/utils/compound_tools.py#L751

距离和键角的计算可参见 https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/blob/f214b6c3c53dceb3ef49f48bc1bb4be567cf2518/apps/pretrained_compound/ChemRL/GEM-2/src/basic_block.py#L192

及 https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/blob/f214b6c3c53dceb3ef49f48bc1bb4be567cf2518/apps/pretrained_compound/ChemRL/GEM-2/src/basic_block.py#L204

希望这些信息能够对你有所帮助

你好，我想再请教一下你这里生成3D坐标大概要多久？我这里利用RDKIT生成相当慢

[Noisyntrain]

分子量较大的分子生成3D坐标会耗时较长。作为参考我们使用100+ cpu核用了大约两天时间生成所有3d坐标，希望对你能够有所帮助