Dev

[JensGeorg]

Major update of CopraRNA2 functions

[JensGeorg]

Major update of CopraRNA2 functions

[martin-raden]

vermute mal, die R scripte brauchen ungefähr sowas hier

getCopraRNAAuxPath <- function() {
        cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
        needle <- "--file="
        match <- grep(needle, cmdArgs)
        if (length(match) > 0) {
                # Rscript
                return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
        } else {
                # 'source'd via R console
                return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
        }
}

ggf. muss noch ein dirname() um die normalizePath() calls drumrum...

@JensGeorg kannst das bitte mal einbauen und testen? Danke

[martin-raden]

für perl scripte scheints sowas zu brauchen

use File::Spec;
use File::Basename;

my $CopraRNA2AuxPath = dirname(File::Spec->rel2abs(__FILE__));

[martin-raden]

@JensGeorg brauchen wir die ganzen dynalign files wirklich, oder wurde da "einfach alles" reingepackt?

[JensGeorg]

@JensGeorg brauchen wir die ganzen dynalign files wirklich, oder wurde da "einfach alles" reingepackt?

@martin-raden erstmal habe ich einfach alles reingepackt, ehrlich gesagt weiß ich nicht genau was exakt gebraucht wird

[martin-raden]

hab mal wieder der PR aufgemacht.. glaub hast den falschen knopf genommen.. ;)

[martin-raden]

Moin Jens, hier nochmal unsere besprochene wish list

• spot probs nur für top-200 targets berechnen
• alignments pipen und (wenn möglich) nicht als (temporäre) datei schreiben
• checken wo noch temp files ge/überschrieben werden, die man durch pipen einsparen könnte :+1: danke, der Martin

[martin-raden]

gerade noch buggy... also besser noch nicht weiterwurschteln. schaue morgen wieder drauf. ;)

[martin-raden]

sollte wieder laufen.. gibt jetzt ein explizites Changelog.md in dem die änderungen festgehalten werden sollten

[martin-raden]

Moin Jens, wenn du jetzt was änderst, dann trag deine Änderungen bitte (oben) in das Changelog.md file ein, anstatt sie local in den dateien zu dokumentieren. Danke, icke

[martin-raden]

@JensGeorg das CopraRNA2html.R hat noch nen fiesen bug:

du hast jalview (teilweise) auskommentiert, aber greifst hier auf (nicht mehr existierende) datenstruktur d zu

https://github.com/JensGeorg/CopraRNA/blob/5f0ebb6e8c558185e6dadde8e8e46fd9dbdb1960/coprarna_aux/CopraRNA2html.r#L260

    #d<-dir("./jalview")
    mrna<-paste("./evo_alignments2/",d[match(paste(selection,"_mRNA.PNG",sep=""),sub(".*?_","",d))],sep="")

allerdings hast du ganz unten jalview() auch auskommentiert, sodass die files nicht angelegt werden...

kannst das bitte fixen? danke!

[PatrickRWright]

@JensGeorg Kurzer Vorschlag: In RStudio kannst Du "Code -> Reformat Code" machen. So wird das ein wenig besser lesbar mit ein paar Leerzeichen etc.

e.g.

if(rest>0){
  jobs[1:rest]<-jobs[1:rest]+1
}

if(rest>0) {
  jobs[1:rest] <- jobs[1:rest] + 1
}

Ich würde vorschlagen, dass Du mal das Paket lintr anschaust. Ich verwende das seit einiger Zeit und finde es sehr hilfreich. Up to you though.

[martin-raden]

merging development version of CopraRNA-3 into base repository...