Describe the bug
I am having trouble figuring out why a subset of my subjects failed the regression module of XCPEngine. They ran through the 1st 3 modules, but fail in the middle of the regression module.
Cohort file
Paste cohort file between the triple backticks
Design File
Paste your entire design (.dsn) file between the triple backticks
#!/usr/bin/env bash
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# ⊗ ⊗ ⊗ ⊗ ⊗ ⊗ ⊗ ⊗ ⊗ ⊗ ⊗ ⊗ ⊗ ⊗ ⊗ ⊗ ⊗ ⊗ ⊗ ⊗ ⊗ #
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# This design file stores the values of all variables required to
# execute a complete neuroimage processing pipeline. You may
# execute the analysis specified in this design file by calling
# (in any v4 or higher bash terminal):
#
# xcpEngine -d <design> -c <cohort> -o <output> <options>
#
# Variables fall into five general categories:
# * ANALYSIS VARIABLES are used at all stages of this analysis.
# * PIPELINE specifies the modules that comprise the analysis.
# * MODULE VARIABLES are used during one stage of the analysis.
# These are typically array variables with array
# indices equal to the index of the module that
# calls them.
# * OUTPUT VARIABLES may be used at all stages of the analysis.
# These are typically array variables with array
# indices equal to the value of the primary
# subject identifier. They will appear only in
# loc alised design files.
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# ANALYSIS VARIABLES
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analysis=fc_$(whoami)
design=/data/project/vislab/a/MBAR/Resting_preproc/XCPEngine/Design_Files/fc-36p_scrub_MBAR_4mm.dsn
sequence=anatomical
standard=MNI%2x2x2
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# PIPELINE
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pipeline=prestats,confound2,regress #for PVTS only
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# 1 PRESTATS
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prestats_rerun[1]=0
prestats_cleanup[1]=1
prestats_process[1]=FMP
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# 2 CONFOUND2
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confound2_rps[2]=1
confound2_rms[2]=0
confound2_wm[2]=1
confound2_csf[2]=1
confound2_gsr[2]=1
confound2_acompcor[2]=1
confound2_tcompcor[2]=0
confound2_aroma[2]=0
confound2_past[2]=0
confound2_dx[2]=1
confound2_sq[2]=2
confound2_custom[2]=
confound2_censor[2]=1
confound2_censor_contig[2]=10 ##MBAR about 24 seconds (2.4 tr x 10=24.0)
confound2_framewise[2]=fds:.2,dv:1.5 #MBAR 0.5 mm=(.5/2.4(tr)=0.200fds) threshold, dvars threshold=dv
confound2_rerun[2]=1
confound2_cleanup[2]=1
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# 3 REGRESS
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regress_tmpf[3]=butterworth
regress_hipass[3]=0.01
regress_lopass[3]=0.08
regress_tmpf_order[3]=1
regress_tmpf_pass[3]=2
regress_tmpf_ripple[3]=0.5
regress_tmpf_ripple2[3]=20
regress_dmdt[3]=2
regress_1ddt[3]=1
regress_smo[3]=6
regress_sptf[3]=susan
regress_usan[3]=default
regress_usan_space[3]=
regress_rerun[3]=0
regress_cleanup[3]=1
regress_process[3]=DMT-TMP-REG #changed from REG-TMP
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# 4 FCON
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fcon_atlas[4]=power264
fcon_metric[4]=corrcoef
fcon_thr[4]=N
fcon_window[4]=10
fcon_pad[4]=FALSE
fcon_rerun[4]=0
fcon_cleanup[4]=1
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# 5 REHO
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reho_nhood[5]=vertices
reho_roikw[5]=0 # does nothing at the moment
reho_sptf[5]=susan
reho_smo[5]=6
reho_rerun[5]=0
reho_cleanup[5]=1
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# 6 ALFF
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alff_hipass[6]=0.01
alff_lopass[6]=0.08
alff_sptf[6]=susan
alff_smo[6]=6
alff_rerun[6]=0
alff_cleanup[6]=1
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# 7 ROIQUANT
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roiquant_atlas[7]=power264
roiquant_globals[7]=1
roiquant_vol[7]=0
roiquant_rerun[7]=0
roiquant_cleanup[7]=1
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# 8 NORM
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norm_primary[8]=1
norm_rerun[8]=0
norm_cleanup[8]=1
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# 9 QCFC
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qcfc_atlas[9]=power264
qcfc_sig[9]=fdr
qcfc_rerun[9]=0
qcfc_cleanup[9]=1
Error message
This is the error that shows up on the command line:
Describe the bug I am having trouble figuring out why a subset of my subjects failed the regression module of XCPEngine. They ran through the 1st 3 modules, but fail in the middle of the regression module.
Cohort file Paste cohort file between the triple backticks
Design File Paste your entire design (
.dsn) file between the triple backticksError message This is the error that shows up on the command line:
Runtime Information Singularity
Additional context This is only occurring for 15/165 of the subjects.