Open dhasegan opened 2 years ago
Describe the bug Rerunning a successful run will set confound2 to 0
0
Design File Paste your entire design (.dsn) file between the triple backticks
.dsn
#!/usr/bin/env bash ################################################################### # ANALYSIS VARIABLES ################################################################### analysis=fc_$(whoami) design=../fc-36p_scrub_hcp1200_0_5mm_noTMP.dsn sequence=anatomical standard=MNI%2x2x2 ################################################################### # PIPELINE ################################################################### pipeline=prestats,confound2,regress,fcon,reho,alff,roiquant,norm,qcfc ################################################################### # 1 PRESTATS ################################################################### prestats_rerun[1]=0 prestats_cleanup[1]=1 prestats_process[1]=FMP ################################################################### # 2 CONFOUND2 ################################################################### confound2_rps[2]=1 #realignment parameters or 6 motion parameters confound2_rms[2]=0 #relative RMS displacement confound2_wm[2]=1 #signal from white matter confound2_csf[2]=1 #signal from csf confound2_gsr[2]=1 #global average confound2_acompcor[2]=0 #anatomical compcor; PCAs derived from nuisance regions confound2_tcompcor[2]=0 #temporal compcor; confound2_aroma[2]=0 #ICA-AROMA based components to be regressed out confound2_past[2]=0 #include previous time points (1,2,3...) confound2_dx[2]=1 #include temporal derivatives; 1-first, 2-first and second, ... confound2_sq[2]=2 #include powers of confound signals; 2-first and second, ... confound2_custom[2]= confound2_censor[2]=1 #boolean; censuring on/off confound2_censor_contig[2]=5 #minimum number of contiguos frames to allow confound2_framewise[2]=fds:0.694,dv:2 # fds threshold = 0.2mm / TR (OR 0.5mm for task) confound2_rerun[2]=0 confound2_cleanup[2]=1 ################################################################### # 3 REGRESS ################################################################### regress_dmdt[3]=2 #demeaning and detrending, 2-first and second order regress_1ddt[3]=1 #demeaning and detrending the 1D (nuisance) timeseries regress_smo[3]=4 #spatial smoothing, FWHM 4mm regress_sptf[3]=susan #FSL's SUSAN algorithm for smoothing regress_usan[3]=default #custom argument for SUSAN algorithm regress_usan_space[3]= #custom argument for SUSAN algorithm regress_rerun[3]=0 regress_cleanup[3]=1 regress_process[3]=DMT-REG #Use default for scrubbing as set in xcpengine default designs ################################################################### # 4 FCON ################################################################### fcon_atlas[4]=all #using all available atlases fcon_metric[4]=corrcoef #pearsons correlation fcon_rerun[4]=0 fcon_cleanup[4]=1 ################################################################### # 5 REHO ################################################################### reho_nhood[5]=vertices reho_roikw[5]=0 # does nothing at the moment reho_sptf[5]=susan reho_smo[5]=6 reho_rerun[5]=0 reho_cleanup[5]=1 ################################################################### # 6 ALFF ################################################################### alff_hipass[6]=0.01 alff_lopass[6]=0.08 alff_sptf[6]=susan alff_smo[6]=6 alff_rerun[6]=0 alff_cleanup[6]=1 ################################################################### # 7 ROIQUANT ################################################################### roiquant_atlas[7]=power264 roiquant_globals[7]=1 roiquant_vol[7]=0 roiquant_rerun[7]=0 roiquant_cleanup[7]=1 ################################################################### # 8 NORM ################################################################### norm_primary[8]=1 norm_rerun[8]=0 norm_cleanup[8]=1 ################################################################## # 9 QCFC ################################################################### qcfc_atlas[9]=power264 qcfc_sig[9]=fdr qcfc_rerun[9]=0 qcfc_cleanup[9]=1
Problem My *audit.csv file was
*audit.csv
id0,id1,localiser,prestats,confound2,regress,fcon,reho,alff,roiquant,norm,qcfc sub-1234,REST,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1
And then becomes:
id0,id1,localiser,prestats,confound2,regress,fcon,reho,alff,roiquant,norm,qcfc sub-1234,REST,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1
Runtime Information Running version v1.2.4 on Singularity
v1.2.4
Describe the bug Rerunning a successful run will set confound2 to
0Design File Paste your entire design (
.dsn) file between the triple backticksProblem My
*audit.csvfile wasAnd then becomes:
Runtime Information Running version
v1.2.4on Singularity