Changing uniform PC distribution definition to only for negative div…

[PieterTack]

…ergencies

[tschoonj]

Unittestje?

[PieterTack]

Ja, komt later :) kan mss nog definieren dat als expliciet -1 is dat als uniform wordt beschouwd en indien iets anders negatief dan illegal keyword. Ben momenteel wat aan het prutsen met mergen van master branch etc. en en dan te doen compileren. (momenteel compileert de master branch niet op lvserver: checking for gsl... configure: error: Package requirements (gsl) were not met: No package 'gsl' found)

[tschoonj]

hmmm, dat zou niet mogen.

Wat is de output van which pkg-config?

[PieterTack]

/usr/local/anaconda-4.1.1/bin/pkg-config

[tschoonj]

probeer eens PKG_CONFIG=/usr/bin/pkg-config toe te voegen aan configure.

[PieterTack]

Dus je bedoelt letterlijk vi configure en daar ergens die PKG_CONFIG=/usr/bin/pkg-config toevoegen he? (doe ik ergens aan het begin)

Dan krijg ik plots checking for easyRNG... ../configure: line 13389: syntax error near unexpected token `else' ../configure: line 13389: `else'

Zelfde resultaat als ik make check PKG_CONFIG=/usr/bin/pkg-config probeer. Herinnerde me dat ik vergeten was autoreconf te doen na master branch updaten, maar dat heeft geen verschil gemaakt.

[tschoonj]

Neenee :-)

Ik bedoel wanneer je configure uitvoert:

../configure PKG_CONFIG=/usr/bin/pkg-config

Plus eventueel andere zaken zoals CFLAGS="-g -O0"

[PieterTack]

Nope, same issues :(

Ik blijf toch echt slecht in C compileren :P Mijn excuses hiervoor...

[tschoonj]

Dit is door iets dat ik gedaan heb: kleine wijziging in configure.ac die niet werkt met de oude autotools van CentOS 6.

Pull request in #31 zou die moeten fixen.

Excuses!

[PieterTack]

oke, dus nu correct die branches gemerged (hopelijk?). Krijg nog steeds probleem bij de python test: File "../../tests/python.py", line 2, in <module> import polycap ImportError: /home/ptack/poly_raytrace/build/src/.libs/libpolycap.so.0: undefined symbol: GOMP_parallel FAIL: python.sh

in configure krijg ik volgende meldingen wat betreft p/cython: checking for python... /usr/local/anaconda-4.1.1/bin/python checking for python version... 2.7 checking for python platform... linux2 checking for python script directory... ${prefix}/lib/python2.7/site-packages checking for python extension module directory... ${exec_prefix}/lib/python2.7/site-packages checking for python2.7... (cached) /usr/local/anaconda-4.1.1/bin/python checking for a version of Python >= '2.1.0'... yes checking for the distutils Python package... yes checking for Python include path... -I/usr/local/anaconda-4.1.1/include/python2.7 checking for Python library path... -L/usr/local/anaconda-4.1.1/lib -lpython2.7 checking for Python site-packages path... /usr/local/anaconda-4.1.1/lib/python2.7/site-packages checking for Python site-packages extension modules path... /usr/local/anaconda-4.1.1/lib/python2.7/site-packages checking for Python module cflags... -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes checking for Python module extension... .so checking consistency of all components of python development environment... yes checking for numpy... yes checking for cython-2.7... no checking for cython... cython configure: Building with Python bindings

Krijg verder ook wat vreemde zaken bij autoreconf: configure.ac:25: warning: AC_LANG_CONFTEST: no AC_LANG_SOURCE call detected in body ../../lib/autoconf/lang.m4:193: AC_LANG_CONFTEST is expanded from... ../../lib/autoconf/general.m4:2661: _AC_LINK_IFELSE is expanded from... ../../lib/autoconf/general.m4:2678: AC_LINK_IFELSE is expanded from... m4/libtool.m4:1022: _LT_SYS_MODULE_PATH_AIX is expanded from... m4/libtool.m4:4161: _LT_LINKER_SHLIBS is expanded from... m4/libtool.m4:5236: _LT_LANG_C_CONFIG is expanded from... m4/libtool.m4:138: _LT_SETUP is expanded from... m4/libtool.m4:67: LT_INIT is expanded from... configure.ac:25: the top level (wordt een aantal keren herhaald) waardoor ik ook dezelfde fout krijg bij make clean, make en make check, gevolgd door: configure.ac:25: the top level configure.ac:21: error: required file 'build-aux/ar-lib' not found configure.ac:21: 'automake --add-missing' can install 'ar-lib' parallel-tests: error: required file 'build-aux/test-driver' not found parallel-tests: 'automake --add-missing' can install 'test-driver' Moet ik dan gewoon eens autoreconf --add-missing ofzo draaien?

Op een positievere noot zit ik nu met een simulatie van polycap dat we aan DUBBLE gebruiken met transmission efficiencies die zeer goed overeen komen met wat Stephen experimenteel bepaalde (op open area factor na, die bij mijn huidige simulatie veel te laag ligt, maar kan ik vast fiksen). Dus vermoedelijk zal poster mooie resultaten opleveren :)

[tschoonj]

Draai eens autoreconf -fi ..

Dan opnieuw configure etc

[tschoonj]

Oh en bezie eens die CI error. Ge hebt daar iets louche gedaan met die reference

[PieterTack]

Oke, bij autoreconf -fi gaf hij nog steeds die vreemde fouten, maar op het einde installeerde hij wel een aantal zaken waardoor na configure wel de make clean en andere make varianten foutloos draaiden. Plus make check heeft nu ook leuke kleuraanduiding voor het slagen van de passes, dus ook wel mooi om te zien :P Enige opmerkzame nu is nog dat hij bij de make check volgende opmerking geeft: In file included from /usr/local/anaconda-4.1.1/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/ndarraytypes.h:1818:0, from /usr/local/anaconda-4.1.1/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/ndarrayobject.h:18, from /usr/local/anaconda-4.1.1/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/arrayobject.h:4, from polycap-python.c:578: /usr/local/anaconda-4.1.1/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/npy_1_7_deprecated_api.h:15:2: warning: #warning "Using deprecated NumPy API, disable it by " "#defining NPY_NO_DEPRECATED_API NPY_1_7_API_VERSION" [-Wcpp] Dus op zich niet erg wss daar de checks wel slagen, maar mss iets om ooit eens te updaten?

Die referentie wist ik idd dat het louche was terwijl ik het aanpaste, maar kon me niet direct bedenken hoe ik het eleganter kon aanpakken :) Zal gewoon de check voor die variabelen weglaten daar ze nu elke double value mogen aannemen...

[PieterTack]

Deze branch mag gemerged worden

[tschoonj]

Die warnings bij autoreconf en tijdens compileren van de python bindings kunnen geen kwaad.

Hebt ge al eens de python bindings getest met dat scriptje (https://www.dropbox.com/s/8lw1sosk31pcenk/polycap-test.py?dl=0) op lvserver? Als je snel iets wil testen zal dit het makkelijkst zijn.