search

PlatonB / high-perf-bio

Open-source toolkit that simplifies and speeds up work with bioinformatics data. high-perf-bio allows you easily upload VCF, BED or arbitrary tables to DB and execute popular bioinformatic queries without MongoDB Query Language knowledge.
GNU General Public License v3.0
9 stars 0 forks source link

При выводе результатов в другую БД нарушается порядок полей #22

Open PlatonB opened 2 years ago

PlatonB commented 2 years ago

Для VCF, BED и других биоинформатических форматов страшнее бага не придумать. Уже сообщил разработчиками MongoDB: https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-63853 Проголосуйте там, плз, откоментьте.

UPD. Сейчас актуальнее прогососовать тут: https://feedback.mongodb.com/forums/924280-database/suggestions/44875462-preserve-field-order-in-merge (хотя по старой ссылке тоже не будет лишним)

PlatonB commented 2 years ago

Волею разрабов баг стал лишь пожеланием и переехал сюда: https://feedback.mongodb.com/forums/924280-database/suggestions/44875462-preserve-field-order-in-merge Очень прошу проголосовать! @VorontsovIE @yustiks Там требуется лишь залогиниться через Google. Есть вероятность, что понадобится VPN (с учётом нынешней ситуации, очевидно, он у всех наличествует).

VorontsovIE commented 2 years ago

Strictly speaking, it's not a bug. There are no guarantees about ordering of fields in merged documents, and there is a good reason for that: in general order of fields in merged documents can differ. In this case it's unclear which order should be prefered.

You should try to reformulate this as a feature, not a bug. And to describe proposed semantics in general case.

PlatonB commented 2 years ago

Even if it's not a bug (although I don't agree with that), I still urge everyone to vote. Actual link: https://feedback.mongodb.com/forums/924280-database/suggestions/44875462-preserve-field-order-in-merge

PlatonB commented 2 years ago

Only 9 votes are enough to move the issue into the top-10 of the "Database" section. There are now 2 votes.