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Implémenter database #2

Closed Sherman-1 closed 1 year ago

Sherman-1 commented 1 year ago
soeurwiki commented 1 year ago

@Sherman-1 commit : ca064d2298cc90f85c8545138e15c7be8888cdec

Problème d'affichage de transcript

J'ai l'impression qu'il y avait trop de variables à changer pour régler le problème. Pour simplifier sa résolution, j'ai tiré une branche 'tests_DB' du main pour avoir la dernière version de l'agencement des fichiers et après quelques changements, tout semble fonctionner.

Voici les changements :

Fichier load_data.py : (à ajouter)

l. 163: current_genome -> current_chromosome l. 172: name = tsc_name-> transcript = tsc_name, l. 173: genome = current_genome-> chromosome = current_chromosome

models.py

class Genome : 

chromosome = models.CharField(max_length = 30, primary_key= True, help_text='Chromosome version name')
sequence = models.TextField(default = "",
                                help_text = "Copy FASTA sequence here",
                                validators=[RegexValidator(regex='^[ATCGN]+$', message = "Sequence must be ATGCN")])

    def __str__(self):
        return self.chromosome

class Transcript

    ## Physical informations 
    # One unique ID per CDS / Protein 
    transcript = models.CharField(max_length=50, unique = True)
    chromosome = models.ForeignKey(Genome, related_name = "transcript", on_delete = models.CASCADE)
    seq_cds = models.TextField(default = "",
                                validators=[RegexValidator(regex='^[ARNDCQEGHILKMFPSTWYV]+$')])

    seq_nt = models.TextField(default = "",
                                validators=[RegexValidator(regex='^[ATCGN]+$', message = "Sequence must be ATGCN")])
    start = models.IntegerField(null = True)
    stop = models.IntegerField(null = True)

transcript_detail.html

Au lieu de laisser juste Details : 

    <li> transcript = {{ transcript.transcript }}</li>
    <li>chromosome = {{ transcript.chromosome }}</li>
    <li>start = {{ transcript.start }}</li>
    <li>stop = {{ transcript.stop }}</li>

settings.py

Ajouter le django_extensions dans INSTALLED_APP

genome_details.html

retirer <li>Size : {{ genome.size }}</li>

soeurwiki commented 1 year ago

Je te laisse tirer une branche du main et la nommer _models_formsviews (ou ce qui te paraît pertinent) à partir du main. Tu pourras faire tous les changements cités ci-dessus (pour que t'es le mérite de tous ces commits, sinon ils seront à mon nom alors que c'est toi qui a écrit le script load_data.py) On pourra supprimer l'ancien models_forms_views, models, DB et tests_DB comme branches.

Branches à supprimer :

-> On ne peut pas les merge avec le main sinon on aura de gros problèmes de nominations de variables etc vu qu'elles ont été tirées de l'ancien agencement de fichiers.

Remarque /!\

Une fois ces changements effectués, si tout fonctionne, il faudra qu'on se penche sur la primary_key de Genome. Pour le moment j'ai laissé chromosome en PK, sinon ça posait plusieurs problèmes. Je pense que c'est juste lié aux différentes fonctions qui appellent chromosome au lieu de l'id etc. Je voulais pas m'emmêler les pinceaux à tout changer donc j'ai laissé comme ça mais il faudra modifier !