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PnX-SI / GeoNature-atlas

Application WEB permettant de générer des fiches espèces publiques à partir d'observations faune/flore
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Problématique de clarification du ref Geo - Synchronisation Geonature-atlas - Installation #220

Open NatureFaune06 opened 4 years ago

NatureFaune06 commented 4 years ago

Bonjour, je ne parvient pas à synchroniser les observations geonature dans l'atlas:

dans le fichier de configuration j'ai modifié les lignes suivantes:

geonature_fdw=false => base de donnée de geonature en localhost

Host de la BDD GeoNature source

db_source_host=localhost

Port de la BDD GeoNature source

db_source_port=5432

Nom de la BDD GeoNature source

db_source_name=geonature2db => identique à celui de geonature

Nom de l'utilisateur atlas dans la BDD GeoNature source (lecture seule)

atlas_source_user=geonatadmin => identique à celui de geonature

Pass de l'utilisateur atlas dans la BDD GeoNature source (lecture seule)

atlas_source_pass=**** => identique à celui de geonature

Le fichier log ne comporte pas d'érreur et l'interface web s'affiche correctement.

camillemonchicourt commented 4 years ago

GeoNature-atlas a sa propre base de données dans la configuration par défaut (geonatureatlas). Donc même si c'est sur le même serveur, il faut que la BDD de GN-atlas puisse accéder aux données de la BDD de GN. Et cela se fait en foreign data wrapper.

Donc il faut renseigner geonature_fdw=true sinon ça ne peut pas marcher. Donc il faut que vous modifier ça et refassiez une installation de GeoNature-atlas en supprimant sa BDD (drop_apps_db=false).

On peut imaginer intégrer le schéma atlas dans la BDD de GeoNature mais cela nécessiterait quelques ajustements manuels.

NatureFaune06 commented 4 years ago

Malheureusement même en modifiant geonature_fdw=true et avec une re-installation complète de l'atlas les observations ne s'y affichent toujours pas...

log de l'installation de la base de donnée => https://pastebin.com/U47ssKE2

camillemonchicourt commented 4 years ago

Il faut aussi au préalable avoir bien préparé les zonages dans le ref_geo de GeoNature si vous avez choisi cette méthode, avec notamment le territoire. Et bien avoir des données dans le territoire défini car il y a une intersection qui est faite par défaut au niveau des observations

NatureFaune06 commented 4 years ago

J'ai utilisé use_ref_geo_gn2=true

mais je ne trouve pas le répertoire pour modifier le zonage de geonature

Dois-je modifier celui de l'atlas ?

camillemonchicourt commented 4 years ago

Oui l'usage du ref_geo car il permet de centraliser la gestion des données géographiques comme les zonages et le MNT. Il ne s'agit pas de répertoires ni de fichiers mais de tables spatiales dans la BDD de GeoNature. Voir http://docs.geonature.fr/admin-manual.html#referentiel-geographique

camillemonchicourt commented 4 years ago

Voir aussi http://docs.geonature.fr/admin-manual.html#donnees-sig

NatureFaune06 commented 4 years ago

D'accord merci. J'ai téléchargé un fichier ASC ( un département pour le test ) sur les données de Geoportail l’importation s'est faite avec succès.

Cependant j'ai toujours la carte par défaut qui est affiché dans l'interface web de geonature-atlas et geonature.

camillemonchicourt commented 4 years ago

Non ce n'est pas ça le sujet. GeoNature inclut par défaut un MNT à 250m sur toute la France. Pas besoin de le changer, hormis si vous souhaitez en mettre un plus précis sur votre territoire.

Ce qu'il faut pour GeoNature-atlas, c'est le polygone de votre territoire dans un nouveau type de zonage que vous devez ajouter.

C'est la suite de la documentation que je vous ai envoyé, après la partie sur le MNT. :-)

NatureFaune06 commented 4 years ago

J'avoue être vraiment perdu dans la documentation...

Si j'ai bien compris avec le logiciel QGIS je dois me connecter à ma base de donnée

puis créer mon territoire à demarquer Est-cela ?

camillemonchicourt commented 4 years ago

Pour tenter de clarifier les choses de manière complète : L'atlas se base sur une vue matérialisée (atlas.vm_observations) qui contient l'ensemble des observations : https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/data/atlas.sql#L20-L33

On voit à la fin de cette vue que l'on ne garde que les données qui sont intersectées (à l'intérieur) de la couche atlas.t_layer_territoire du fait de cette jointure : JOIN atlas.t_layer_territoire m ON ST_Intersects(m.the_geom, s.the_geom_point);.

Si on a choisi de baser les couches géographiques sur le ref_geo de GeoNature (plutôt que sur des fichiers SHP), alors on voit que dans le processus d'installation de la BDD (https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/install_db.sh#L106-L113), on va exécuter le fichier data/gn2/atlas_ref_geo.sql en lui passant la variable type_territoire récupérée du fichier de configuration de l'installation https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/atlas/configuration/settings.ini.sample#L74.

Et on voit dans le fichier SQL en question (https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/data/gn2/atlas_ref_geo.sql#L81-L96) que cela va permettre de créer la table du territoire dans la BDD de l'atlas. Celle-ci qui est utilisée ensuite pour intersecter les observations quand on créé la vue matérialisée atlas.vm_observations.

Pour créer votre territoire dans le ref_geo, il faut commencer par ajouter un type de zonage dans la table ref_geo.bib_areas_types si aucun des types existants ne correspond à votre territoire. Ensuite il faut ajouter le zonage de votre territoire dans la couche ref_geo.l_areas avec QGIS ou autre, en utilisant l'id_type correspondant à celui du type de zone correspondant à votre territoire créé précédemment dans ref_geo.bib_areas_types. Enfin, au niveau de GeoNature-atlas, il faut renseigner le type_code du type de zonage de votre territoire dans le paramètre type_territoire du fichier settings.ini de GeoNature-atlas. Vous pouvez alors lancer une installation repartant de zéro de GeoNature-atlas.

Utiliser le ref_geo de GeoNature (plutôt que des fichiers SIG shapefiles) est un peu plus complexe mais plus puissant. Et comme c'est nouveau depuis la dernière version 1.4.0 on n'a peut-être pas encore tout bien préciser dans la documentation sur cette aspect. Malgré tout dans la partie 4 de la section Prérequis de la documentation d'installation (https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/docs/installation.rst#pr%C3%A9requis), il y a déjà différentes notes expliquant le fonctionnement avec le ref_geo.

Si c'est trop complexe, 2 alternatives :

Et à terme nous aimerions intégrer l'installation automatique de GeoNature-atlas dans le script d'installation globale (install_all.sh) de GeoNature, comme c'est déjà le cas pour UsersHub et TaxHub, mais tout ça prend du temps et est en plus de nos missions.

camillemonchicourt commented 4 years ago

Sinon, envoie un email au contact indiqué sur https://geonature.fr/#contact et on regarde ensemble la semaine prochaine.

camillemonchicourt commented 4 years ago

Avez-vous pu avancer ?

NatureFaune06 commented 4 years ago

Bonjour, je re-ouvre ce poste après plusieurs semaines d'inactivité.

Je ne parvient pas à délimiter un territoire sur QGIS aucune couche ne semble se charger... la connexion a la base de donnée fonctionne.

De plus dans le ref_geo je n'ai pas trouvé de table ref_geo.bib_areas_type il n'y a seulement l_areas.centroid.

camillemonchicourt commented 4 years ago

Il s'agit de sujets liés aux connaissances nécessaires en SIG et base de données, indépendamment de GeoNature. Sans cela il est difficile de pouvoir déployer et exploiter GeoNature. Dans tous les cas, le sujet est indépendant de GeoNature et donc pas forcément pertinent ici.

Vous pouvez me contacter en direct comme évoqué plus haut.

camillemonchicourt commented 4 years ago