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PnX-SI / GeoNature

Application de saisie et de synthèse des observations faune et flore
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Occtax : manque la nomenclature "en fleur" dans stade de vie #636

Open ybuthion opened 5 years ago

ybuthion commented 5 years ago

Salut la fine équipe, Lorsqu'on ajoute un taxon de flore, le stade de vie ne contient que "bulbe, fané, germination, graine, inconnu, indéterminé, rizhome, tubercule". J'ai confirmé avec Maître Xarbez qui a le même problème... Voici la requête qu'il m'a proposé de jouer pour régler le problème.

INSERT INTO ref_nomenclatures.t_nomenclatures (id_type, cd_nomenclature, mnemonique, label_default, definition_default, label_fr, definition_fr, label_en, definition_en, label_es, definition_es, label_de, definition_de, label_it, definition_it, "source", statut, id_broader, "hierarchy", meta_create_date, meta_update_date, active) VALUES(14, '17', 'Fleur', 'Fleur', 'Identification d''un individu ou groupe d''individus d''un taxon par l''observation de fleurs. La fleur correspond à un ensemble de feuilles modifiées, en enveloppe florale et en organe sexuel, disposées sur un réceptacle. Un pédoncule la relie à la tige. (ex : chaton).', 'Fleur', 'Identification d''un individu ou groupe d''individus d''un taxon par l''observation de fleurs. La fleur correspond à un ensemble de feuilles modifiées, en enveloppe florale et en organe sexuel, disposées sur un réceptacle. Un pédoncule la relie à la tige. (ex : chaton).', NULL, NULL, NULL, NULL, NULL, NULL, NULL, NULL, 'SINP', 'Validé', 0, '014.017’, now(), now(), true);

merci à vous Yann

TheoLechemia commented 5 years ago

En fait on a pris le parti de ne mettre que les nomenclature SINP officielles (voir ici la liste pour le stade de vie: http://standards-sinp.mnhn.fr/nomenclature/10-stade-de-vie-stade-de-developpement-du-sujet-occurrencestadedevie-2018-05-14/). Pour la flore, la liste n'est vraiment pas complète, on l'a déjà fait remonté au Muséum, on attend une éventuelle évolution. En attendant tu peux effectivement te rajouter tes propres items de nomenclature, en sachant que du coup tu n'est plus "SINP compatible". Fais juste attention à prendre un "cd_nomenclature" qui n'existe pas déjà pour la liste en question (ici le '17' correspond déjà à "allevin" dans la liste existante).

ybuthion commented 5 years ago

Bon, j'y connais rien, certes, mais, ça signifie que l'observation d'une plante en fleur ne peut être SINP compatible ? merci pour le point de vigilance concernant le cd_nomenclature 17.

camillemonchicourt commented 5 years ago

Voici quelques éléments en complément.

La valeur En fleur que tu évoques n'existe pas dans la nomenclature Stade de vie du SINP : http://standards-sinp.mnhn.fr/nomenclature/10-stade-de-vie-stade-de-developpement-du-sujet-occurrencestadedevie-2018-05-14/ donc on ne peut pas l'ajouter dans les nomenclatures par défaut de GeoNature.

Libre à chacun d'ajouter ses propres nomenclatures dans son propre GeoNature, mais à ses risques. Car du coup les données associées à cette nomenclature n'auront plus de correspondance automatique avec les nomenclatures SINP. Et car si elles sont ajoutées par la suite par le SINP, on les ajoutera dans GeoNature et donc ça peut créer des soucis à gérer individuellement dans ta BDD GeoNature.

Si tu souhaites quand même ajouter des nomenclatures, il ne faut pas insérer un cd_nomenclature existant dans le type nomenclature. Il ne faut pas non plus mettre que la source est SINP comme tu l'as fait mais plutôt quelque chose comme PNRV, justement pour bien voir que c'est une nomenclature que tu as ajouté toi.

Ensuite il faut aussi que tu associes la nomenclature à un règne ou un groupe pour qu'elle ne soit proposée qu'aux taxons correspondants. Dans ton cas, à limiter au règne Plantae, voir https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/blob/master/data/data_nomenclatures_taxonomie.sql

Pour la flore, c'est vrai qu'il y a des manques importants dans les nomenclatures, notamment au niveau des stades de vie. On l'a remonté à l'UMS Patrinat, on attend leur retour.

xavyeah39 commented 5 years ago

Salut, Effectivement Théo, il y a des manques pour la Flore dans la nomenclature SINP pour le champ stade de vie (id_type = '10'). Désolé Yann, j'ai lu un peu vite ton mail et confondu avec le champ méthode d'observation... (dans lequel la valeur 'Fleur' est bien présente). La requête INSERT postée par Yann concerne d'ailleurs ce champs là (id_type = '14'). Elle n'est pas utile puisque qu'après vérification, tout est ok dans l'API nomenclatures ICI Donc oui, je suis d'accord Théo, si l'on rajoute une valeur en attendant dans stade de vie il faut le faire différemment (depuis l'interface admin par exemple) et indiquer une source autre que le SINP (et un statut autre que validé). Mea culpa...

xavyeah39 commented 5 years ago

Merci Camille pour les précisions, on est d'accord ;) Je pense que dans ce cas précis où la valeur fait défaut, il est quand même utile de l'ajouter (selon son contexte bien sûr) en attendant des améliorations côté SINP. Quitte à devoir effectivement gérer ces cas particuliers manuellement lors d'une évolution des nomenclatures dans une future version. Le tout c'est de le faire avec parcimonie et bien le garder en tête de son côté pour faire le lien avec une future note de version (qui mentionnera cette évolution).

DonovanMaillard commented 5 years ago

Salut à tous,

Pour ma part, j'ai ajouté des nomenclatures dans les méthodes pour mes collegues (vu, c'est assez vague).

J'ai effectivement mis ma structure comme source. Mes ID sont tous à 1million et quelques. Le statut est invalidé. Par contre, j'ai mis en cd_nomenclature de mes nouvelles valeurs le CD de la nomenclature valide à laquelle je vais rattacher ça lors de mes envois SINP. Du coup, mes pièges lumineux, mes collectes par piège à base de miellée etc ont tous le même CD que "vu". J'exporte ainsi le CD, et il matchera sans soucis avec la valeur vu de la base sinp à laquelle j'enverrai mes données... Peut être pas la meilleure pratique, mais ca marche.

gildeluermoz commented 5 years ago

Bonjour à tous, En complément : notez qu'il y a une notion de hiérarchie (parent / enfant) dans les nomenclatures. Si vous ajoutez une nomenclature, je vous recommande de la créer comme une nomenclature enfant d'une nomenclature SINP validée. Vous pourrez ainsi "facilement" et automatiquement faire le rattachemnet de votre nomenclature "made in Vercors" avec sa mère "made in Paris".

Mode d'emploi (une nomenclature SINP a généralement pour parent la nomenclature 0 mère de toutes les nomenclatures) :

Pour une nomenclature 1076, enfant de la nomenclature 835 tu aurais :

Un exemple ici : https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/blob/master/data/data_nomenclatures.sql#L570-L577

xavyeah39 commented 5 years ago

Top, merci pour ces compléments bien utiles Gil !

camillemonchicourt commented 5 years ago

Du coup nous avions fait remonter les manques de la nomenclature STADE DE VIE au niveau Flore et le SINP a repris les propositions.

Ainsi plusieurs nomenclatures de STADE DE VIE pour la flore devraient être ajoutées prochainement :

Encore à valider et affiner mais c'est en cours.

ybuthion commented 5 years ago

Yees , merci mon poulet Bye Yann

Amegilla commented 4 years ago

Hello,

Des news sur ce sujet ?

merci

camillemonchicourt commented 4 years ago

Si news il y a, alors ça sera pas ici, mais là : http://standards-sinp.mnhn.fr/nomenclature/10-stade-de-vie-stade-de-developpement-du-sujet-occurrencestadedevie-2018-05-14/ Ou alors dans les notes de changement du projet standard qui indique aussi les évolutions des nomenclatures comme ici : http://standards-sinp.mnhn.fr/occurrences-de-taxon-v2-0/

Le principe d'ajout de phénologies Flore dans la nomenclature des stades de vie a été retenu par les experts Flore du SINP, mais les valeurs proposées doivent encore être par les CBN. A suivre dans le prochain standard certainement.

En attendant, pour notre part, on a ajouté ces nomenclatures dans notre GeoNature, et on refera coller ça avec les bons codes SINP quand ils seront ajoutés.

camillemonchicourt commented 4 years ago

Tous les stades de vie proposés n'ont pas encore été intégrés dans les nomenclatures SINP. Mais le stade de vie a été ajouté dans la version 2.0 du standard d'occurrences de taxon. Et celle-ci a donc été ajoutée dans la version 2.5.0 de GeoNature qui passe sur cetet version 2.0 du standard.