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PnX-SI / TaxHub

Application de gestion des taxons
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Groupes d'espèces #159

Open sig-pnrnm opened 6 years ago

sig-pnrnm commented 6 years ago

Bonjour,

Nous travaillons avec le conservatoire botanique qui utilise cette notion de "groupes d'espèces" dans son référentiel (RNFO). Pour pratiquer de mon côté l'entomologie, il m'arrive régulièrement de tomber sur des groupes d'espèces non déterminables sans dissection, et donc que l'on rattache à un groupe d'espèces proches (ex. : Acronicta psy et A. tridens chez les papillons de nuit). Il serait dommage de perdre ces données, tout comme il serait faux de les rattacher à une des 2 (ou plus) espèces du groupe.

Jusqu'à présent, je rattachais au genre commun (Acronicta sp.), mais du coup il y a une perte d'info (que je mettais malgré tout en commentaire).

Avez-vous déjà envisagé de gérer ces "groupes d'espèces" ? Je pense que ce serait déjà possible via TaxHub en créant les fiches correspondantes, mais je veux bien vos retours d'expériences et conseils en la matière.

AudreyEnGuyane commented 6 years ago

D'expérience, si les individus ne peuvent être identifiés au niveau de l'espèce, elle l'étaient au niveau du genre. Il est ainsi tout à fait possible d'identifier ces individus à l'appellation taxonomique "Acronicta". J'ai souvent rencontré ce cas pour l'entomo.

Là où c'est plus compliqué, c'est quand l'individu est bien déterminé mais que l'espèce n'a pas été encore nommée et qu'elle porte un nom temporaire admis au niveau régional ("Pristimantis sp1", etc.) ou qu'elle n'était pas encore référencée dans le référentiel. Dans ce cas, TaxHub permet d'ajouter des espèces locales... (salvateur pour la Guyane!)

sig-pnrnm commented 6 years ago

Pour les espèces non nommées, nous n'avons jamais rencontré ce cas dans notre région, mais je comprends qu'en Guyane ce soit fréquent ! C'est sûr qu'il est toujours possible de rattacher au genre, mais ça fait quand même une perte d'info quand, dans le genre correspondant, il y a une dizaine d'espèce, alors que l'observation concerne un groupe de 2 espèces.

Autre exemple : le crapaud commun (Bufo bufo) a récemment été scindé en 2 espèces (la sous-espèce Bufo bufo spinosus étant élevée au rang d'espèce). Du coup, toutes les données anciennes doivent être rattaché au groupe "Bufo bufo / spinosus", car la majorité des observateurs ne faisaient pas la différence entre les anciennes sous-espèces.

Il serait dommage de rattacher ces observations à Bufo sp. (genre dans lequel nous avons le Crapaud calamite, Bufo calamita, qui n'a rien à voir).

Est-ce que pour ce cas, vous créeriez un taxon dans TaxHub ?

AudreyEnGuyane commented 6 years ago

Le cas des "splitages" d'espèces est particulièrement complexe et va devenir de plus en plus courant avec l'usage de la génétique. Un vrai casse-tête pour les administrateurs de données naturalistes...

A mon sens, il peut être utile de créer une espèce qui désigne un groupe mais cela génère 2 questions: 1/ Que faire de toutes les observations précédentes de Bufo bufo ? Les réaffecter à ce nouveau groupe ? 2/ Si on créé un nouveau taxon (qui en désignera 2), le SINP rejettera l'obs remontée (?) car la nomenclature (TaxRef) ne sera pas conforme au référentiel national. Comment le MNHN gère-t-il ces splitages?

Concernant les groupes d'espèces de GéoNature, je ne crois pas qu'ils soient définis pour identifier un individu mais plutôt pour catégoriser les taxons. (Corrigez moi si je me trompe!)

camillemonchicourt commented 6 years ago

On a tout calé sur Taxref. C'est fortement déconseillé de créer des spécificités locales sauf pour le cas des espèces pas encore présentes comme dans les DOM-TOM.

camillemonchicourt commented 6 years ago

En effet dans TaxHub les listes servent à définir des ensembles de taxon pour un protocole par exemple.

Il servait aussi a regrouper des especes dans la V1 mais maintenant que les groupes INPN avancent bien dans Taxref, on va pouvoir supprimer pas mal de listes.

sig-pnrnm commented 6 years ago

Que faire de toutes les observations précédentes de Bufo bufo ? [...] Comment le MNHN gère-t-il ces splitages?

J'aimerais bien en effet connaître la méthode du MNHN pour ces cas d'espèces "splitées". Camille, toi qui est en contact, peux-tu leur poser la question ? Le cas du "Crapaud commun" est un bon exemple je pense (tout le monde connait cette espèce, enfin, ces espèces maintenant...)

DonovanMaillard commented 6 years ago

Aux ecrins on s'etait posé la question pour les Anonconotus avec 2 espèces proches et une 3eme qui n'avais rien à voir, on avait conclu qu'on mettait sp. et le groupe en commentaire mais bon.

La question est revenue lors de la plénière pour la mise en place du SINP invertébrés en Auvergne Rhône Alpes (mon poste actuel). Réponse de P.Dupont au MNHN : les cas des couples d'espèces sont en réflexion au niveau national. A termes des couples devraient bien être créés et feraient soit l'objet de nouvelles entrées dans le taxref, soit, ce qui semblait privilégié dans les discussions, d'un second référentiel pour ces cas particuliers. Donc pas de réponse pour le moment mais le niveau national réfléchit à ce cas car en plantes, en insectes, en un peu tout, la question se pose...

Pour le SINP régional, j'ai proposé que la donnée soit saisie au genre avec l'info en commentaire le temps qu'une meilleure solution soit trouvée.

sig-pnrnm commented 6 years ago

que la donnée soit saisie au genre avec l'info en commentaire le temps qu'une meilleure solution soit trouvée.

Oui, c'est ce que nous faisons actuellement, faute de mieux. À suivre donc !

gildeluermoz commented 6 years ago

Merci Donovan pour cet éclairage P Dupont et mnhn.

En résumé :

Il s'agit donc de discuter/proposer un mécanisme permettant de ne pas perdre la précision de la détermination. Il me semble que c'est le rôle et la richesse de taxhub de permettre la gestion des cas spécifiques ou non encore gérer par taxref. Pour ça je vois deux pistes. 1- permettre d'étendre taxref directement dans taxref ou dans une table "fille" ayant la même structure que taxref ? Ceci par la création de nouveaux noms avec des cd_nom spécifiques (hors de la plage des nombres utilisés par taxref) et un cd_ref égal à celui du genre pour permettre un rattachement au référentiel lors des exports. Cette table ou cette plage de noms serait une sorte de référentiel interne mais pour être complet il faudrait pouvoir rattacher ces nouveaux noms à plusieurs taxons dans le cas de noms correspondants à un groupe. 2 - utiliser bib_noms pour créer des noms orphelins de taxref. Mais où on aurait tout de même un lien uniquement via le cd_ref.

Il me semble qu'on avait renoncé à l'option deux lorsqu'on a lancé les dev de taxhub avec Amandine. Trop ambigu et cela génère de l'hétérogénéité pas facile à comprendre et gérer (certains noms de bib_noms ont un rattachement à taxref et d'autres non, donc une richesse d'information très différente)

Dans les deux cas cela demande de grosses évolutions de taxhub mais aussi de GeoNature et de ses modules ou périphériques car tout est basé sur taxref. De ce fait la création d'une table fille serait fortement impactante voir rédibitoire.

Il faut évaluer tout ça à plusieurs avec en tête :

Bref c'est complexe et surtout fort impactant donc à évaluer finement. Enfin quelle priorité dans le chantier général de GeoNature ?

DonovanMaillard commented 6 years ago

En effet pas mal de questions à se poser. Et il en manque une dernière : à quelle échéance le MnHN prévoit de proposer une solution côté taxref ?

Je monte à Paris le 21 juin pour une réunion technique sur ces aspects (taxref remontées depuis le régional etc) avec la dreal. Ça peut faire partie des questions à aborder ;)