RGLab / flowWorkspace

flowWorkspace
GNU Affero General Public License v3.0
45 stars 21 forks source link

tests/testthat/cleanup_temp.R should arguably fully clean up /tmp but doesn't #402

Open malcook opened 1 month ago

malcook commented 1 month ago

The tests in tests/testthat/cleanup_temp.R should probably fully delete all the files it creates in the temp directory.

This can be achieved by adding a call to gs_cleanup_temp(gs_untouched) at the end

I discovered this while running the tests by hand as part of studying them to understand how these functions worked since I was running out of disk during a long running data-intensive session involving flowWorkspace.

mikejiang commented 1 month ago

The test data generated in temp folder in unit test is pretty small, I doubt this was the major source of contribution to your out of disk problem

malcook commented 1 month ago

Agreed – this is a minor issue – I nonetheless thought it worth mentioning

~ @. From: Mike Jiang @.> Sent: Thursday, September 5, 2024 12:28 PM To: RGLab/flowWorkspace @.> Cc: Cook, Malcolm @.>; Author @.***> Subject: Re: [RGLab/flowWorkspace] tests/testthat/cleanup_temp.R should arguably fully clean up /tmp but doesn't (Issue #402)

The test data generated in temp folder in unit test is pretty small, I doubt this was the major source of contribution to your out of disk problem—Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe.You are receiving this because you authored the thread.Message ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌ ‌

https://us.report.cybergraph.mimecast.com/alert-details/?dep=En%2BE5%2BE9ptbH9Ajqf1r0%2FQ%3D%3DokIR2PZy4oJJsMO8B%2FuRE%2B2v%2Fk6Toi3FRkKAByGBpQquMlJ4LiN73JS9qJ6JjFyPk9d99Qwyb6AW%2F6JTRQL7EmeDvV6tN4C2UKdIu4HbJ2b2Ok7q4ymJWKblFtE80PVepsOGKRqZnSXrLw%2Bpr3sELWz5d5bOuq1HEq7Ee14KTvbdPxBFGD8rbHza8PhWBAHdtqr23E5FdbhNyI25%2B092i1njdVfMiF9iyfVKTEsSSv4oRgP4CWrymv3dyxkMwM02ZirTNMnACCTy430qyevB3LMat%2BecI%2FHHcsQJgLs54SssGafjCRBtE%2BeYZiWoE%2BD8wCCgMTaJ%2FAyl3XHpJHv7T%2B2ski0jHqd%2B1qO2KvxW3SWBUCq7qNQO%2B6gkLkUJicDP%2Fzk3vnUAZjXuMw2t%2FwxbrEyHIS5ak59%2Fi1Zr5epGT0M7vPp3MoSMOKW1V46Wu8Yuo%2BZKnHU40yjLneUfL7hBEnWZaWwSjadBtGTdrRffbeMCuSvoLusqOAOwWfB3hxTMnH2oJUL79aFZ11uENdAAq5uHMmdg8x75oSeJgO%2FVBQ3spM6m1aurmBTyEWA1iks5Xv8FnxNp2%2BCNlyfZvEtjZyuYArWI27GhezGviZW8f9Zx4qAXv92ImgyeE%2BaqhgsZEuSIY8biBuP95KcKF4XtIh9ypq3XmatFBoeogtosAHOJloZrsN0CzmACxwhXROGArgwPqIDjJV0YBJA63HEoPdAGv9QduFRFaFKa%2FicxD%2BeOMqNF3TldHO369XtY7Gb20zJQu%2BHrDqtvMYs04%2Bh9DChqq%2ByKfGoNlTtZkuGazYPxYv9U0eYznQKc%2F3RLZjCiO3AOn3GAt4deadbSObaKeFeVsyNMHX1bdcl8%2BMzp9LTJeQsv8v34KmkfUW1k6jvBGedmi6Ij045bWdmCHDKcQZHri%2FvxBEFriax2DbbAxSKFkaWAlh7JLBPP4z9%2FAXXB

The test data generated in temp folder in unit test is pretty small, I doubt this was the major source of contribution to your out of disk problem

— Reply to this email directly, view it on GitHubhttps://github.com/RGLab/flowWorkspace/issues/402#issuecomment-2332273247, or unsubscribehttps://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AADWHOSMO46VWLNL34X472TZVCIALAVCNFSM6AAAAABNWLVVY6VHI2DSMVQWIX3LMV43OSLTON2WKQ3PNVWWK3TUHMZDGMZSGI3TGMRUG4. You are receiving this because you authored the thread.Message ID: @.**@.>>