Closed H1889 closed 5 months ago
hi, conda is always a pain -.-
the text you provide is difficult to read but in the end it states mv: no se puede efectuar stat' sobre 'binning_results.eps': No existe el archivo o el directorio mv: no se puede efectuar
its not my language so assume its something like there is no file? which means no bins were created. (?)
might be that the conda recipe is still strange?
i would btw recommend you to install via conda singularity itself and use that (-profile singularity,local
) or ideally use docker which is the preferred and stable solution. because we preinstalled the programs in containers so stuff like this wont happen.
@RVanDamme can you tune in as you setup the conda stuff?
Yes, I will work on it ASAP.
I have run the test with singularity and everything goes well:
./nextflow run ./MUFFIN --output MUFFIN_TEST --cpus 32 --memory 128g -profile local,singularity,test
However, the last step lasts for hours and it seems it is stuck:
[6e/ce60c7] process > test [100%] 1 of 1 ✔ [f5/c5c13a] process > sourmash_download_db [100%] 1 of 1 ✔ [49/df9ebe] process > discard_short (1) [100%] 1 of 1 ✔ [19/1a198a] process > merge (1) [100%] 1 of 1 ✔ [e5/70ce0d] process > fastp [100%] 1 of 1 ✔ [f7/c80934] process > spades (1) [100%] 1 of 1 ✔ [d5/859d14] process > minimap2 (1) [100%] 1 of 1 ✔ [0c/bedda6] process > bwa (1) [100%] 1 of 1 ✔ [42/045022] process > metabat2 (1) [100%] 1 of 1 ✔ [4b/3d041b] process > maxbin2 (1) [100%] 1 of 1 ✔ [9a/7e3872] process > concoct (1) [100%] 1 of 1 ✔ [b9/9d7741] process > refine3 (1) [100%] 1 of 1 ✔ [f4/26b2a4] process > checkm (1) [100%] 1 of 1 ✔ [87/30e23f] process > sourmash_bins (5) [100%] 5 of 5 ✔ [1a/86b6c0] process > sourmash_checkm_parser (1) [100%] 1 of 1 ✔ [45/5de449] process > eggnog_download_db [100%] 1 of 1 ✔ [4f/eac265] process > eggnog_bin (1) [100%] 5 of 5 ✔ [b5/66b342] process > parser_bin (1) [ 0%] 0 of 1 [48/879ec4] process > readme_output [100%] 1 of 1 ✔ [subset, [/media/yomismo/Datos/work/31/545404067268df8ae463d452d4a9c4/bin.4.annotations.tsv, /media/yomismo/Datos/work/c7/7c2fb495f4b14d503de4a321029723/bin.3.annotations.tsv, /media/yomismo/Datos/work/00/77ab6923a559d143f0ed8ddf5e9ca7/bin.5.annotations.tsv, /media/yomismo/Datos/work/1f/60adcb2b35bda4b0ed2fc0158ca775/bin.1.annotations.tsv, /media/yomismo/Datos/work/4f/eac2651a5b3aedcb11963a8f929559/bin.2.annotations.tsv]]
is this normal?
Thanks
no, it's sadly not normal. but the parser is not that important. it just summarizes some of the data
can you paste the .command.log
file here? located in the workdir within b5/66b342*
Finally ended with this info: Completed at: 17-feb.-2022 14:55:07 Duration : 3h 22m 10s CPU hours : 134.5 Succeeded : 27
Does the test last more than 3h in new PC with 32cores?
Anyway this the .command.log output:
http://rest.kegg.jp/get/ko00230 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00962 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00873 http://rest.kegg.jp/get/ko:K21636 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01486 http://rest.kegg.jp/get/ko:K03046 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00525 http://rest.kegg.jp/get/ko:K02342 http://rest.kegg.jp/get/ko:K02343 http://rest.kegg.jp/get/ko:K02335 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00951 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01952 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01139 http://rest.kegg.jp/get/ko:K02337 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00948 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00087 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00088 http://rest.kegg.jp/get/ko:K02322 http://rest.kegg.jp/get/ko:K03763 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00958 http://rest.kegg.jp/get/ko01100 http://rest.kegg.jp/get/ko:K02160 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01681 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01838 http://rest.kegg.jp/get/ko:K08348 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01486 http://rest.kegg.jp/get/ko:K03046 http://rest.kegg.jp/get/ko:K13950 http://rest.kegg.jp/get/ko:K03731 http://rest.kegg.jp/get/ko:K02945 http://rest.kegg.jp/get/ko:K05363 http://rest.kegg.jp/get/ko:K03416 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01703 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01928 http://rest.kegg.jp/get/ko:K10714 http://rest.kegg.jp/get/ko:K20140 http://rest.kegg.jp/get/ko:K05342 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01317 http://rest.kegg.jp/get/ko:K03738 http://rest.kegg.jp/get/ko:K15671 http://rest.kegg.jp/get/ko:K12554 http://rest.kegg.jp/get/ko:K02407 http://rest.kegg.jp/get/ko:K21219 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00941 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00162 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01886 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01952 http://rest.kegg.jp/get/ko:K02492 http://rest.kegg.jp/get/ko:K05366 http://rest.kegg.jp/get/ko:K17830 http://rest.kegg.jp/get/ko:K02337 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01932 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01194 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00087 http://rest.kegg.jp/get/ko:K11381 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00876 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01955 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01190 http://rest.kegg.jp/get/ko:K03737 http://rest.kegg.jp/get/ko:K16792 http://rest.kegg.jp/get/ko:K13038 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01620 http://rest.kegg.jp/get/ko:K13503 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00161 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00688 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01585 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00525 http://rest.kegg.jp/get/ko:K11695 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01187 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00627 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00263 http://rest.kegg.jp/get/ko:K02342 http://rest.kegg.jp/get/ko:K05365 http://rest.kegg.jp/get/ko:K12524 http://rest.kegg.jp/get/ko:K05349 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01785 http://rest.kegg.jp/get/ko:K11694 http://rest.kegg.jp/get/ko:K19268 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00282 http://rest.kegg.jp/get/ko:K02343 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00335 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01087 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00928 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01599 http://rest.kegg.jp/get/ko:K18332 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00691 http://rest.kegg.jp/get/ko:K06131 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01960 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00058 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00399 http://rest.kegg.jp/get/ko:K02322 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00400 http://rest.kegg.jp/get/ko:K03763 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00958 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01897 http://rest.kegg.jp/get/ko:K05299 http://rest.kegg.jp/get/ko:K15022 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01784 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00873 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00864 http://rest.kegg.jp/get/ko:K03696 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00850 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01925 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01622 http://rest.kegg.jp/get/ko:K22424 http://rest.kegg.jp/get/ko:K13747 http://rest.kegg.jp/get/ko:K03150 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00789 http://rest.kegg.jp/get/ko:K03814 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00336 http://rest.kegg.jp/get/ko:K18354 http://rest.kegg.jp/get/ko:K02335 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01657 http://rest.kegg.jp/get/ko:K03527 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00548 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00077 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00123 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01006 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00088 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01665 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00281 http://rest.kegg.jp/get/ko:K02117 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00239 http://rest.kegg.jp/get/ko:K10960 http://rest.kegg.jp/get/ko:K21636 http://rest.kegg.jp/get/ko:K07260 http://rest.kegg.jp/get/ko:K03977 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01937 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01207 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01586 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00656 http://rest.kegg.jp/get/ko:K18331 http://rest.kegg.jp/get/ko:K03147 http://rest.kegg.jp/get/ko:K05898 http://rest.kegg.jp/get/ko:K21464 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00266 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00174 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01571 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01652 http://rest.kegg.jp/get/ko:K13735 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00948 http://rest.kegg.jp/get/ko:K04655 http://rest.kegg.jp/get/ko:K03342 http://rest.kegg.jp/get/ko:K05587 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01687 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01179 http://rest.kegg.jp/get/ko:K21574 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00820 http://rest.kegg.jp/get/ko:K11693 http://rest.kegg.jp/get/ko:K21071 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00128 http://rest.kegg.jp/get/ko01110 http://rest.kegg.jp/get/ko:K02160 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01681 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00239 http://rest.kegg.jp/get/ko:K10960 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00873 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01620 http://rest.kegg.jp/get/ko:K07260 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00850 http://rest.kegg.jp/get/ko:K13503 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01622 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00161 http://rest.kegg.jp/get/ko:K13950 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00688 http://rest.kegg.jp/get/ko:K02945 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01585 http://rest.kegg.jp/get/ko:K03416 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01703 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00627 http://rest.kegg.jp/get/ko:K10714 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00263 http://rest.kegg.jp/get/ko:K20140 http://rest.kegg.jp/get/ko:K12524 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http://rest.kegg.jp/get/ko:K02343 http://rest.kegg.jp/get/ko00970 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01875 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01874 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01873 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01887 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01869 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01872 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01890 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01868 http://rest.kegg.jp/get/ko:K06878 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01876 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01886 http://rest.kegg.jp/get/ko:K04567 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01866 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01870 http://rest.kegg.jp/get/ko00680 http://rest.kegg.jp/get/ko:K05299 http://rest.kegg.jp/get/ko:K08348 http://rest.kegg.jp/get/ko:K15022 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00197 http://rest.kegg.jp/get/ko:K16176 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00850 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01622 http://rest.kegg.jp/get/ko:K03616 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01703 http://rest.kegg.jp/get/ko:K03977 http://rest.kegg.jp/get/ko:K10714 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00193 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http://rest.kegg.jp/get/ko:K02160 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00627 http://rest.kegg.jp/get/ko:K11381 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01960 http://rest.kegg.jp/get/ko:K20140 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00162 http://rest.kegg.jp/get/ko:K01571 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00656 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00161 http://rest.kegg.jp/get/ko:K03416 http://rest.kegg.jp/get/ko00633 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00198 http://rest.kegg.jp/get/ko:K00198 http://rest.kegg.jp/get/ko:K06281
Hi again and sorry for the inconveniences. I have run the test with your last update correcting the problem with the nextflow version. Everything goes well until the installation of the conda enviroment for metawrap. This aspect is discussed at the manual. However, I have realize that in the conda config file the version used is not available: withLabel : metawrap { conda = 'ursky::metawrap-mg=1.3'}
There is not any 1.3 version, I think this is the problem and for that reason the conda environment is not created. I have changed it for: withLabel : metawrap { conda = 'ursky::metawrap-mg=1.3.2'}
and the conda environment is now correctly created!
But after a while a new error is shown:
./nextflow run ./MUFFIN --output MUFFIN_TEST --cpus 32 --memory 128g -profile local,conda,test -resume N E X T F L O W ~ version 21.10.6 Launching
./MUFFIN/main.nf
[fabulous_babbage] - revision: ab9fe45525 [- ] process > test - [- ] process > sourmash_download_db - executor > local (2) [b6/541637] process > test [ 0%] 0 of 1 [skipped ] process > sourmash_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [skipped ] process > checkm_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [- ] process > checkm_setup_db [ 0%] 0 of 1 [- ] process > discard_short - executor > local (3) [b6/541637] process > test [ 0%] 0 of 1 [skipped ] process > sourmash_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [skipped ] process > checkm_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [8e/2054f3] process > checkm_setup_db [ 0%] 0 of 1 [- ] process > discard_short - executor > local (3) [b6/541637] process > test [ 0%] 0 of 1 [skipped ] process > sourmash_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [skipped ] process > checkm_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [8e/2054f3] process > checkm_setup_db [100%] 1 of 1 ✔ [- ] process > discard_short - executor > local (3) [b6/541637] process > test [100%] 1 of 1 ✔ [skipped ] process > sourmash_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [skipped ] process > checkm_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [8e/2054f3] process > checkm_setup_db [100%] 1 of 1 ✔ [- ] process > discard_short - executor > local (4) [b6/541637] process > test [100%] 1 of 1 ✔ [skipped ] process > sourmash_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [skipped ] process > checkm_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [8e/2054f3] process > checkm_setup_db [100%] 1 of 1 ✔ [- ] process > discard_short - executor > local (5) [b6/541637] process > test [100%] 1 of 1 ✔ [skipped ] process > sourmash_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [skipped ] process > checkm_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [8e/2054f3] process > checkm_setup_db [100%] 1 of 1 ✔ [d0/bb94a3] process > discard_short (1) [ 0%] 0 of 1 executor > local (5) [b6/541637] process > test [100%] 1 of 1 ✔ [skipped ] process > sourmash_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [skipped ] process > checkm_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [8e/2054f3] process > checkm_setup_db [100%] 1 of 1 ✔ [d0/bb94a3] process > discard_short (1) [ 0%] 0 of 1 executor > local (6) [b6/541637] process > test [100%] 1 of 1 ✔ [skipped ] process > sourmash_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [skipped ] process > checkm_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [8e/2054f3] process > checkm_setup_db [100%] 1 of 1 ✔ [d0/bb94a3] process > discard_short (1) [100%] 1 of 1 ✔ executor > local (7) [b6/541637] process > test [100%] 1 of 1 ✔ [skipped ] process > sourmash_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [skipped ] process > checkm_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [8e/2054f3] process > checkm_setup_db [100%] 1 of 1 ✔ [d0/bb94a3] process > discard_short (1) [100%] 1 of 1 ✔ executor > local (9) [b6/541637] process > test [100%] 1 of 1 ✔ [skipped ] process > sourmash_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [skipped ] process > checkm_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [8e/2054f3] process > checkm_setup_db [100%] 1 of 1 ✔ [d0/bb94a3] process > discard_short (1) [100%] 1 of 1 ✔ executor > local (10) [b6/541637] process > test [100%] 1 of 1 ✔ [skipped ] process > sourmash_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [skipped ] process > checkm_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [8e/2054f3] process > checkm_setup_db [100%] 1 of 1 ✔ [d0/bb94a3] process > discard_short (1) [100%] 1 of 1 ✔ executor > local (12) executor > local (14) [b6/541637] process > test [100%] 1 of 1 ✔ [skipped ] process > sourmash_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [skipped ] process > checkm_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [8e/2054f3] process > checkm_setup_db [100%] 1 of 1 ✔ [d0/bb94a3] process > discard_short (1) [100%] 1 of 1 ✔ [1c/08b812] process > merge (1) [100%] 1 of 1 ✔ [b2/7d1748] process > fastp [100%] 1 of 1 ✔ [ca/962cd9] process > spades (1) [100%] 1 of 1 ✔ [f5/e7011e] process > minimap2 (1) [100%] 1 of 1 ✔ [2b/7af319] process > bwa (1) [100%] 1 of 1 ✔ [42/cc5482] process > metabat2 (1) [100%] 1 of 1 ✔ [c0/3ce58d] process > maxbin2 (1) [100%] 1 of 1 ✔ [13/e0de13] process > concoct (1) [100%] 1 of 1 ✔ [31/153ee2] process > refine3 (1) [ 50%] 1 of 2, failed: 1, retries: 1 [- ] process > checkm - [- ] process > sourmash_bins - [- ] process > sourmash_checkm_parser - [skipped ] process > eggnog_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [- ] process > eggnog_bin - [- ] process > parser_bin - [64/e95594] process > readme_output [100%] 1 of 1 ✔Error executing process > 'refine3 (1)'
Caused by: Process
refine3 (1)
terminated with an error exit status (1)Command executed:
mem=$(echo 128 GB | sed 's/g//g') path_db=$(cat path_db.txt) echo $path_db which checkm > checkm.txt path=$(cat checkm.txt ) path_strip1=$(dirname $path) path_strip2=$(dirname $path_strip1) sed -i 's#/srv/whitlam/bio/db/checkm_data/1.0.0#'"$path_db"'#' $path_strip2/lib/python2.7/site-packages/checkm/DATA_CONFIG echo "checkm done" metawrap bin_refinement -o refined_bins -A maxbin_bin -B bins_dir -t 32 -m $mem mkdir metawrap_bins/ mv refined_bins/metawrap_70_10_bins/*.fa metawrap_bins/ mv refined_bins/metawrap_70_10_bins.stats subset_binning_stats.txt
Command exit status: 1
Command output:
----- Re-evaluating bin quality after contig de-replication is complete! There are still 0 high ----- ----- quality bins. -----
----- making completion and contamination ranking plots for all refinement iterations -----
Loading completion info.... binsAB.stats binsA.stats binsB.stats binsM.stats binsO.stats Plotting completion data... Loading contamination info... Plotting the contamination data... Saving figures binning_results.eps and binning_results.png ...
########################################################################################################################
MOVING OVER TEMPORARY FILES
########################################################################################################################
----- making completion and contamination ranking plots of final outputs -----
Loading completion info.... bins_dir.stats maxbin_bin.stats metawrap_70_10_bins.stats Plotting completion data... Loading contamination info... Plotting the contamination data... Saving figures binning_results.eps and binning_results.png ...
----- making contig membership files (for Anvio and other applications) -----
summarizing metawrap_70_10_bins ...
########################################################################################################################
BIN_REFINEMENT PIPELINE FINISHED SUCCESSFULLY!
########################################################################################################################
Command error:
executor > local (14) [b6/541637] process > test [100%] 1 of 1 ✔ [skipped ] process > sourmash_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [skipped ] process > checkm_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [8e/2054f3] process > checkm_setup_db [100%] 1 of 1 ✔ [d0/bb94a3] process > discard_short (1) [100%] 1 of 1 ✔ [1c/08b812] process > merge (1) [100%] 1 of 1 ✔ [b2/7d1748] process > fastp [100%] 1 of 1 ✔ [ca/962cd9] process > spades (1) [100%] 1 of 1 ✔ [f5/e7011e] process > minimap2 (1) [100%] 1 of 1 ✔ [2b/7af319] process > bwa (1) [100%] 1 of 1 ✔ [42/cc5482] process > metabat2 (1) [100%] 1 of 1 ✔ [c0/3ce58d] process > maxbin2 (1) [100%] 1 of 1 ✔ [13/e0de13] process > concoct (1) [100%] 1 of 1 ✔ [31/153ee2] process > refine3 (1) [100%] 2 of 2, failed: 2, retries: 1 ✘ [- ] process > checkm - [- ] process > sourmash_bins - [- ] process > sourmash_checkm_parser - [skipped ] process > eggnog_download_db [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ [- ] process > eggnog_bin - [- ] process > parser_bin - [64/e95594] process > readme_output [100%] 1 of 1 ✔ Error executing process > 'refine3 (1)'
Caused by: Process
refine3 (1)
terminated with an error exit status (1)Command executed:
mem=$(echo 128 GB | sed 's/g//g') path_db=$(cat path_db.txt) echo $path_db which checkm > checkm.txt path=$(cat checkm.txt ) path_strip1=$(dirname $path) path_strip2=$(dirname $path_strip1) sed -i 's#/srv/whitlam/bio/db/checkm_data/1.0.0#'"$path_db"'#' $path_strip2/lib/python2.7/site-packages/checkm/DATA_CONFIG echo "checkm done" metawrap bin_refinement -o refined_bins -A maxbin_bin -B bins_dir -t 32 -m $mem mkdir metawrap_bins/ mv refined_bins/metawrap_70_10_bins/*.fa metawrap_bins/ mv refined_bins/metawrap_70_10_bins.stats subset_binning_stats.txt
Command exit status: 1
Command output:
----- Re-evaluating bin quality after contig de-replication is complete! There are still 0 high ----- ----- quality bins. -----
----- making completion and contamination ranking plots for all refinement iterations -----
Loading completion info.... binsAB.stats binsA.stats binsB.stats binsM.stats binsO.stats Plotting completion data... Loading contamination info... Plotting the contamination data... Saving figures binning_results.eps and binning_results.png ...
########################################################################################################################
MOVING OVER TEMPORARY FILES
########################################################################################################################
----- making completion and contamination ranking plots of final outputs -----
Loading completion info.... bins_dir.stats maxbin_bin.stats metawrap_70_10_bins.stats Plotting completion data... Loading contamination info... Plotting the contamination data... Saving figures binning_results.eps and binning_results.png ...
----- making contig membership files (for Anvio and other applications) -----
summarizing metawrap_70_10_bins ...
########################################################################################################################
BIN_REFINEMENT PIPELINE FINISHED SUCCESSFULLY!
########################################################################################################################
Command error:
[CheckM - qa] Tabulating genome statistics.
mv: no se puede efectuar
stat' sobre 'binning_results.eps': No existe el archivo o el directorio mv: no se puede efectuar
stat' sobre 'binsC': No existe el archivo o el directorio mv: no se puede efectuar `stat' sobre 'binning_results.eps': No existe el archivo o el directorio cat: 'metawrap_70_10_bins/.fa': No existe el archivo o el directorioreal 16m35,180s user 22m53,817s sys 1m23,580s mv: no se puede efectuar `stat' sobre 'refined_bins/metawrap_70_10_bins/*.fa': No existe el archivo o el directorio
Work dir: /media/yomismo/Datos/work/31/153ee281cd2f483b50b2ab4077aa88
Tip: you can replicate the issue by changing to the process work dir and entering the command
bash .command.run
Thanks for the help in advance.