运行时遇到卡顿问题

[Qingyang-Huang]

您好我在多线程下运行时遇到了卡顿问题，结果文件不更新，也不报错，使用top查看CPU利用率只有10%左右，下图展示的是16线程下运行一段时间的top结果 单线程下可以正常运行结束退出 我使用gdb打断点查找可能的卡住的原因可能是在PeQc::WriteSeFastqTask1()和void PeQc::WriteSeFastqTask2()位置，具体debug结果如下图：

[yanlifeng]

您好！

感谢使用我们的软件，请问可以提供一下详细的运行环境和运行参数吗？比如操作系统，编译器版本，文件规模/是否压缩等。

[Qingyang-Huang]

您好 我使用的是centOS7，gcc9.3.1, 文件是PE150的fq.gz, 需要压缩

[yanlifeng]

您好！ 感谢您发现的问题，我们初步判断是pugz解压缩不稳定的原因，我们正在修复这个问题，如果您着急使用的话可以用igzip解压缩引擎（使用方法见https://github.com/RabbitBio/RabbitQCPlus/blob/master/use_igzip），igzip相比pugz有20%左右的性能损失，但是它资源占用少，可以省出更多的线程用给压缩引擎。

[Qingyang-Huang]

您好，请问已经复现到问题了吗

[yanlifeng]

您好！ 我们已经复现出了这个问题，其根本原因是pugz解压缩引擎出现了问题，导致后面QC线程和write线程没有可以处理的数据，所以看起来卡在了WriteSeFastqTask这个函数这里，我们正在解决这个解压缩引擎的问题。 但是我们复现的过程中出现该问题的几率很小，不好调试，如果您能提供一下详细的命令行运行参数和数据（如果方便的话，比如可下载的地址）将会加速我们解决该问题的速度。 祝好！

[Qingyang-Huang]

您好 已经发送到您的邮箱lifeng.yan@mail.sdu.edu.cn，请查收

[Qingyang-Huang]

您好，这个问题解决了吗

[yanlifeng]

您好，再次感谢您为我们提供测试数据。 我们定位到这个出错的原因是pugz不能正常解压缩这个文件，我们测试了原生的pugz也存在该问题。我们正在追踪更深层次的bug产生的原因，但是目前还没有明确定位到该bug，由于pugz的代码逻辑比较复杂我们还要花一些时间来修复这个问题。 在此之前您可以使用RabbitQCplus中的igzip压缩引擎来处理数据（使用方法见https://github.com/RabbitBio/RabbitQCPlus/blob/master/use_igzip）。 再次感谢您对我们工作的支持，我们在修复该问题后会第一时间通知您。 祝好！

[yanlifeng]

您好，这个问题我们已经在最新的代码中解决了，再次感谢您提供的数据！ 祝好！