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Rekyt / rtaxref

:package: R client to the API of French Taxonomical Reference (TAXREF)
https://rekyt.github.io/rtaxref/
GNU General Public License v3.0
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Possible to query different versions of taxref with the rtaxref package ? #21

Closed PascalIrz closed 2 years ago

PascalIrz commented 2 years ago

Bonjour, Merci pour votre développement de package qui répond forcément à des besoins. Sur la page de l'API je lis "Cette API diffuse les informations du référentiel national TAXREF (de la version 2.0 à la version 15.0) et de la Base de connaissance associée à la version 15.0.". Est-il possible d'interroger une version spécifique de Taxref avec les fonctions du package {rtaxref} ? Merci d'avance.

Rekyt commented 2 years ago

Bonjour @PascalIrz, Merci beaucoup de votre intérêt ! En effet TAXREF rend possible l'interrogation de toutes les versions de TAXREF (ce qui est très utile).

La plupart des fonctions qui proposent une requête via un identifiant de TAXREF (par ex. rt_taxa_children()) répondent pour toutes les versions de TAXREF. Ces requêtes renvoient une colonne taxrefVersion qui permet de connaître la version la plus récente (et l'historique) du taxon en question.

D'autres fonctions permettent l'interrogation d'une version de TAXREF spécifique (rt_taxa_search() et une extension de rt_operational_groups() pas encore disponible). Malheureusement, pour l'instant, je n'ai pas implémenté cette possibilité dans rtaxref, ce ne devrait pas être trop compliqué à faire dans la mesure où il suffit d'ajouter un argument version à la requête.

Je n'aurais pas le temps de l'implémenter tout de suite, donc si jamais vous souhaitez le faire, je suis évidemment ouvert à des pulls request :)

Rekyt commented 2 years ago

Je rajoute qu'avec rt_taxref_history() vous pouvez obtenir l'historique des noms de taxons dans les différentes versions de TAXREF.

PascalIrz commented 2 years ago

Merci pour cette réponse rapide ! Je vais jeter un oeil sur le code et s'il y a matière à PR je fais ça.

Rekyt commented 2 years ago

rt_taxa_search() dispose maintenant d'un argument version qui permet d'interroger spécifiquement les différentes versions de TAXREF! Il faut que l'argument soit de la forme "2.0", "3.0", etc.

Je rappelle que le package est pour l'instant loin de la stabilité parce qu'il n'effectue aucun vérification a priori des arguments.

Et je suis toujours preneur de retours/suggestions/bugs pour l'améliorer.