RolyPolyCoily / NGSv2

NGS教本v2
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p.88 データのダウンロードについて #4

Open eijin0523 opened 3 years ago

eijin0523 commented 3 years ago

お世話になります。

cat SRR_Acc_List.txt | while read line; do cmd="fasterq-dump --split-files ${line}; gzip ${line}*fastq"; eval ${cmd}; done

を試したのですが、エラーが出ました。 そこで、

fasterq-dump SRR1551071

を試したのですが、次のようなエラーがでてダウンロードできません。

error from srapath: Error: RC(rcVFS,rcQuery,rcResolving,rcName,rcNotFound)

どう解決すれば良いでしょうか? ご回答、よろしくお願い致します。

(追記) pythonのバージョンが最新版でないことが原因でした。 無事に先に進むことができました。