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RolyPolyCoily / NGSv2

NGS教本v2
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H5Fopen(file, "H5F_ACC_RDONLY", native = native) でエラー #5

Open Hanzou3104 opened 3 years ago

Hanzou3104 commented 3 years ago

突然失礼致します。 ご記載頂いている以下の内容の後にエラーが出てしまいます。 一度は問題なくドライブしたため、全く原因が分からず、もしご経験のある方がいらっしゃいましたら、 ご教授を頂けないでしょうか？

so <- sleuth_prep(s2c, extra_bootstrap_summary=T, target_mapping=t2g) reading in kallisto results dropping unused factor levels . H5Fopen(file, "H5F_ACC_RDONLY", native = native) でエラー: HDF5. File accessibilty. Unable to open file.

RolyPolyCoily commented 3 years ago

申し訳ございません。github素人のため、こちらにコメントを頂いていたことに全く気付いておりませんでした。 kallistoに原因があるようです。私にはピンポイントでの対応が難しく、現時点ではkallistoと関連ツールの再インストールが有効かと思います。システムに影響しないようcondaで独立した環境を立ち上げ、その内部で各種ツールをインストールするのが現実的な方法かと思われます。 https://shallowbioinfomatics.blogspot.com/2021/02/sleuth-hdf5-file-accessibilty-unable-to.html

Hanzou3104 commented 3 years ago

解決策をご提示下さり、誠に有難うございます。 ご教授頂きました方法で無事にエラーが改善致しました。 ご丁寧なご対応を大変感謝致します！