Gelabert2021

[ktozdogan]

Pull Request

This PR is for a

• [x] New Publication(s)
• [ ] Correction

For the following list(s):

• [x] ancientmetagenome-environmental (README, ask @thedir-team-dirt for advice)
• [ ] ancientmetagenome-hostassociated (README, ask @thedir-team-bugparty for advice)
• [ ] ancientsinglegenome-hostassociated (README, ask @thedir-team-pathopeeps for advice)

New Publication

Publication Information

This pull request is to add samples from the following publication(s): Gelabert et al., 2021 10.1016/j.cub.2021.06.023

This is to close #1001

Checklist

• [x] Publication is published (preprints currently not accepted)?
• [x] Checked the publication is not already in the database?
• [x] Checked samples in this publication are not previously published data (newly re-sequenced metagenomes are OK!)?
• [x] Samples are shotgun metagenomes (hostassociated-singlegenome may also contain whole-genome enriched data)?
• [x] Checked the list follows conventions as described in the corresponding sample type's README file (e.g. using ERS/SRS accession codes for ENA/SRA)?
• [x] Changelog is updated to include the publication under 'Added'?
• [ ] Pull request has passed validation checks (see automated comment from github-bot)?
• [ ] Review requested from corresponding team (see list of lists above for each team)?
• [ ] (If applicable) Made a separate PR to add new categories to controlled lists (stored under /assets/enums, e.g. material or archive)? If so the corresponding PR is here:

If you do not know how to check errors in failed validation checks, expand here

Correction

This PR is for

• [ ] ancientmetagenome-hostassociated
• [ ] ancientsinglegenome-hostassociated
• [ ] ancientmetagenome-environmental

Reference

This pull request is to correct samples from the following publication(s):

This is to close

Description

The issue is:

Checklist

• [ ] Checked the corrected entries follow conventions as described in the corresponding sample type's README file (e.g. using ERS/SRS accession codes for ENA/SRA)
• [ ] Changelog is updated to include the publication under 'Changed'?
• [ ] Pull request has passed validation checks (see automated comment from github-bot)?
• [ ] Review requested from corresponding team (see list of lists above for each team)?

[github-actions[bot]]

ancientMetagenomeDirCheck, version 1.3

Ancient Metagenome Host Associated Samples

Checking ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s.tsv against schema ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Single Genome Host Associated Samples

Checking ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples.tsv against schema ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Environmental Samples

Checking ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmental_samples. tsv against schema ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmentalsamples schema.json

Errors were found, please unfold below to see errors:

``` Validation Errors were found ┏━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┓ ┃ Offending value ┃ Line number ┃ Column ┃ Error ┃ ┡━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┩ │ 266 │ 236 │ depth │ '266' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 1094 │ 147 │ depth │ '1094' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 838 │ 292 │ depth │ '838' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 44 │ 194 │ depth │ '44' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 679 │ 258 │ depth │ '679' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 376 │ 9 │ depth │ '376' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 10 │ 180 │ depth │ '10' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 348 │ 48 │ depth │ '348' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 153 │ 220 │ depth │ '153' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 157 │ 222 │ depth │ '157' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 531 │ 254 │ depth │ '531' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 822 │ 282 │ depth │ '822' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 83 │ 204 │ depth │ '83' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 110 │ 50 │ depth │ '110' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 493 │ 252 │ depth │ '493' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 846 │ 284 │ depth │ '846' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 580 │ 370 │ depth │ '580' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 509 │ 266 │ depth │ '509' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 403 │ 5 │ depth │ '403' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 1094 │ 145 │ depth │ '1094' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 523 │ 261 │ depth │ '523' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 155 │ 221 │ depth │ '155' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 4 │ 208 │ depth │ '4' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 527 │ 246 │ depth │ '527' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 16 │ 181 │ depth │ '16' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 497 │ 253 │ depth │ '497' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 138 │ 31 │ depth │ '138' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 521 │ 273 │ depth │ '521' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 6 │ 179 │ depth │ '6' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 138 │ 30 │ depth │ '138' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 719 │ 248 │ depth │ '719' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 501 │ 250 │ depth │ '501' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 794 │ 285 │ depth │ '794' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 191 │ 229 │ depth │ '191' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 830 │ 291 │ depth │ '830' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 41 │ 185 │ depth │ '41' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 481 │ 267 │ depth │ '481' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 104 │ 19 │ depth │ '104' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 289 │ 239 │ depth │ '289' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 4 │ 205 │ depth │ '4' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ cave sediment │ 384 │ material │ 'cave sediment' is not an │ │ │ │ │ accepted value. │ │ │ │ │ Please check │ │ │ │ │ https://spaam-community.github.io │ │ │ │ │ /AncientMetagenomeDir/assets/enum │ │ │ │ │ s/material.json │ │ 140 │ 215 │ depth │ '140' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 365 │ 10 │ depth │ '365' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 485 │ 262 │ depth │ '485' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 310 │ 46 │ depth │ '310' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 619 │ 247 │ depth │ '619' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 348 │ 49 │ depth │ '348' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 43 │ 203 │ depth │ '43' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 60 │ 379 │ depth │ '60' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 5 │ 196 │ depth │ '5' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 503 │ 251 │ depth │ '503' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 95 │ 15 │ depth │ '95' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 104 │ 21 │ depth │ '104' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 210 │ 373 │ depth │ '210' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 1094 │ 144 │ depth │ '1094' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 133 │ 212 │ depth │ '133' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 511 │ 257 │ depth │ '511' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 148 │ 217 │ depth │ '148' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 74 │ 192 │ depth │ '74' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 47 │ 366 │ depth │ '47' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 195 │ 231 │ depth │ '195' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 1102 │ 368 │ depth │ '1102' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 3 │ 202 │ depth │ '3' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 256 │ 235 │ depth │ '256' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 477 │ 274 │ depth │ '477' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 153 │ 227 │ depth │ '153' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 4 │ 189 │ depth │ '4' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 525 │ 271 │ depth │ '525' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 150 │ 218 │ depth │ '150' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 134 │ 213 │ depth │ '134' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 95 │ 14 │ depth │ '95' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 1 │ 209 │ depth │ '1' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 212 │ 41 │ depth │ '212' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 212 │ 38 │ depth │ '212' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 88 │ 365 │ depth │ '88' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 253 │ 234 │ depth │ '253' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 469 │ 276 │ depth │ '469' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 353 │ 12 │ depth │ '353' is not of 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depth │ '151' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 282 │ 45 │ depth │ '282' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 4 │ 193 │ depth │ '4' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 786 │ 279 │ depth │ '786' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 996 │ 293 │ depth │ '996' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 296 │ 241 │ depth │ '296' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 95 │ 16 │ depth │ '95' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 1109 │ 296 │ depth │ '1109' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 265 │ 245 │ depth │ '265' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 167 │ 34 │ depth │ '167' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 465 │ 275 │ depth │ '465' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 507 │ 255 │ depth │ '507' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 365 │ 11 │ depth │ '365' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 131 │ 210 │ depth │ '131' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ 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'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 221 │ 232 │ depth │ '221' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 45 │ 197 │ depth │ '45' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 294 │ 240 │ depth │ '294' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 551 │ 249 │ depth │ '551' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 120 │ 22 │ depth │ '120' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 599 │ 244 │ depth │ '599' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 1000 │ 294 │ depth │ '1000' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 167 │ 36 │ depth │ '167' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 1480 │ 371 │ depth │ '1480' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 513 │ 272 │ depth │ '513' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 138 │ 27 │ depth │ '138' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 212 │ 40 │ depth │ '212' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 159 │ 223 │ depth │ '159' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 4 │ 178 │ depth │ '4' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 435 │ 3 │ depth │ '435' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 79 │ 188 │ depth │ '79' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 481 │ 242 │ depth │ '481' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 84 │ 201 │ depth │ '84' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 55 │ 225 │ depth │ '55' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 353 │ 13 │ depth │ '353' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 416 │ 4 │ depth │ '416' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 247 │ 43 │ depth │ '247' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 802 │ 286 │ depth │ '802' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 373 │ 256 │ depth │ '373' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 393 │ 7 │ depth │ '393' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 104 │ 18 │ depth │ '104' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 376 │ 8 │ depth │ '376' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 138 │ 28 │ depth │ '138' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 145 │ 216 │ depth │ '145' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 212 │ 39 │ depth │ '212' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 826 │ 290 │ depth │ '826' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ - │ 384 │ depth │ '-' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 517 │ 268 │ depth │ '517' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 104 │ 20 │ depth │ '104' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 113 │ 226 │ depth │ '113' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 1237 │ 298 │ depth │ '1237' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 24 │ 190 │ depth │ '24' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 85 │ 198 │ depth │ '85' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 122 │ 364 │ depth │ '122' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 9 │ 207 │ depth │ '9' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 247 │ 42 │ depth │ '247' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 160 │ 375 │ depth │ '160' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 1094 │ 146 │ depth │ '1094' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 61 │ 186 │ depth │ '61' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 834 │ 283 │ depth │ '834' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 137 │ 214 │ depth │ '137' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 814 │ 288 │ depth │ '814' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 84 │ 195 │ depth │ '84' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 71 │ 187 │ depth │ '71' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 126 │ 24 │ depth │ '126' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 167 │ 37 │ depth │ '167' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ └─────────────────┴─────────────┴──────────┴───────────────────────────────────┘ The following type of errors were found: • DatasetValidationError ```

[github-actions[bot]]

ancientMetagenomeDirCheck, version 1.3

Ancient Metagenome Host Associated Samples

Checking ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s.tsv against schema ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Single Genome Host Associated Samples

Checking ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples.tsv against schema ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Environmental Samples

Checking ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmental_samples. tsv against schema ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmentalsamples schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Host Associated Libraries

Checking ancientmetagenome-hostassociated/libraries/ancientmetagenome-hostassociated_libr aries.tsv against schema ancientmetagenome-hostassociated/libraries/ancientmetagenome-hostassociated_libr aries_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Single Genome Host Associated Libraries

Checking ancientsinglegenome-hostassociated/libraries/ancientsinglegenome-hostassociated libraries.tsv against schema ancientsinglegenome-hostassociated/libraries/ancientsinglegenome-hostassociated libraries_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Environmental Libraries

Checking ancientmetagenome-environmental/libraries/ancientmetagenome-environmental_librar ies.tsv against schema ancientmetagenome-environmental/libraries/ancientmetagenome-environmental_librar ies_schema.json All is good, no errors were found !

[jfy133]

Waiting for feedback from the community for this one... see issue for thoughts: https://spaam-community.slack.com/archives/C0183TC8B0R/p1667987904955569

[jfy133]

https://github.com/SPAAM-community/AncientMetagenomeDir/issues/1001#issuecomment-1308535612 approved for inclusion! I'll get to reviewing in a bit :)

[jfy133]

Actually I'll wait until libraries are in @ktozdogan

[github-actions[bot]]

ancientMetagenomeDirCheck, version 1.3

Ancient Metagenome Host Associated Samples

Checking ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s.tsv against schema ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Single Genome Host Associated Samples

Checking ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples.tsv against schema ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Environmental Samples

Checking ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmental_samples. tsv against schema ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmentalsamples schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Host Associated Libraries

Checking ancientmetagenome-hostassociated/libraries/ancientmetagenome-hostassociated_libr aries.tsv against schema ancientmetagenome-hostassociated/libraries/ancientmetagenome-hostassociated_libr aries_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Single Genome Host Associated Libraries

Checking ancientsinglegenome-hostassociated/libraries/ancientsinglegenome-hostassociated libraries.tsv against schema ancientsinglegenome-hostassociated/libraries/ancientsinglegenome-hostassociated libraries_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Environmental Libraries

Checking ancientmetagenome-environmental/libraries/ancientmetagenome-environmental_librar ies.tsv against schema ancientmetagenome-environmental/libraries/ancientmetagenome-environmental_librar ies_schema.json All is good, no errors were found !

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ancientMetagenomeDirCheck, version 1.3

Ancient Metagenome Host Associated Samples

Checking ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s.tsv against schema ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Single Genome Host Associated Samples

Checking ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples.tsv against schema ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Environmental Samples

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``` Validation Errors were found ┏━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┓ ┃ Offending value ┃ Line number ┃ Column ┃ Error ┃ ┡━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┩ │ 4 │ 193 │ depth │ '4' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 16 │ 181 │ depth │ '16' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 138 │ 27 │ depth │ '138' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 465 │ 275 │ depth │ '465' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 55 │ 225 │ depth │ '55' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 185 │ 374 │ depth │ '185' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 271 │ 237 │ depth │ '271' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 580 │ 370 │ depth │ '580' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 140 │ 215 │ depth │ '140' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 5 │ 196 │ depth │ '5' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 1094 │ 147 │ depth │ '1094' is not 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ancientMetagenomeDirCheck, version 1.3

Ancient Metagenome Host Associated Samples

Checking ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s.tsv against schema ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Single Genome Host Associated Samples

Checking ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples.tsv against schema ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Environmental Samples

Checking ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmental_samples. tsv against schema ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmentalsamples schema.json

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``` Validation Errors were found ┏━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┓ ┃ Offending value ┃ Line number ┃ Column ┃ Error ┃ ┡━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┩ │ 4 │ 193 │ depth │ '4' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 140 │ 215 │ depth │ '140' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 513 │ 272 │ depth │ '513' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 469 │ 276 │ depth │ '469' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 193 │ 230 │ depth │ '193' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 826 │ 290 │ depth │ '826' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 296 │ 241 │ depth │ '296' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 507 │ 255 │ depth │ '507' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 153 │ 220 │ depth │ '153' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 235 │ 233 │ depth │ '235' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 282 │ 45 │ depth │ '282' 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'523' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ cave sediment │ 384 │ material │ 'cave sediment' is not an │ │ │ │ │ accepted value. │ │ │ │ │ Please check │ │ │ │ │ https://spaam-community.github.io │ │ │ │ │ /AncientMetagenomeDir/assets/enum │ │ │ │ │ s/material.json │ │ 15 │ 224 │ depth │ '15' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 253 │ 234 │ depth │ '253' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 212 │ 41 │ depth │ '212' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 41 │ 184 │ depth │ '41' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 10 │ 180 │ depth │ '10' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 95 │ 17 │ depth │ '95' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ └─────────────────┴─────────────┴──────────┴───────────────────────────────────┘ The following type of errors were found: • DatasetValidationError ```

[github-actions[bot]]

ancientMetagenomeDirCheck, version 1.3

Ancient Metagenome Host Associated Samples

Checking ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s.tsv against schema ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Single Genome Host Associated Samples

Checking ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples.tsv against schema ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Environmental Samples

Checking ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmental_samples. tsv against schema ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmentalsamples schema.json

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``` Validation Errors were found ┏━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┓ ┃ Offending value ┃ Line number ┃ Column ┃ Error ┃ ┡━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┩ │ 16 │ 181 │ depth │ '16' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 193 │ 230 │ depth │ '193' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 134 │ 213 │ depth │ '134' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 282 │ 44 │ depth │ '282' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 253 │ 234 │ depth │ '253' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 527 │ 246 │ depth │ '527' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 619 │ 247 │ depth │ '619' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 85 │ 378 │ depth │ '85' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 465 │ 275 │ depth │ '465' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ - │ 384 │ depth │ '-' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 256 │ 235 │ depth │ '256' is 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[github-actions[bot]]

ancientMetagenomeDirCheck, version 1.3

Ancient Metagenome Host Associated Samples

Checking ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s.tsv against schema ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Single Genome Host Associated Samples

Checking ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples.tsv against schema ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Environmental Samples

Checking ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmental_samples. tsv against schema ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmentalsamples schema.json

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``` Validation Errors were found ┏━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┓ ┃ Offending value ┃ Line number ┃ Column ┃ Error ┃ ┡━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┩ │ 838 │ 292 │ depth │ '838' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 4 │ 208 │ depth │ '4' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 525 │ 271 │ depth │ '525' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 806 │ 287 │ depth │ '806' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 846 │ 284 │ depth │ '846' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 145 │ 435 │ depth │ '145' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 148 │ 217 │ depth │ '148' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 145 │ 395 │ depth │ '145' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 4760 │ 452 │ depth │ '4760' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 145 │ 438 │ depth │ '145' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 145 │ 412 │ depth │ 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[github-actions[bot]]

ancientMetagenomeDirCheck, version 1.3

Ancient Metagenome Host Associated Samples

Checking ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s.tsv against schema ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Single Genome Host Associated Samples

Checking ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples.tsv against schema ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Environmental Samples

Checking ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmental_samples. tsv against schema ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmentalsamples schema.json

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``` Validation Errors were found ┏━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┓ ┃ Offending value ┃ Line number ┃ Column ┃ Error ┃ ┡━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┩ │ 469 │ 276 │ depth │ '469' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 403 │ 5 │ depth │ '403' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 149 │ 32 │ depth │ '149' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 786 │ 279 │ depth │ '786' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 135 │ 376 │ depth │ '135' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 104 │ 20 │ depth │ '104' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 79 │ 188 │ depth │ '79' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 93 │ 469 │ depth │ '93' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 212 │ 38 │ depth │ '212' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 802 │ 286 │ depth │ '802' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 499 │ 269 │ depth │ '499' is 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[github-actions[bot]]

ancientMetagenomeDirCheck, version 1.3

Ancient Metagenome Host Associated Samples

Checking ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s.tsv against schema ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Single Genome Host Associated Samples

Checking ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples.tsv against schema ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Environmental Samples

Checking ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmental_samples. tsv against schema ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmentalsamples schema.json

Errors were found, please unfold below to see errors:

``` Validation Errors were found ┏━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┓ ┃ Offending value ┃ Line number ┃ Column ┃ Error ┃ ┡━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┩ │ 124 │ 442 │ depth │ '124' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 148 │ 217 │ depth │ '148' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 145 │ 441 │ depth │ '145' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 145 │ 421 │ depth │ '145' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 145 │ 405 │ depth │ '145' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 145 │ 406 │ depth │ '145' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 153 │ 220 │ depth │ '153' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 212 │ 39 │ depth │ '212' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 938 │ 367 │ depth │ '938' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 145 │ 216 │ depth │ '145' is not of type 'integer', │ │ │ │ │ 'null' │ │ 55 │ 191 │ depth │ '55' 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[github-actions[bot]]

ancientMetagenomeDirCheck, version 1.3

Ancient Metagenome Host Associated Samples

Checking ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s.tsv against schema ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Single Genome Host Associated Samples

Checking ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples.tsv against schema ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Environmental Samples

Checking ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmental_samples. tsv against schema ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmentalsamples schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Host Associated Libraries

Checking ancientmetagenome-hostassociated/libraries/ancientmetagenome-hostassociated_libr aries.tsv against schema ancientmetagenome-hostassociated/libraries/ancientmetagenome-hostassociated_libr aries_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Single Genome Host Associated Libraries

Checking ancientsinglegenome-hostassociated/libraries/ancientsinglegenome-hostassociated libraries.tsv against schema ancientsinglegenome-hostassociated/libraries/ancientsinglegenome-hostassociated libraries_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Environmental Libraries

Checking ancientmetagenome-environmental/libraries/ancientmetagenome-environmental_librar ies.tsv against schema ancientmetagenome-environmental/libraries/ancientmetagenome-environmental_librar ies_schema.json All is good, no errors were found !

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ancientMetagenomeDirCheck, version 1.3

Ancient Metagenome Host Associated Samples

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Ancient Single Genome Host Associated Samples

Checking ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples.tsv against schema ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Environmental Samples

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Ancient Metagenome Host Associated Libraries

Checking ancientmetagenome-hostassociated/libraries/ancientmetagenome-hostassociated_libr aries.tsv against schema ancientmetagenome-hostassociated/libraries/ancientmetagenome-hostassociated_libr aries_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Single Genome Host Associated Libraries

Checking ancientsinglegenome-hostassociated/libraries/ancientsinglegenome-hostassociated libraries.tsv against schema ancientsinglegenome-hostassociated/libraries/ancientsinglegenome-hostassociated libraries_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Environmental Libraries

Checking ancientmetagenome-environmental/libraries/ancientmetagenome-environmental_librar ies.tsv against schema ancientmetagenome-environmental/libraries/ancientmetagenome-environmental_librar ies_schema.json All is good, no errors were found !