Iwańska2022

[ktozdogan]

Pull Request

This PR is for a

• [x] New Publication(s)
• [ ] Correction

For the following list(s):

• [x] ancientmetagenome-environmental (README, ask @thedir-team-dirt for advice)
• [ ] ancientmetagenome-hostassociated (README, ask @thedir-team-bugparty for advice)
• [ ] ancientsinglegenome-hostassociated (README, ask @thedir-team-pathopeeps for advice)

New Publication

Publication Information

This pull request is to add samples from the following publication(s): Iwańska et al., 2022 10.1038/s41598-022-12761-w

This is to close #933

Checklist

• [x] Publication is published (preprints currently not accepted)?
• [x] Checked the publication is not already in the database?
• [x] Checked samples in this publication are not previously published data (newly re-sequenced metagenomes are OK!)?
• [x] Samples are shotgun metagenomes (hostassociated-singlegenome may also contain whole-genome enriched data)?
• [x] Checked the list follows conventions as described in the corresponding sample type's README file (e.g. using ERS/SRS accession codes for ENA/SRA)?
• [x] Changelog is updated to include the publication under 'Added'?
• [ ] Pull request has passed validation checks (see automated comment from github-bot)?
• [ ] Review requested from corresponding team (see list of lists above for each team)?
• [ ] (If applicable) Made a separate PR to add new categories to controlled lists (stored under /assets/enums, e.g. material or archive)? If so the corresponding PR is here:

If you do not know how to check errors in failed validation checks, expand here

Correction

This PR is for

• [ ] ancientmetagenome-hostassociated
• [ ] ancientsinglegenome-hostassociated
• [ ] ancientmetagenome-environmental

Reference

This pull request is to correct samples from the following publication(s):

This is to close

Description

The issue is:

Checklist

• [ ] Checked the corrected entries follow conventions as described in the corresponding sample type's README file (e.g. using ERS/SRS accession codes for ENA/SRA)
• [ ] Changelog is updated to include the publication under 'Changed'?
• [ ] Pull request has passed validation checks (see automated comment from github-bot)?
• [ ] Review requested from corresponding team (see list of lists above for each team)?

[github-actions[bot]]

ancientMetagenomeDirCheck, version 1.3

Ancient Metagenome Host Associated Samples

Checking ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s.tsv against schema ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Single Genome Host Associated Samples

Checking ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples.tsv against schema ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Environmental Samples

Checking ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmental_samples. tsv against schema ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmentalsamples schema.json

Errors were found, please unfold below to see errors:

``` Validation Errors were found ┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━┳━━━━━┳━━━━━━┓ ┃ ┃ Line ┃ ┃ Erro ┃ ┃ Offending value ┃ num… ┃ Co… ┃ r ┃ ┡━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━╇━━━━━╇━━━━━━┩ │ 10.1016/j.palaeo.2012.08.016, 10.1038/s41598-022-12761-w │ 397 │ sa… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ │ │ │ │ 8.01 │ │ │ │ │ 6, │ │ │ │ │ 10.1 │ │ │ │ │ 038/ │ │ │ │ │ s415 │ │ │ │ │ 98-0 │ │ │ │ │ 22-1 │ │ │ │ │ 2761 │ │ │ │ │ -w' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^10 │ │ │ │ │ .\\d │ │ │ │ │ {4,9 │ │ │ │ │ }\\/ │ │ │ │ │ [^,] │ │ │ │ │ +$' │ │ 10.1016/j.palaeo.2012.08.016, 10.1038/s41598-022-12761-w │ 394 │ sa… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ │ │ │ │ 8.01 │ │ │ │ │ 6, │ │ │ │ │ 10.1 │ │ │ │ │ 038/ │ │ │ │ │ s415 │ │ │ │ │ 98-0 │ │ │ │ │ 22-1 │ │ │ │ │ 2761 │ │ │ │ │ -w' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^10 │ │ │ │ │ .\\d │ │ │ │ │ {4,9 │ │ │ │ │ }\\/ │ │ │ │ │ [^,] │ │ │ │ │ +$' │ │ microbial,floral │ 392 │ st… │ 'mic │ │ │ │ │ robi │ │ │ │ │ al,f │ │ │ │ │ lora │ │ │ │ │ l' │ │ │ │ │ is │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ an │ │ │ │ │ acce │ │ │ │ │ pted │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ valu │ │ │ │ │ e. │ │ │ │ │ Plea │ │ │ │ │ se │ │ │ │ │ chec │ │ │ │ │ k │ │ │ │ │ http │ │ │ │ │ s:// │ │ │ │ │ spaa │ │ │ │ │ m-co │ │ │ │ │ mmun │ │ │ │ │ ity. │ │ │ │ │ gith │ │ │ │ │ ub.i │ │ │ │ │ o/An │ │ │ │ │ cien │ │ │ │ │ tMet │ │ │ │ │ agen │ │ │ │ │ omeD │ │ │ │ │ ir/a │ │ │ │ │ sset │ │ │ │ │ s/en │ │ │ │ │ ums/ │ │ │ │ │ stud │ │ │ │ │ y_pr │ │ │ │ │ imar │ │ │ │ │ y_fo │ │ │ │ │ cus. │ │ │ │ │ json │ │ microbial,floral │ 399 │ st… │ 'mic │ │ │ │ │ robi │ │ │ │ │ al,f │ │ │ │ │ lora │ │ │ │ │ l' │ │ │ │ │ is │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ an │ │ │ │ │ acce │ │ │ │ │ pted │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ valu │ │ │ │ │ e. │ │ │ │ │ Plea │ │ │ │ │ se │ │ │ │ │ chec │ │ │ │ │ k │ │ │ │ │ http │ │ 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ub.i │ │ │ │ │ o/An │ │ │ │ │ cien │ │ │ │ │ tMet │ │ │ │ │ agen │ │ │ │ │ omeD │ │ │ │ │ ir/a │ │ │ │ │ sset │ │ │ │ │ s/en │ │ │ │ │ ums/ │ │ │ │ │ stud │ │ │ │ │ y_pr │ │ │ │ │ imar │ │ │ │ │ y_fo │ │ │ │ │ cus. │ │ │ │ │ json │ │ 10.1016/j.palaeo.2012.08.016, 10.1038/s41598-022-12761-w │ 392 │ sa… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ │ │ │ │ 8.01 │ │ │ │ │ 6, │ │ │ │ │ 10.1 │ │ │ │ │ 038/ │ │ │ │ │ s415 │ │ │ │ │ 98-0 │ │ │ │ │ 22-1 │ │ │ │ │ 2761 │ │ │ │ │ -w' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^10 │ │ │ │ │ .\\d │ │ │ │ │ {4,9 │ │ │ │ │ }\\/ │ │ │ │ │ [^,] │ │ │ │ │ +$' │ │ 10.1016/j.palaeo.2012.08.016, 10.1038/s41598-022-12761-w │ 393 │ sa… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ │ │ │ │ 8.01 │ │ │ │ │ 6, │ │ │ │ │ 10.1 │ │ │ │ │ 038/ │ │ │ │ │ s415 │ │ │ │ │ 98-0 │ │ │ │ │ 22-1 │ │ │ │ │ 2761 │ │ │ │ │ -w' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^10 │ │ │ │ │ .\\d │ │ │ │ │ {4,9 │ │ │ │ │ }\\/ │ │ │ │ │ [^,] │ │ │ │ │ +$' │ │ Iwańska2022 │ 398 │ pr… │ 'Iwa │ │ │ │ │ ńska │ │ │ │ │ 2022 │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^+\ │ │ │ │ │ \d{4 │ │ │ │ │ }?$' │ │ 10.1016/j.palaeo.2012.08.016, 10.1038/s41598-022-12761-w │ 395 │ sa… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ │ │ │ │ 8.01 │ │ │ │ │ 6, │ │ │ │ │ 10.1 │ │ │ │ │ 038/ │ │ │ │ │ s415 │ │ │ │ │ 98-0 │ │ │ │ │ 22-1 │ │ │ │ │ 2761 │ │ │ │ │ -w' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^10 │ │ │ │ │ .\\d │ │ │ │ │ {4,9 │ │ │ │ │ }\\/ │ │ │ │ │ [^,] │ │ │ │ │ +$' │ │ 10.1016/j.palaeo.2012.08.016, 10.1038/s41598-022-12761-w │ 384 │ sa… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ │ │ │ │ 8.01 │ │ │ │ │ 6, │ │ │ │ │ 10.1 │ │ │ │ │ 038/ │ │ │ │ │ s415 │ │ │ │ │ 98-0 │ │ │ │ │ 22-1 │ │ │ │ │ 2761 │ │ │ │ │ -w' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^10 │ │ │ │ │ .\\d │ │ │ │ │ {4,9 │ │ │ │ │ }\\/ │ │ │ │ │ [^,] │ │ │ │ │ +$' │ │ microbial,floral │ 387 │ st… │ 'mic │ │ │ │ │ robi │ │ │ │ │ al,f │ │ │ │ │ lora │ │ │ │ │ l' │ │ │ │ │ is │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ an │ │ │ │ │ acce │ │ │ │ │ pted │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ valu │ │ │ │ │ e. │ │ │ │ │ Plea │ │ │ │ │ se │ │ │ │ │ chec │ │ │ │ │ k │ │ │ │ │ http │ │ │ │ │ s:// │ │ │ │ │ spaa │ │ │ │ │ m-co │ │ │ │ │ mmun │ │ │ │ │ ity. │ │ │ │ │ gith │ │ │ │ │ ub.i │ │ │ │ │ o/An │ │ │ │ │ cien │ │ │ │ │ tMet │ │ │ │ │ agen │ │ │ │ │ omeD │ │ │ │ │ ir/a │ │ │ │ │ sset │ │ │ │ │ s/en │ │ │ │ │ ums/ │ │ │ │ │ stud │ │ │ │ │ y_pr │ │ │ │ │ imar │ │ │ │ │ y_fo │ │ │ │ │ cus. │ │ │ │ │ json │ │ microbial,floral │ 393 │ st… │ 'mic │ │ │ │ │ robi │ │ │ │ │ al,f │ │ │ │ │ lora │ │ │ │ │ l' │ │ │ │ │ is │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ an │ │ │ │ │ acce │ │ │ │ │ pted │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ valu │ │ │ │ │ e. │ │ │ │ │ Plea │ │ │ │ │ se │ │ │ │ │ chec │ │ │ │ │ k │ │ │ │ │ http │ │ │ │ │ s:// │ │ │ │ │ spaa │ │ │ │ │ m-co │ │ │ │ │ mmun │ │ │ │ │ ity. │ │ │ │ │ gith │ │ │ │ │ ub.i │ │ │ │ │ o/An │ │ │ │ │ cien │ │ │ │ │ tMet │ │ │ │ │ agen │ │ │ │ │ omeD │ │ │ │ │ ir/a │ │ │ │ │ sset │ │ │ │ │ s/en │ │ │ │ │ ums/ │ │ │ │ │ stud │ │ │ │ │ y_pr │ │ │ │ │ imar │ │ │ │ │ y_fo │ │ │ │ │ cus. │ │ │ │ │ json │ │ 10.1016/j.palaeo.2012.08.016, 10.1038/s41598-022-12761-w │ 391 │ sa… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ │ │ │ │ 8.01 │ │ │ │ │ 6, │ │ │ │ │ 10.1 │ │ │ │ │ 038/ │ │ │ │ │ s415 │ │ │ │ │ 98-0 │ │ │ │ │ 22-1 │ │ │ │ │ 2761 │ │ │ │ │ -w' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^10 │ │ │ │ │ .\\d │ │ │ │ │ {4,9 │ │ │ │ │ }\\/ │ │ │ │ │ [^,] │ │ │ │ │ +$' │ │ microbial,floral │ 384 │ st… │ 'mic │ │ │ │ │ robi │ │ │ │ │ al,f │ │ │ │ │ lora │ │ │ │ │ l' │ │ │ │ │ is │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ an │ │ │ │ │ acce │ │ │ │ │ pted │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ valu │ │ │ │ │ e. │ │ │ │ │ Plea 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│ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^+\ │ │ │ │ │ \d{4 │ │ │ │ │ }?$' │ │ microbial,floral │ 388 │ st… │ 'mic │ │ │ │ │ robi │ │ │ │ │ al,f │ │ │ │ │ lora │ │ │ │ │ l' │ │ │ │ │ is │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ an │ │ │ │ │ acce │ │ │ │ │ pted │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ valu │ │ │ │ │ e. │ │ │ │ │ Plea │ │ │ │ │ se │ │ │ │ │ chec │ │ │ │ │ k │ │ │ │ │ http │ │ │ │ │ s:// │ │ │ │ │ spaa │ │ │ │ │ m-co │ │ │ │ │ mmun │ │ │ │ │ ity. │ │ │ │ │ gith │ │ │ │ │ ub.i │ │ │ │ │ o/An │ │ │ │ │ cien │ │ │ │ │ tMet │ │ │ │ │ agen │ │ │ │ │ omeD │ │ │ │ │ ir/a │ │ │ │ │ sset │ │ │ │ │ s/en │ │ │ │ │ ums/ │ │ │ │ │ stud │ │ │ │ │ y_pr │ │ │ │ │ imar │ │ │ │ │ y_fo │ │ │ │ │ cus. │ │ │ │ │ json │ │ microbial,floral │ 396 │ st… │ 'mic │ │ │ │ │ robi │ │ │ │ │ al,f │ │ │ │ │ lora │ │ │ │ │ l' │ │ │ │ │ is │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ an │ │ │ │ │ acce │ │ │ │ │ pted │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ valu │ │ │ │ │ e. │ │ │ │ │ Plea │ │ │ │ │ se │ │ │ │ │ chec │ │ │ │ │ k │ │ │ │ │ http │ │ │ │ │ s:// │ │ │ │ │ spaa │ │ │ │ │ m-co │ │ │ │ │ mmun │ │ │ │ │ ity. │ │ │ │ │ gith │ │ │ │ │ ub.i │ │ │ │ │ o/An │ │ │ │ │ cien │ │ │ │ │ tMet │ │ │ │ │ agen │ │ │ │ │ omeD │ │ │ │ │ ir/a │ │ │ │ │ sset │ │ │ │ │ s/en │ │ │ │ │ ums/ │ │ │ │ │ stud │ │ │ │ │ y_pr │ │ │ │ │ imar │ │ │ │ │ y_fo │ │ │ │ │ cus. │ │ │ │ │ json │ │ microbial,floral │ 398 │ st… │ 'mic │ │ │ │ │ robi │ │ │ │ │ al,f │ │ │ │ │ lora │ │ │ │ │ l' │ │ │ │ │ is │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ an │ │ │ │ │ acce │ │ │ │ │ pted │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ valu │ │ │ │ │ e. │ │ │ │ │ Plea │ │ │ │ │ se │ │ │ │ │ chec │ │ │ │ │ k │ │ │ │ │ http │ │ │ │ │ s:// │ │ │ │ │ spaa │ │ │ │ │ m-co │ │ │ │ │ mmun │ │ │ │ │ ity. │ │ │ │ │ gith │ │ │ │ │ ub.i │ │ │ │ │ o/An │ │ │ │ │ cien │ │ │ │ │ tMet │ │ │ │ │ agen │ │ │ │ │ omeD │ │ │ │ │ ir/a │ │ │ │ │ sset │ │ │ │ │ s/en │ │ │ │ │ ums/ │ │ │ │ │ stud │ │ │ │ │ y_pr │ │ │ │ │ imar │ │ │ │ │ y_fo │ │ │ │ │ cus. │ │ │ │ │ json │ │ Iwańska2022 │ 387 │ pr… │ 'Iwa │ │ │ │ │ ńska │ │ │ │ │ 2022 │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ 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[github-actions[bot]]

ancientMetagenomeDirCheck, version 1.3

Ancient Metagenome Host Associated Samples

Checking ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s.tsv against schema ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Single Genome Host Associated Samples

Checking ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples.tsv against schema ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Environmental Samples

Checking ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmental_samples. tsv against schema ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmentalsamples schema.json

Errors were found, please unfold below to see errors:

``` Validation Errors were found ┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━┳━━━━━━┳━━━━━━┓ ┃ ┃ Line ┃ ┃ Erro ┃ ┃ Offending value ┃ num… ┃ Col… ┃ r ┃ ┡━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━╇━━━━━━╇━━━━━━┩ │ 10.1016/j.palaeo.2012.08.016,10.1038/s41598-022-12761-w │ 384 │ sam… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ │ │ │ │ 8.01 │ │ │ │ │ 6,10 │ │ │ │ │ .103 │ │ │ │ │ 8/s4 │ │ │ │ │ 1598 │ │ │ │ │ -022 │ │ │ │ │ -127 │ │ │ │ │ 61-w │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^10 │ │ │ │ │ .\\d │ │ │ │ │ {4,9 │ │ │ │ │ }\\/ │ │ │ │ │ [^,] │ │ │ │ │ +$' │ │ 10.1016/j.palaeo.2012.08.016,10.1038/s41598-022-12761-w │ 390 │ sam… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ │ │ │ │ 8.01 │ │ │ │ │ 6,10 │ │ │ │ │ .103 │ │ │ │ │ 8/s4 │ │ │ │ │ 1598 │ │ │ │ │ -022 │ │ │ │ │ -127 │ │ │ │ │ 61-w │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ 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10.1016/j.palaeo.2012.08.016,10.1038/s41598-022-12761-w │ 391 │ sam… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ │ │ │ │ 8.01 │ │ │ │ │ 6,10 │ │ │ │ │ .103 │ │ │ │ │ 8/s4 │ │ │ │ │ 1598 │ │ │ │ │ -022 │ │ │ │ │ -127 │ │ │ │ │ 61-w │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^10 │ │ │ │ │ .\\d │ │ │ │ │ {4,9 │ │ │ │ │ }\\/ │ │ │ │ │ [^,] │ │ │ │ │ +$' │ │ 10.1016/j.palaeo.2012.08.016,10.1038/s41598-022-12761-w │ 385 │ sam… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ │ │ │ │ 8.01 │ │ │ │ │ 6,10 │ │ │ │ │ .103 │ │ │ │ │ 8/s4 │ │ │ │ │ 1598 │ │ │ │ │ -022 │ │ │ │ │ -127 │ │ │ │ │ 61-w │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^10 │ │ │ │ │ .\\d │ │ │ │ │ {4,9 │ │ │ │ │ }\\/ │ │ │ │ │ [^,] │ │ │ │ │ +$' │ │ Iwanska2022 │ 385 │ pro… │ 'Iwa │ │ │ │ │ nska │ │ │ │ │ 2022 │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ 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│ }?$' │ │ Iwanska2022 │ 391 │ pro… │ 'Iwa │ │ │ │ │ nska │ │ │ │ │ 2022 │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^+\ │ │ │ │ │ \d{4 │ │ │ │ │ }?$' │ │ 10.1016/j.palaeo.2012.08.016,10.1038/s41598-022-12761-w │ 387 │ sam… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ │ │ │ │ 8.01 │ │ │ │ │ 6,10 │ │ │ │ │ .103 │ │ │ │ │ 8/s4 │ │ │ │ │ 1598 │ │ │ │ │ -022 │ │ │ │ │ -127 │ │ │ │ │ 61-w │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^10 │ │ │ │ │ .\\d │ │ │ │ │ {4,9 │ │ │ │ │ }\\/ │ │ │ │ │ [^,] │ │ │ │ │ +$' │ │ 10.1016/j.palaeo.2012.08.016,10.1038/s41598-022-12761-w │ 388 │ sam… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ │ │ │ │ 8.01 │ │ │ │ │ 6,10 │ │ │ │ │ .103 │ │ │ │ │ 8/s4 │ │ │ │ │ 1598 │ │ │ │ │ -022 │ │ │ │ │ -127 │ │ │ │ │ 61-w │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^10 │ │ │ │ │ .\\d │ │ │ │ │ {4,9 │ │ │ │ │ }\\/ │ │ │ │ │ [^,] │ │ │ │ │ +$' │ │ Iwanska2022 │ 387 │ pro… │ 'Iwa │ │ │ │ │ nska │ │ │ │ │ 2022 │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^+\ │ │ │ │ │ \d{4 │ │ │ │ │ }?$' │ │ Iwanska2022 │ 396 │ pro… │ 'Iwa │ │ │ │ │ nska │ │ │ │ │ 2022 │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^+\ │ │ │ │ │ \d{4 │ │ │ │ │ }?$' │ │ Iwanska2022 │ 388 │ pro… │ 'Iwa │ │ │ │ │ nska │ │ │ │ │ 2022 │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^+\ │ │ │ │ │ \d{4 │ │ │ │ │ }?$' │ │ 10.1016/j.palaeo.2012.08.016,10.1038/s41598-022-12761-w │ 392 │ sam… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ │ │ │ │ 8.01 │ │ │ │ │ 6,10 │ │ │ │ │ .103 │ │ │ │ │ 8/s4 │ │ │ │ │ 1598 │ │ │ │ │ -022 │ │ │ │ │ -127 │ │ │ │ │ 61-w │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^10 │ │ │ │ │ .\\d │ │ │ │ │ {4,9 │ │ │ │ │ }\\/ │ │ │ │ │ [^,] │ │ │ │ │ +$' │ │ Iwanska2022 │ 392 │ pro… │ 'Iwa │ │ │ │ │ nska │ │ │ │ │ 2022 │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^+\ │ │ │ │ │ \d{4 │ │ │ │ │ }?$' │ │ 10.1016/j.palaeo.2012.08.016,10.1038/s41598-022-12761-w │ 395 │ sam… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ │ │ │ │ 8.01 │ │ │ │ │ 6,10 │ │ │ │ │ .103 │ │ │ │ │ 8/s4 │ │ │ │ │ 1598 │ │ │ │ │ -022 │ │ │ │ │ -127 │ │ │ │ │ 61-w │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^10 │ │ │ │ │ .\\d │ │ │ │ │ {4,9 │ │ │ │ │ }\\/ │ │ │ │ │ [^,] │ │ │ │ │ +$' │ │ 10.1016/j.palaeo.2012.08.016,10.1038/s41598-022-12761-w │ 396 │ sam… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ │ │ │ │ 8.01 │ │ │ │ │ 6,10 │ │ │ │ │ .103 │ │ │ │ │ 8/s4 │ │ │ │ │ 1598 │ │ │ │ │ -022 │ │ │ │ │ -127 │ │ │ │ │ 61-w │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^10 │ │ │ │ │ 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'^+\ │ │ │ │ │ \d{4 │ │ │ │ │ }?$' │ │ 10.1016/j.palaeo.2012.08.016,10.1038/s41598-022-12761-w │ 394 │ sam… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ │ │ │ │ 8.01 │ │ │ │ │ 6,10 │ │ │ │ │ .103 │ │ │ │ │ 8/s4 │ │ │ │ │ 1598 │ │ │ │ │ -022 │ │ │ │ │ -127 │ │ │ │ │ 61-w │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^10 │ │ │ │ │ .\\d │ │ │ │ │ {4,9 │ │ │ │ │ }\\/ │ │ │ │ │ [^,] │ │ │ │ │ +$' │ │ 10.1016/j.palaeo.2012.08.016,10.1038/s41598-022-12761-w │ 386 │ sam… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ │ │ │ │ 8.01 │ │ │ │ │ 6,10 │ │ │ │ │ .103 │ │ │ │ │ 8/s4 │ │ │ │ │ 1598 │ │ │ │ │ -022 │ │ │ │ │ -127 │ │ │ │ │ 61-w │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^10 │ │ │ │ │ .\\d │ │ │ │ │ {4,9 │ │ │ │ │ }\\/ │ │ │ │ │ [^,] │ │ │ │ │ +$' │ │ 10.1016/j.palaeo.2012.08.016,10.1038/s41598-022-12761-w │ 399 │ sam… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ │ │ │ │ 8.01 │ │ │ │ │ 6,10 │ │ │ │ │ .103 │ │ │ │ │ 8/s4 │ │ │ │ │ 1598 │ │ │ │ │ -022 │ │ │ │ │ -127 │ │ │ │ │ 61-w │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^10 │ │ │ │ │ .\\d │ │ │ │ │ {4,9 │ │ │ │ │ }\\/ │ │ │ │ │ [^,] │ │ │ │ │ +$' │ │ Iwanska2022 │ 394 │ pro… │ 'Iwa │ │ │ │ │ nska │ │ │ │ │ 2022 │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^+\ │ │ │ │ │ \d{4 │ │ │ │ │ }?$' │ │ Iwanska2022 │ 393 │ pro… │ 'Iwa │ │ │ │ │ nska │ │ │ │ │ 2022 │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^+\ │ │ │ │ │ \d{4 │ │ │ │ │ }?$' │ │ Iwanska2022 │ 399 │ pro… │ 'Iwa │ │ │ │ │ nska │ │ │ │ │ 2022 │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^+\ │ │ │ │ │ \d{4 │ │ │ │ │ }?$' │ │ Iwanska2022 │ 384 │ pro… │ 'Iwa │ │ │ │ │ nska │ │ │ │ │ 2022 │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^+\ │ │ │ │ │ \d{4 │ │ │ │ │ }?$' │ └─────────────────────────────────────────────────────────┴──────┴──────┴──────┘ The following type of errors were found: • DatasetValidationError ```

[github-actions[bot]]

ancientMetagenomeDirCheck, version 1.3

Ancient Metagenome Host Associated Samples

Checking ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s.tsv against schema ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Single Genome Host Associated Samples

Checking ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples.tsv against schema ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Environmental Samples

Checking ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmental_samples. tsv against schema ancientmetagenome-environmental/samples/ancientmetagenome-environmentalsamples schema.json

Errors were found, please unfold below to see errors:

``` Validation Errors were found ┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━┳━━━━━━┳━━━━━━┓ ┃ ┃ Line ┃ ┃ Erro ┃ ┃ Offending value ┃ num… ┃ Col… ┃ r ┃ ┡━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━╇━━━━━━╇━━━━━━┩ │ 10.1016/j.palaeo.2012.08.016,10.1038/s41598-022-12761-w │ 399 │ sam… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ │ │ │ │ 8.01 │ │ │ │ │ 6,10 │ │ │ │ │ .103 │ │ │ │ │ 8/s4 │ │ │ │ │ 1598 │ │ │ │ │ -022 │ │ │ │ │ -127 │ │ │ │ │ 61-w │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^10 │ │ │ │ │ .\\d │ │ │ │ │ {4,9 │ │ │ │ │ }\\/ │ │ │ │ │ [^,] │ │ │ │ │ +$' │ │ Iwanska2022 │ 384 │ pro… │ 'Iwa │ │ │ │ │ nska │ │ │ │ │ 2022 │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^+\ │ │ │ │ │ \d{4 │ │ │ │ │ }?$' │ │ Iwanska2022 │ 395 │ pro… │ 'Iwa │ │ │ │ │ nska │ │ │ │ │ 2022 │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ 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│ │ │ h │ │ │ │ │ '^+\ │ │ │ │ │ \d{4 │ │ │ │ │ }?$' │ │ Iwanska2022 │ 386 │ pro… │ 'Iwa │ │ │ │ │ nska │ │ │ │ │ 2022 │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^+\ │ │ │ │ │ \d{4 │ │ │ │ │ }?$' │ │ Iwanska2022 │ 398 │ pro… │ 'Iwa │ │ │ │ │ nska │ │ │ │ │ 2022 │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^+\ │ │ │ │ │ \d{4 │ │ │ │ │ }?$' │ │ 10.1016/j.palaeo.2012.08.016,10.1038/s41598-022-12761-w │ 388 │ sam… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ │ │ │ │ 8.01 │ │ │ │ │ 6,10 │ │ │ │ │ .103 │ │ │ │ │ 8/s4 │ │ │ │ │ 1598 │ │ │ │ │ -022 │ │ │ │ │ -127 │ │ │ │ │ 61-w │ │ │ │ │ ' │ │ │ │ │ does │ │ │ │ │ not │ │ │ │ │ matc │ │ │ │ │ h │ │ │ │ │ '^10 │ │ │ │ │ .\\d │ │ │ │ │ {4,9 │ │ │ │ │ }\\/ │ │ │ │ │ [^,] │ │ │ │ │ +$' │ │ 10.1016/j.palaeo.2012.08.016,10.1038/s41598-022-12761-w │ 391 │ sam… │ '10. │ │ │ │ │ 1016 │ │ │ │ │ /j.p │ │ │ │ │ alae │ │ │ │ │ o.20 │ │ │ │ │ 12.0 │ 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Ancient Metagenome Host Associated Samples

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Ancient Single Genome Host Associated Samples

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Ancient Metagenome Environmental Samples

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``` Validation Errors were found ┏━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┓ ┃ Offending value ┃ Line number ┃ Column ┃ Error ┃ ┡━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┩ │ None │ 457 │ library_treatment │ 'None' is not an │ │ │ │ │ accepted value. │ │ │ │ │ Please check │ │ │ │ │ https://spaam-community. │ │ │ │ │ github.io/AncientMetagen │ │ │ │ │ omeDir/assets/enums/libr │ │ │ │ │ ary_treatment.json │ │ None │ 446 │ library_treatment │ 'None' is not an │ │ │ │ │ accepted value. │ │ │ │ │ Please check │ │ │ │ │ https://spaam-community. │ │ │ │ │ github.io/AncientMetagen │ │ │ │ │ omeDir/assets/enums/libr │ │ │ │ │ ary_treatment.json │ │ None │ 454 │ library_treatment │ 'None' is not an │ │ │ │ │ accepted value. │ │ │ │ │ Please check │ │ │ │ │ https://spaam-community. │ │ │ │ │ github.io/AncientMetagen │ │ │ │ │ omeDir/assets/enums/libr │ │ │ │ │ ary_treatment.json │ │ None │ 452 │ library_treatment │ 'None' is not an │ │ │ │ │ accepted value. │ │ │ │ │ Please check │ │ │ │ │ https://spaam-community. │ │ │ │ │ github.io/AncientMetagen │ │ │ │ │ omeDir/assets/enums/libr │ │ │ │ │ ary_treatment.json │ │ None │ 442 │ library_treatment │ 'None' is not an │ │ │ │ │ accepted value. │ │ │ │ │ Please check │ │ │ │ │ https://spaam-community. │ │ │ │ │ github.io/AncientMetagen │ │ │ │ │ omeDir/assets/enums/libr │ │ │ │ │ ary_treatment.json │ │ None │ 456 │ library_treatment │ 'None' is not an │ │ │ │ │ accepted value. │ │ │ │ │ Please check │ │ │ │ │ https://spaam-community. │ │ │ │ │ github.io/AncientMetagen │ │ │ │ │ omeDir/assets/enums/libr │ │ │ │ │ ary_treatment.json │ │ None │ 447 │ library_treatment │ 'None' is not an │ │ │ │ │ accepted value. │ │ │ │ │ Please check │ │ │ │ │ https://spaam-community. │ │ │ │ │ github.io/AncientMetagen │ │ │ │ │ omeDir/assets/enums/libr │ │ │ │ │ ary_treatment.json │ │ None │ 451 │ library_treatment │ 'None' is not an │ │ │ │ │ accepted value. │ │ │ │ │ Please check │ │ │ │ │ https://spaam-community. │ │ │ │ │ github.io/AncientMetagen │ │ │ │ │ omeDir/assets/enums/libr │ │ │ │ │ ary_treatment.json │ │ None │ 455 │ library_treatment │ 'None' is not an │ │ │ │ │ accepted value. │ │ │ │ │ Please check │ │ │ │ │ https://spaam-community. │ │ │ │ │ github.io/AncientMetagen │ │ │ │ │ omeDir/assets/enums/libr │ │ │ │ │ ary_treatment.json │ │ None │ 445 │ library_treatment │ 'None' is not an │ │ │ │ │ accepted value. │ │ │ │ │ Please check │ │ │ │ │ https://spaam-community. │ │ │ │ │ github.io/AncientMetagen │ │ │ │ │ omeDir/assets/enums/libr │ │ │ │ │ ary_treatment.json │ │ None │ 448 │ library_treatment │ 'None' is not an │ │ │ │ │ accepted value. │ │ │ │ │ Please check │ │ │ │ │ https://spaam-community. │ │ │ │ │ github.io/AncientMetagen │ │ │ │ │ omeDir/assets/enums/libr │ │ │ │ │ ary_treatment.json │ │ None │ 449 │ library_treatment │ 'None' is not an │ │ │ │ │ accepted value. │ │ │ │ │ Please check │ │ │ │ │ https://spaam-community. │ │ │ │ │ github.io/AncientMetagen │ │ │ │ │ omeDir/assets/enums/libr │ │ │ │ │ ary_treatment.json │ │ None │ 444 │ library_treatment │ 'None' is not an │ │ │ │ │ accepted value. │ │ │ │ │ Please check │ │ │ │ │ https://spaam-community. │ │ │ │ │ github.io/AncientMetagen │ │ │ │ │ omeDir/assets/enums/libr │ │ │ │ │ ary_treatment.json │ │ None │ 450 │ library_treatment │ 'None' is not an │ │ │ │ │ accepted value. │ │ │ │ │ Please check │ │ │ │ │ https://spaam-community. │ │ │ │ │ github.io/AncientMetagen │ │ │ │ │ omeDir/assets/enums/libr │ │ │ │ │ ary_treatment.json │ │ None │ 453 │ library_treatment │ 'None' is not an │ │ │ │ │ accepted value. │ │ │ │ │ Please check │ │ │ │ │ https://spaam-community. │ │ │ │ │ github.io/AncientMetagen │ │ │ │ │ omeDir/assets/enums/libr │ │ │ │ │ ary_treatment.json │ │ None │ 443 │ library_treatment │ 'None' is not an │ │ │ │ │ accepted value. │ │ │ │ │ Please check │ │ │ │ │ https://spaam-community. │ │ │ │ │ github.io/AncientMetagen │ │ │ │ │ omeDir/assets/enums/libr │ │ │ │ │ ary_treatment.json │ └─────────────────┴─────────────┴───────────────────┴──────────────────────────┘ The following type of errors were found: • DatasetValidationError ```

[github-actions[bot]]

ancientMetagenomeDirCheck, version 1.3

Ancient Metagenome Host Associated Samples

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Ancient Single Genome Host Associated Samples

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Ancient Metagenome Environmental Samples

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Ancient Metagenome Host Associated Libraries

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Ancient Single Genome Host Associated Libraries

Checking ancientsinglegenome-hostassociated/libraries/ancientsinglegenome-hostassociated libraries.tsv against schema ancientsinglegenome-hostassociated/libraries/ancientsinglegenome-hostassociated libraries_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Environmental Libraries

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[ktozdogan]

• Sediment core name should be 'LS-C19'

  The LS-C19 sediment core of 98 cm was sampled in January 2019 from the central part of the frozen lake (51°18′17.06″N, 23°21′56.22″E)

  • Dates should be rounded to the last 100 years @jfy133

Dates are done. I think they dropped "C-19" while giving names to samples. Samples are LS-35, LS-55... So I left them like that (on ENA the sample names go like SL-35, SL-55..., I guess, they labeled them both after "Like Slone" and "Slone Lake"). Should I mention the core name somewhere anyways?

Added the libraries as well.

[jfy133]

• Sediment core name should be 'LS-C19'

  The LS-C19 sediment core of 98 cm was sampled in January 2019 from the central part of the frozen lake (51°18′17.06″N, 23°21′56.22″E)

  • Dates should be rounded to the last 100 years @jfy133

Dates are done. I think they dropped "C-19" while giving names to samples. Samples are LS-35, LS-55... So I left them like that (on ENA the sample names go like SL-35, SL-55..., I guess, they labeled them both after "Like Slone" and "Slone Lake"). Should I mention the core name somewhere anyways?

Added the libraries as well.

OK, see my comment on Coutin as well - sequence in the environmental samples table means sample core sequence, not sequences, so the sampling core name (as in my quote) is still LS-C19, so this will be the same for all the samples. Then the sample names are with the LS-35, LS-86 etc. etc., so your sample_name column is OK :)

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ancientMetagenomeDirCheck, version 1.3

Ancient Metagenome Host Associated Samples

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Ancient Single Genome Host Associated Samples

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Ancient Metagenome Environmental Samples

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Ancient Metagenome Host Associated Libraries

Checking ancientmetagenome-hostassociated/libraries/ancientmetagenome-hostassociated_libr aries.tsv against schema ancientmetagenome-hostassociated/libraries/ancientmetagenome-hostassociated_libr aries_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Single Genome Host Associated Libraries

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Ancient Metagenome Environmental Libraries

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ancientMetagenomeDirCheck, version 1.3

Ancient Metagenome Host Associated Samples

Checking ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s.tsv against schema ancientmetagenome-hostassociated/samples/ancientmetagenome-hostassociated_sample s_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Single Genome Host Associated Samples

Checking ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples.tsv against schema ancientsinglegenome-hostassociated/samples/ancientsinglegenome-hostassociated_sa mples_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Environmental Samples

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Ancient Metagenome Host Associated Libraries

Checking ancientmetagenome-hostassociated/libraries/ancientmetagenome-hostassociated_libr aries.tsv against schema ancientmetagenome-hostassociated/libraries/ancientmetagenome-hostassociated_libr aries_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Single Genome Host Associated Libraries

Checking ancientsinglegenome-hostassociated/libraries/ancientsinglegenome-hostassociated libraries.tsv against schema ancientsinglegenome-hostassociated/libraries/ancientsinglegenome-hostassociated libraries_schema.json All is good, no errors were found !

Ancient Metagenome Environmental Libraries

Checking ancientmetagenome-environmental/libraries/ancientmetagenome-environmental_librar ies.tsv against schema ancientmetagenome-environmental/libraries/ancientmetagenome-environmental_librar ies_schema.json All is good, no errors were found !

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Ancient Metagenome Host Associated Samples

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Ancient Single Genome Host Associated Samples

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Ancient Metagenome Environmental Samples

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Ancient Metagenome Host Associated Libraries

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Ancient Single Genome Host Associated Libraries

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Ancient Metagenome Environmental Libraries

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[ktozdogan]

• librar ytreatment can be set to none

  • there is a conflict between the paper and the ENA table regarding sequencer :(, please set as 'unspecified' (or whatever the table-specific README says for that column)

  • Library readcount for LS-76-2 seems to be missing two 00 a the end I think?

Otherwise almost there!

Yes, you are right, something is wrong with it.

Sup. table: Sample Number of reads LS-76-2_R1 69663857 LS-76-2_R2 69663857

ENA: LS-76-2 5645132

And it is a small file as well (200 MB) while others are 4-5 GB. What would you suggest?

Other things are done.

[jfy133]

I just checked again, and indeed that library does just have very few reads... but that is what in the in the uploaded ENA files so we should keep it as is (note ENA does some backend QC so could just have lots of low quality reads for some reason...). We can leave it as you've put it for now :)

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ancientMetagenomeDirCheck, version 1.3

Ancient Metagenome Host Associated Samples

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Ancient Single Genome Host Associated Samples

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Ancient Metagenome Environmental Samples

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Ancient Metagenome Host Associated Libraries

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Ancient Single Genome Host Associated Libraries

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Ancient Metagenome Environmental Libraries

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