GISTIC segment overlaps error

ShixiangWang / MessageBoard

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Closed claychengquan closed 5 years ago

claychengquan commented 5 years ago

王老师您好，我用TCGA数据做GISTIC的时候，出现了681处segment overlaps，我看了文件是同一样本出现了染色体的位置的重复，请问一下有没有好的办法解决，有681处，如果手动的去改，实在是比较麻烦，谢谢！

ShixiangWang commented 5 years ago

可以使用bedtools merge命令

claychengquan commented 5 years ago

后面解决了overlap的问题，程序能跑了，谢谢你。后面出现了一个Segmentation violation，最后生成的结果不全，我查了一些资料，说是MATLAB的问题，但还是没办法解决，想请您指导下，以下为代码及报错的地方，谢谢。生成的结果：

ShixiangWang commented 5 years ago

我也没有遇到过这种问题，建议解决OpenGL那个warning然后再试试，个人感觉这个warning比较重要

Susung-CMU commented 1 year ago

王老师，您好！GISTIC2.0 做出来的是单一的数据集，得怎么用bedtools merge？

可以使用bedtools merge命令

ShixiangWang commented 1 year ago

bedtools merge