Closed ShixiangWang closed 2 years ago
目前核心的分析是基因水平的建模,这样可以得到ecDNA genes,然后基于ecDNA gene的计数评估作为一个指标建立样本ecDNA状态的判定。
另外可以增加直接基于样本水平的建模和预测,直接判定样本ecDNA状态。这样多一种分析策略,并可以与上一种策略的第二步比较。
与第一种策略将CNV记录映射到基因水平不同的是,样本水平的建模需要将区间水平的CNV提炼聚合为样本水平表征。目前考虑使用有限混合模型,看看能否复用之前CN components生成的一些code。提取分布的mean, sd以及cluster占比。
分析的结果是提取出的 component CN与使用 max_cn 差别不大。其他一些component feature意义不大。
目前不再以计数直接作为阈值判断状态。直接基于样本水平的建模和预测 部分的意义不再。
目前核心的分析是基因水平的建模,这样可以得到ecDNA genes,然后基于ecDNA gene的计数评估作为一个指标建立样本ecDNA状态的判定。
另外可以增加直接基于样本水平的建模和预测,直接判定样本ecDNA状态。这样多一种分析策略,并可以与上一种策略的第二步比较。
与第一种策略将CNV记录映射到基因水平不同的是,样本水平的建模需要将区间水平的CNV提炼聚合为样本水平表征。目前考虑使用有限混合模型,看看能否复用之前CN components生成的一些code。提取分布的mean, sd以及cluster占比。