Closed ShixiangWang closed 2 years ago
目前初步探索sequence repeat class发现没有什么关联,不再考虑。
主要是要在研究中体现出环形扩增的独特性,目前的结果建模预测的环形扩增基因与线性扩增带来的变化。
后续分析方面也要至少比较3组:非扩增组、线性扩增组以及环形扩增组。
无论 linear 扩增基因预测能力是否可行以及使用,准备在建模结果到最后输出增加 cytoband 水平的数据处理,用以区分linear和circular扩增贡献的CN。
一些基本的假设:
再想想具体如何探索和实现。如果有新的思考再修改和补充。
CNCP?
[ ] 同时建立预测linear扩增和circular扩增模型,以此对同一基因进行判定,如果存在两者皆有的情况,根据基因的loci背景划分linear和circular的CN扩增贡献(设定使用boxplot的离群值划分)。[ ] 考虑到目前算力有限,加上已经探索了解CN signatures,age, gender的贡献有限。将它们移除为特征,只在后续case level模型构建 #17 或分析中考虑。目前初步探索sequence repeat class发现没有什么关联,不再考虑。
主要是要在研究中体现出环形扩增的独特性,目前的结果建模预测的环形扩增基因与线性扩增带来的变化。
后续分析方面也要至少比较3组:非扩增组、线性扩增组以及环形扩增组。