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ShotaNishijima / vast_workshop2020

2020年2月7日に行われるVASTワークショップのページです
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VAST v3.5.0とFishStatsUtils v2.7.0の不具合 #17

Open Yuki-Kanamori opened 3 years ago

Yuki-Kanamori commented 3 years ago

Extrapolation_List = FishStatsUtils::make_extrapolation_info()とSpatial_List = FishStatsUtils::make_spatial_info()でワーニングが出たり，latest versionのcppファイル（"VAST_v9_4_0"）がコンパイルできないなどの不具合が出ているようです． https://github.com/James-Thorson-NOAA/VAST/issues/244 https://github.com/James-Thorson-NOAA/VAST/issues/242

【コンパイルできない】 issues242では，とりあえず "VAST_v9_2_0" に落とすと書かれていました．

それでも動かない場合には，VASTとFishStatsUtilsのバージョンも落とすと"VAST_v9_2_0"が動くようになりました．

<terminal>
mkdir ~/git
cd ~/git
git clone https://github.com/James-Thorson-NOAA/VAST.git --branch 3.4.1 #古いバージョンをgithubからクローンする
git clone https://github.com/James-Thorson-NOAA/FishStatsUtils.git --branch 2.6.0 #古いバージョンをgithubからクローンする

<R console>
library(devtools)
devtools::install_local("~/git/VAST/")
devtools::install_local("~/git/FishStatsUtils/")
packageVersion("VAST") #check the version
packageVersion("FishStatsUtils") #check the version
library(VAST)

【位置情報のワーニング】 ちょっと分かりません． 結果が変わるといったことも書かれており，怖いです．

ShotaNishijima commented 3 years ago

情報どうもありがとうございます。僕は再インストールする際にエラー出ましたが

devtools::install_local("~/git/VAST/", dependencies=TRUE)
devtools::install_local("~/git/FishStatsUtils/", dependencies=TRUE)

でうまくいきました。 Rのバージョンを4.0にアップデートしてからcompile errorが起こっていたのですが、再インストール後はコンパイルもうまくいくようになりました。Versionは最新 ("VAST_v9_4_0") です。