Protein ID Workflow Issues

[Stortebecker]

1. PeakPickerHiRes crashed mit der Meldung: Fatal error: Exit code 2 () /data/6/galaxy_db/job_working_directory/001/240/1240851/tool_script.sh: line 9: syntax error near unexpected token '(' /data/6/galaxy_db/job_working_directory/001/240/1240851/tool_script.sh: line 9: '[ "$CONDA_DEFAULT_ENV" = "

2. Mgf-Output vom FileConverter wird nicht automatisch als mgf erkannt, das manuelle Ändern dauert recht lang (mehrere Minuten)

3. Search GUI hat als Default-Setting OMSSA eingestellt, crasht dann aber, weil OMSSA nicht läuft. Man sollte vielleicht auf unserer Instanz nur die Suchmaschinen anbieten, die auch laufen. Sprich: OMSSA und Comet entfernen. Oder wenigstens OMSSA nicht als Default einstellen.

4. Search GUI bastelt sich gerne selbst seine eigene Decoy-Datenbank. Die wird doch bestimmt in dem SearchGUI Archive gespeichert. Könnte man die als optionalen zweiten Output anbieten, falls man die später nochmal braucht? Diese Datenbank-Sache könnte noch problematisch werden, weil PS den Decoy-Tag an die Uniprot-Accession hängt. Das habe ich bisher noch nicht so gesehen und ist AFAIK nicht kompatibel mit OpenMS Tools.

[blankclemens]

Yes, way better here.

1. Is fixed in theory, now has to be updated on the server.

[blankclemens]

2. Habe automatische Erkennnung des Output Formates aktiviert, scheint soweit gut zu funktionieren.

[Stortebecker]

Comment to PeakPicking: On the test dataset used here, OpenMS HiResPeakPicker (1) indeed does a better job than vendor peak picking by msconvert (2). 2 is a subset of 1 and 1 has 17 more protein IDs.

[Stortebecker]

5. PeakPickerHiRes runs perfectly fine on single files, but not if the very same files are in a dataset collection.

[Stortebecker]

Record of the Gitter discussion on Peptide Search Engines:

• OpenMS wrappers exist for several search engines. However, they are hard to implement in Galaxy. We prefer in general to run the search engines on their own or out of SearchGUI. The wrappers will be made available, but not be used in tutorials.

• obsolete search engines: Sequest, [hm, den Rest finde ich nicht mehr]

• search engines to keep / make available: X!Tandem, Myrimatch, MSGF+, Comet (updated version of Sequest)