Iguana appears to corrupt characters with multiple DEF files when in batch mode

[SuperFromND]

Before Iguana:

[Files]
Cmd      = skapon.cmd       ;入力コマンド定義ファイルの登録
Cns      = skapon.cns       ;基本ステータス情報ファイルの登録
St       = skapon.cns       ;動作プログラムファイルの登録（最大１０個くらい増やせます（St,St0,St1,St2......））
St0       = skapon.-2       ;強制ステート
St1       = jmf.-3      ;うちのジョイメカファイト共用ステート
StCommon = jmf'.cns     ;コモン動作プログラムファイルの登録

After Iguana:

[Files]
Cmd      = """skapon.cmd        ;入力コマンド定義ファイルの登録"""
Cns      = skapon.cns       ;基本ステータス情報ファイルの登録
St       = skapon.cns       ;動作プログラムファイルの登録（最大１０個くらい増やせます（St,St0,St1,St2......））
St0      = skapon.-2        ;強制ステート
St1      = jmf.-3       ;うちのジョイメカファイト共用ステート
StCommon = jmf'.cns     ;コモン動作プログラムファイルの登録
Sprite   = skapon.sff       ;複数のPCX画像を１パック化したスプライトファイルの登録
Anim     = skapon.air       ;アニメーションファイルの登録
Sound    = skapon.snd       ;複数のWAV音声を１パック化したサウンドファイルの登録
; ---カラーパレットファイルの設定（最大１２個まで可能）---
Pal1     = """JMNC.act          ;Ａ(ジョイメカ1Pカラー)"""
Pal2     = skapon2.act      ;Ｂ(ジョイメカ2Pカラー)
Pal3     = skapon3.act      ;Ｃ(水色)
Pal4     = skapon4.act      ;Ｘ(橙)
Pal5     = skapon5.act      ;Ｙ(紫)
Pal6     = skapon6.act      ;Ｚ(灰色)
; ※ここから設定する下のカラーを選ぶ時は、キャラクターセレクト時に
; スタートボタン（Ｓボタン）を押しながら各攻撃ボタンで決定すれば使えます。
Pal7     = """skapon7.act       ;ＳＡ(ゴールド)"""
Pal8     = skapon8.act      ;ＳＢ(アヒャカラー)
Pal9     = skapon9.act      ;ＳＣ(エメラルド)
Pal10    = skapon10.act     ;ＳＸ(白)
Pal11    = skapon11.act     ;ＳＹ(ピンク赤反転)
Pal12    = skapon12.act     ;ＳＺ(アニメ調)
movelist = movelist.dat

Noticed this when I was testing Iguana with certain characters such as Yamabe Yui's version of Sukapon. Definitely not good! Need to find a better way of patching character files, maybe only editing DEF files named after the parent folder.

Link to affected character. Likely breaks others as well.

[SuperFromND]

On a related note it also seems like Iguana's messing up fields it shouldn't even be editing like Pal7 and Cmd, so my patching code could definitely use some work too.

[SuperFromND]

This appears to be fixed now with the latest commit!