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THUNLP-MT / MEAN

This repo contains the codes for our paper Conditional Antibody Design as 3D Equivariant Graph Translation.
https://arxiv.org/abs/2208.06073
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AAR指标如何计算得到的？ #13

Open YinHan-Zhang opened 1 year ago

YinHan-Zhang commented 1 year ago

我想请问一下，Amino Acid Recovery (AAR)，这个指标是如何计算得到的啊，我没找到相应的代码。非常希望能得到您的回答！

kxz18 commented 1 year ago

Hi, 在这里，是生成的sequence和ground truth的sequence的重合比例

YinHan-Zhang commented 1 year ago

Hi, 在这里，是生成的sequence和ground truth的sequence的重合比例

非常感谢您的回答，我觉得您的指标计算代码写的非常的好，我想借鉴使用一下，如果我有另外一个模型生成的pdb文件，我应该如何计算相应的指标呢？我在这遇到了困难，我尝试把其他的训练好的torch模型加载进来发现行不通，average_test里面的具体的参数我看不太明白，希望您能指导我一下（刚入门的小白），非常感谢~

kxz18 commented 1 year ago

我觉得应该可以先借鉴数据处理的代码把pdb处理成AAComplex类，然后调用get_cdr()的方法取出CDR的数据，再用get_seq()就可以得到序列，从而计算AAR

YinHan-Zhang commented 1 year ago

我觉得应该可以先借鉴数据处理的代码把pdb处理成AAComplex类，然后调用get_cdr()的方法取出CDR的数据，再用get_seq()就可以得到序列，从而计算AAR

image 我去读取一个pdb文件，发现了json.load()这个错误，是因为去读取的数据格式应该是json格式的么，所以我把我的pdb文件也转换成json格式么？，但是我看到您在download.py里面处理了item的格式。我越想越复杂www

kxz18 commented 1 year ago

这里json load的只是一个summary文件，pdb里存的是具体的结构数据，你应该只需要参考140-147行将pdb转为AAComplex的逻辑就可以了