Questions about the number of cell types obtained from annotation and the bias in cell type annotation

[zhangpan-2018]

您好： 疑问1：使用默认参数进行spatialID之后，发现注释得到的celltype 相比单细胞celltype少一半，尝试梯度测试w_cls参数，发现注释得到的celltype个数有变化，但是与w_cls大小没有必然联系。请问是否有其他参数可以指定空间注释出来的细胞类型个数？如果没有，注释的到的细胞个数较少 这个问题 应该如何解决 疑问2：将单细胞各个细胞类型做了downsample之后，发现仍然有个别细胞类型在注释中占比特别高，但是根据生物学知识，又不太符合预期，请问这种情况要如何处理？ 疑问3：对于疑问1 和疑问2是否由于 单细胞数据没有学好？我们尝试将单细胞数据的高变基因 按照梯度处理 & 将空间数据pca_dim 做梯度处理，查看数据结果，这种方式 是否可以一定程度上解决疑问1和2？