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9 years ago Commented by eilbeck on 2008-11-18 22:10 UTC Tab delim file of terms with no synonyms Attached file syn_suggestions2.txt:
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SO:0000919 substitute_A_to_I y
SO:0000920 insert_C y
SO:0000921 insert_dinucleotide y
SO:0000922 substitute_C_to_U y
SO:0000923 insert_G y
SO:0000924 insert_GC y
SO:0000925 insert_GU y
SO:0000926 insert_CU y
SO:0000927 insert_AU y
SO:0000928 insert_AA y
SO:0000929 edited_mRNA y
SO:0000930 guide_RNA_region y
SO:0000931 anchor_region y
SO:0000932 pre_edited_mRNA n pre-edited mRNA
SO:0000934 miRNA_target_site y
SO:0000935 edited_CDS y
SO:0000936 vertebrate_immunoglobulin_T_cell_receptor_rearranged_segment y
SO:0000938 vertebrate_immunoglobulin_T_cell_receptor_rearranged_gene_cluster y
SO:0000939 vertebrate_immune_system_gene_recombination_signal_feature y
SO:0000940 recombinationally_rearranged y
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SO:0000954 DNA_chromosome y
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SO:0000963 linear_single_stranded_RNA_chromosome y
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SO:0000965 double_stranded_RNA_chromosome y
SO:0000966 circular_single_stranded_RNA_chromosome y
SO:0000967 circular_double_stranded_RNA_chromosome y
SO:0000968 sequence_replication_mode y
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SO:0000971 DNA_replication_mode y
SO:0000972 RNA_replication_mode y
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SO:0000977 anchor_binding_site y
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SO:0000982 rho_independent_bacterial_terminator y
SO:0000983 strand_attribute y
SO:0000986 topology_attribute y
SO:0000991 genomic_DNA y
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SO:0000994 consensus_region y
SO:0000995 consensus_mRNA y
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SO:0001005 low_complexity_region y
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SO:0001017 silent_mutation y
SO:0001020 mutation_affecting_copy_number y
SO:0001022 inversion_breakpoint y
SO:0001025 polymorphic_sequence_variant y
SO:0001029 direction_attribute y
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SO:0001038 extrachromosomal_mobile_genetic_element y
SO:0001039 integrated_mobile_genetic_element y
SO:0001040 integrated_plasmid y
SO:0001046 IRLinv_site y
SO:0001047 IRRinv_site y
SO:0001048 inversion_site_part y
SO:0001050 repeat_fragment y
SO:0001051 nested_region y
SO:0001052 nested_repeat y
SO:0001053 nested_transposon y
SO:0001054 transposon_fragment y
SO:0001055 transcriptional_cis_regulatory_region y
SO:0001056 splicing_regulatory_region y
SO:0001058 promoter_targeting_sequence y
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SO:0001060 sequence_variant y
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SO:0001178 pyrrolysine_tRNA_primary_transcript y
SO:0001187 pseudouridylation_guide_snoRNA y
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SO:0001196 S_GNA y
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SO:0001213 group_III_intron y
SO:0001214 noncoding_region_of_exon y
SO:0001215 coding_region_of_exon y
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SO:0001237 amino_acid y
SO:0001239 minor_TSS y
SO:0001241 encodes_alternate_transcription_start_sites y
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SO:0001409 biomaterial_region y
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SO:0005858 syntenic_region y
SO:0100002 molecular_contact_region y
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SO:0100011 cleaved_peptide_region y
SO:0100019 catalytic_motif y
SO:0100020 DNA_contact y
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SO:1000004 partially_characterised_change_in_DNA_sequence y
SO:1000005 complex_substitution y
SO:1000007 uncharacterised_change_in_nucleotide_sequence y
SO:1000008 point_mutation y
SO:1000010 pyrimidine_transition y
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SO:1000012 C_to_T_transition_at_pCpG_site y
SO:1000013 T_to_C_transition y
SO:1000014 purine_transition y
SO:1000015 A_to_G_transition y
SO:1000016 G_to_A_transition y
SO:1000018 pyrimidine_to_purine_transversion y
SO:1000019 C_to_A_transversion y
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SO:1000021 T_to_A_transversion y
SO:1000022 T_to_G_transversion y
SO:1000023 purine_to_pyrimidine_transversion y
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SO:1000025 A_to_T_transversion y
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SO:1000027 G_to_T_transversion y
SO:1000028 intrachromosomal_mutation y
SO:1000031 interchromosomal_mutation y
SO:1000033 nucleotide_deletion y
SO:1000034 nucleotide_insertion y
SO:1000035 nucleotide_duplication y
SO:1000038 intrachromosomal_duplication y
SO:1000039 direct_tandem_duplication y
SO:1000040 inverted_tandem_duplication y
SO:1000042 compound_chromosome y
SO:1000043 Robertsonian_fusion y
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SO:1000047 paracentric_inversion y
SO:1000048 reciprocal_chromosomal_translocation y
SO:1000049 mutation_affecting_transcript y
SO:1000050 mutation_causing_no_change_in_transcript y
SO:1000052 mutation_affecting_complex_change_in_transcript y
SO:1000054 mutation_affecting_coding_sequence y
SO:1000055 mutation_causing_initiator_codon_change_in_transcript y
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SO:1000070 mutation_affecting_transcript_processing y
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SO:1000080 mutation_increasing_rate_of_transcription y
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SO:1000096 mutation_causing_amino_acid_insertion y
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SO:1000098 mutation_causing_polypeptide_truncation y
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SO:1000102 mutation_affecting_level_of_translational_product y
SO:1000103 mutation_decreasing_level_of_translation_product y
SO:1000104 mutation_increasing_level_of_translation_product y
SO:1000105 mutation_affecting_polypeptide_amino_acid_sequence y
SO:1000110 frame_restoring_mutation y
SO:1000112 mutation_causing_no_3D_structural_change y
SO:1000113 mutation_causing_uncharacterised_3D_structural_change y
SO:1000114 mutation_causing_partially_characterised_3D_structural_change y
SO:1000115 mutation_causing_complex_3D_structural_change y
SO:1000116 mutation_causing_conformational_change y
SO:1000117 mutation_affecting_polypeptide_function y
SO:1000119 mutation_causing_inactive_ligand_binding_site y
SO:1000120 mutation_causing_inactive_catalytic_site y
SO:1000121 mutation_causing_polypeptide_localization_change y
SO:1000126 mutation_affecting_transcript_secondary_structure y
SO:1000127 mutation_causing_compensatory_transcript_secondary_structure_mutation y
SO:1000134 mutation_causing_polypeptide_fusion y
SO:1000141 chromosome_fission y
SO:1000142 dexstrosynaptic_chromosome y
SO:1000143 laevosynaptic_chromosome y
SO:1000144 free_duplication y
SO:1000146 complex_chromosomal_mutation y
SO:1000150 cyclic_translocation y
SO:1000170 uncharacterised_chromosomal_mutation y
SO:1000173 tandem_duplication y
SO:1000175 partially_characterised_chromosomal_mutation y
SO:1000177 mutation_causing_uncharacterised_change_in_transcript y
SO:1000179 mutation_causing_partially_characterised_change_in_transcript y
SO:1000180 mutation_affecting_gene_structure y
SO:1000181 mutation_causing_gene_fusion y
SO:1000182 chromosome_number_variation y
SO:1000183 chromosome_structure_variation y
SO:1000184 mutation_causes_exon_loss y
SO:1000185 mutation_causes_intron_gain y
SO:1000186 cryptic_splice_donor_activation y
SO:1001186 cryptic_splice_acceptor_activation y
SO:1001187 alternatively_spliced_transcript y
SO:1001188 encodes_1_polypeptide y
SO:1001189 encodes_greater_than_1_polypeptide y
SO:1001190 encodes_different_polypeptides_different_stop y
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SO:1001192 encodes_disjoint_polypeptides y
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SO:1001195 encodes_overlapping_peptides y
SO:1001197 dicistronic_primary_transcript y
SO:1001217 member_of_regulon y
SO:1001246 CDS_independently_known y
SO:1001247 orphan_CDS y
SO:1001249 CDS_supported_by_domain_match_data y
SO:1001251 CDS_supported_by_sequence_similarity_data y
SO:1001254 CDS_predicted y
SO:1001259 CDS_supported_by_EST_or_cDNA_data y
SO:1001261 recoded_mRNA y
SO:1001262 minus_1_translationally_frameshifted y
SO:1001263 plus_1_translationally_frameshifted y
SO:1001264 mRNA_recoded_by_translational_bypass y
SO:1001265 mRNA_recoded_by_codon_redefinition y
SO:1001271 archaeal_intron y
SO:1001273 CTG_start_codon y
SO:1001274 SECIS_element y
SO:1001277 three_prime_recoding_site y
SO:1001279 three_prime_stem_loop_structure y
SO:1001280 five_prime_recoding_site y
SO:1001281 flanking_three_prime_quadruplet_recoding_signal y
SO:1001282 UAG_stop_codon_signal y
SO:1001283 UAA_stop_codon_signal y
SO:1001285 UGA_stop_codon_signal y
SO:1001286 three_prime_repeat_recoding_signal y
SO:1001287 distant_three_prime_recoding_signal y
SO:1001288 stop_codon_signal y
SO:3000000 gene_segment y
Reported by eilbeck on 2008-10-28 21:14 UTC Hello everybody,
I am considering using the OBO ontology synonyms as a dictionary for text mining. However, since the SO uses underscores for the main label it is necessary to translate these to spaces before adding the label to the dictionary. I am aware that this a very trivial step, but for completeness I would like to propose adding a synonym without underscores directly into the SO where applicable.
Regards,
Tore Eriksson