search

TheoreticalEcology / EcoPhyloSim

R package for simulation of biogeographical and phylogenetic data
http://theoreticalecology.github.io/EcoPhyloSim/
0 stars 0 forks source link

Add tests for the package functions #40

Closed florianhartig closed 8 years ago

florianhartig commented 8 years ago

Wenn die checks erst mal laufen wäre noch eine super Sache für Schlüsselfunktionen ein paar Test zu haben. Siehe

http://r-pkgs.had.co.nz/tests.html http://kbroman.org/pkg_primer/pages/tests.html

Du könntest ja mal einen Test zum Versuch machen, und wenn du neue Sachen implementierst könntest du auch direkt einen Test machen der dir sinnvoll erscheint.

Ansonsten würde ich hier später noch mal eine Liste machen mit Sachen die bei check getestet werden sollen

stefan-paul commented 8 years ago

Ich hab mal zum Test einen test implementiert. Wäre schön wenn du die Liste mit den zu testenden Sachen schreiben könntest.

florianhartig commented 8 years ago

also, im Prinzip alles was sinnvoll ist um zu testen ob das Modell macht was es machen soll.

Um mal einen Start zu machen könntest du mal unser Modell nehmen, neutral, kleines Grid, machst 100 Läufe, berechnest die Sachen die wir so ausgeben

und die unsicherheit dafür aus den 100 Läufen, und dann lässt du das identische Setup mit dem R modell laufen, und schaust ob der Lauf mit R (oder ein paar Läufe, aber es ist langsam) innerhalb des Konfidenzintervals aus den Läufen des anderen Modells liegt.

VG, F

On 10/11/15 14:08, stefan-paul wrote:

Ich hab mal zum Test einen test implementiert. Wäre schön wenn du die Liste mit den zu testenden Sachen schreiben könntest.

— Reply to this email directly or view it on GitHub https://github.com/biometry/phylosim/issues/40#issuecomment-155415097.

stefan-paul commented 8 years ago

Ich hab die Modelltests jetzt eingebaut und sie laufen alle durch. Sollen noch weitere Tests eingebaut werden?

florianhartig commented 8 years ago

Ne, lass erst mal, und konzentrier dich auf die simulationen!

Danke!