Simulationen - Githubissues

TheoreticalEcology / EcoPhyloSim

R package for simulation of biogeographical and phylogenetic data

http://theoreticalecology.github.io/EcoPhyloSim/

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Simulationen #55

Open florianhartig opened 8 years ago

florianhartig commented 8 years ago

Neue simulationen laufen lassen auf dem Server (ich muss den code noch ändern)
Analyse so wie sie war laufen lassen und anschauen bzw. weiterleiten
Zeigen dass die Ergebnisse zeitlich stabil sind, indem du einige Pattern zeitlich vergleichst. Kanditaten sind
- Die direkten Resultate
- SAR / RAC / Species richnees
- Phylogenetische Indices (ich schreib später noch mal was genau)

florianhartig commented 8 years ago

Der code ist jetzt OK - ich würde erst mal 100x100 laufen lassen, für 10.000 Jahre oder so, und die letzten 5000 vielleicht 10x rausschreiben um Konvergenz zu checken.

Wir würden davon ausgehen dass das noch nicht konvergiert ist, nur um zu schauen ob alles klappt.

florianhartig commented 8 years ago

Code änderung siehe https://github.com/biometry/phylosim/commit/874bce0287a91f510d9165501503f9da4994c1c5

stefan-paul commented 8 years ago

Ich hab mir die Ergebnisse angeschaut. Könntest Du bitte wenn du Zeit hast was zu den phylogenetischen Indizes schreiben? Dann kann ich mir die auch mal anschauen.

florianhartig commented 8 years ago

Indizes - versuch mal:

http://svitsrv25.epfl.ch/R-doc/library/ape/html/gammaStat.html
http://www.inside-r.org/packages/cran/phyloTop/docs/treeAnalysis, und davon colless / returns the normalised Colless Imblanace.

Wir haben 0 Erfahrung wie stabil die verschiedene Indizes in der Zeit sind wenn das Modell im Gleichgewicht ist, auch das wäre eine interessante Arbeit an sich. Also, auf jeden Fall aufpassen da wir nicht wissen was die "normale" Varianz und die zeitliche Korrelation davon ist.

stefan-paul commented 8 years ago

ok danke. Ich setz mich da morgen mal dran.