关于remove_confounder，如果不剔除混杂因素

[A-Ben-Mao]

大佬，您之前那篇网页教程写的可以不剔除混杂因素。 在您现在这个代码中我跳过了“# ----👇手动整理混杂因素列表----”这一步， 一开始查找的rs有455个， 跳过后执行“# ---比较并剔除包含在文本文件中的短语的 SNP，并保存到文件”。 最后只生成了一份277个SNP的"exposure.confounder.csv"。 我已经确保了"#confounder_SNPs.txt"这个文件为空。这是为什么呢？

[TullyMonster]

我没有真实的数据。以下是我的假设，可供排查：

FastTraitR::look_trait(rsids = exposure_data$SNP, out_file = 'check_SNPs_trait.csv') 将产生重复的 SNP。虽然没有设置混杂因素，但经过去重后，SNP 的数量变少。

（一拍脑门的推测），不介意的话，建议提供数据以供测试。

[A-Ben-Mao]

感谢大佬，确实是在此文件'check_SNPs_trait.csv'中存在重复的SNP，但是想比于上一步“3_remove_weak_IV”根据F处理后的数据还是少了很多（上一步处理后是455个rs）。 推测是否是在查找表型的时候，由于存在部分SNP在数据库中并没有对应表型，从而导致部分SNP丢失（瞎猜）？

为您提供上一步处理后的数据，供您测试，感谢大佬。 测试用.zip