De pipeline werkt nu met een Docker, dit was nodig omdat de pipeline scripts verschillende oudere en bovendien lokale R versies gebruikten (sommigen 3.2.2, anderen 3.6.2). Bovendien heb je met een Docker een stabielere pipeline wegens de packages die je in de juiste versies kan behouden. Ook zal het hpc over gaan op een nieuwe OS, waardoor je problemen voorkomt met een virtuele omgeving. Op het hpc staat singularity, waarmee de scripts worden gerund. Met de dockerfile is een image gebouwd op umcugenbioinf/dims, die je kan pullen op het hpc zodat de image (dims.img) kan worden gebruikt bij het runnen van de scripts in run.sh. In elk R script hoeft daarom ook niet meer worden aangegeven waar de libs zich bevinden op het hpc (.libPaths is dus overbodig geworden).
De pipeline werkt nu met een Docker, dit was nodig omdat de pipeline scripts verschillende oudere en bovendien lokale R versies gebruikten (sommigen 3.2.2, anderen 3.6.2). Bovendien heb je met een Docker een stabielere pipeline wegens de packages die je in de juiste versies kan behouden. Ook zal het hpc over gaan op een nieuwe OS, waardoor je problemen voorkomt met een virtuele omgeving. Op het hpc staat singularity, waarmee de scripts worden gerund. Met de dockerfile is een image gebouwd op umcugenbioinf/dims, die je kan pullen op het hpc zodat de image (dims.img) kan worden gebruikt bij het runnen van de scripts in run.sh. In elk R script hoeft daarom ook niet meer worden aangegeven waar de libs zich bevinden op het hpc (.libPaths is dus overbodig geworden).