lucianhu
commented
6 days ago Chào bạn, trongColab, việc cài conda nó khác với chạy trên máy local, bạn thử cái code này nhé
# Install condacolab package to enable conda usage within Google Colab
# Condacolab facilitates the installation and management of conda environments in Colab
# Install the condacolab package
!pip install condacolab
# Import the condacolab module to use its functionalities
import condacolab
# Install conda and initialize it within the Colab environment
# This step sets up the conda environment for subsequent package management
condacolab.install()# Create a new conda environment and install tools
%%bash
# Create a new environment called 'longread'
mamba create -y -n longread python=3.8
# Activate the environment
source activate longread
# Install necessary tools using mamba
mamba install -y -c bioconda minimap2 samtools kraken2 bracken sra-tools.......
# Confirm installations
echo "Setup complete."Tuy nhiên, các bước từ xử lý file tới binning, thì được khuyến khích chạy trên máy local, vì tốc độ xử lý và thời gian chạy sẽ mất 1 ngày hơn.
Thân,
phgiang11
dạ, mình thực thi lệnh trên colab, lệnh này mình chờ gần 10 phút hơn là bình thường không ạ, nhờ anh chị hướng dẫn giúp như colab mình đang làm. Xin cảm ơn! https://colab.research.google.com/drive/1miyOpE4Ns0KfX7czpYyn6W1wKZacjbKe#scrollTo=MmYGOZ6DD-Hg