search

Unidata / netcdf-fortran

Official GitHub repository for netCDF-Fortran libraries, which depend on the netCDF C library. Install the netCDF C library first.
Other
244 stars 98 forks source link

libmpi.la: No such file or directory #443

Closed kaanolgu closed 4 months ago

kaanolgu commented 4 months ago 
spack load nvhpc@24.5
export MPICH=$(spack location -i nvhpc@24.5)/Linux_x86_64/24.5/comm_libs/mpi/bin
export FF=$MPICH/mpifort
export FC=$MPICH/mpifort
export CC=$MPICH/mpicc
export CXX=$MPICH/mpicxx

# Definition of versions
ZVER=1.3.1
H5VER=1.12.3
NCVER=4.9.0
NFVER=4.6.1

cd ${BUILDDIR}
wget -O nf-${NFVER}.tar.gz https://github.com/Unidata/netcdf-fortran/archive/v${NFVER}.tar.gz
tar -zxvf nf-${NFVER}.tar.gz
rm nf-${NFVER}.tar.gz
cd netcdf-fortran-${NFVER}
echo $CC
CPPFLAGS="-I${NCDIR}/include" LDFLAGS="-L${NCDIR}/lib" ./configure --prefix=${NFDIR}
make check #-j 4
make install

This is the script I use to install netcdf-fortran and I have already have netcdf-c installed and hdf5 with zlib. I am getting the following error message : libmpi.la no such file or directory how could I solve this issue ? 


libtool: compile:  /user/home/spack/opt/spack/linux-rhel8-zen3/gcc-13.2.0/nvhpc-24.5-5cpb5mmvfywbwptnvsbk7gnkwc54drgp/Linux_x86_64/24.5/comm_libs/mpi/bin/mpicc -DPACKAGE_NAME=\"netCDF-Fortran\" -DPACKAGE_TARNAME=\"netcdf-fortran\" -DPACKAGE_VERSION=\"4.6.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"netCDF-Fortran 4.6.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"support-netcdf@unidata.ucar.edu\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"netcdf-fortran\" -DVERSION=\"4.6.1\" -DNF_RELAX_COORD_BOUND=1 -DENABLE_CDF5=1 -DNF_HAS_PARALLEL4=1 -DNF_HAS_QUANTIZE=1 -DHAVE_F2008=1 -DHAVE_TS29113_SUPPORT=1 -DTEMP_LARGE=\".\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DNF_INT1_T=byte "-DNF_INT2_T=integer*2" "-DNF_INT8_T=integer*8" -DNF_INT1_IS_C_SIGNED_CHAR=1 -DNF_INT2_IS_C_SHORT=1 -DNF_INT8_IS_C_LONG_LONG=1 -DNF_INT_IS_C_INT=1 -DNF_REAL_IS_C_FLOAT=1 -DNF_DOUBLEPRECISION_IS_C_DOUBLE=1 -DNCBYTE_T=byte "-DNCSHORT_T=integer*2" -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_NETCDF_H=1 -DHAVE_NC_DEF_OPAQUE=1 -DHAVE_NCCREATE=1 -DHAVE_NC_SET_LOG_LEVEL=1 -DHAVE_OC_OPEN=1 -DHAVE_NC_DEF_VAR_SZIP=1 -DUSE_NETCDF4=1 -DLOGGING=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDARG_H=1 -DHAVE_ERRNO_H=1 -DHAVE_CTYPE_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_GETOPT_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_SYS_RESOURCE_H=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE__BOOL=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_SSIZE_T=1 -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DSIZEOF_SHORT=2 -DSIZEOF_INT=4 -DSIZEOF_LONG=8 -DSIZEOF_FLOAT=4 -DSIZEOF_DOUBLE=8 -DSIZEOF_OFF_T=8 -DSIZEOF_SIZE_T=8 -DSIZEOF_PTRDIFF_T=8 -I. -fPIC -O1 -I/user/home/software/netcdf-c/include -fPIC -O1 -DLONGLONG_IS_LONG -MT nf_v2compat.lo -MD -MP -MF .deps/nf_v2compat.Tpo -c nf_v2compat.c -o nf_v2compat.o >/dev/null 2>&1
/bin/sh ../libtool  --tag=FC   --mode=compile /user/home/spack/opt/spack/linux-rhel8-zen3/gcc-13.2.0/nvhpc-24.5-5cpb5mmvfywbwptnvsbk7gnkwc54drgp/Linux_x86_64/24.5/comm_libs/mpi/bin/mpifort -DPACKAGE_NAME=\"netCDF-Fortran\" -DPACKAGE_TARNAME=\"netcdf-fortran\" -DPACKAGE_VERSION=\"4.6.1\" -DPACKAGE_STRING=\"netCDF-Fortran\ 4.6.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"support-netcdf@unidata.ucar.edu\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"netcdf-fortran\" -DVERSION=\"4.6.1\" -DNF_RELAX_COORD_BOUND=1 -DENABLE_CDF5=1 -DNF_HAS_PARALLEL4=1 -DNF_HAS_QUANTIZE=1 -DHAVE_F2008=1 -DHAVE_TS29113_SUPPORT=1 -DTEMP_LARGE=\".\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DNF_INT1_T=byte -DNF_INT2_T=integer\*2 -DNF_INT8_T=integer\*8 -DNF_INT1_IS_C_SIGNED_CHAR=1 -DNF_INT2_IS_C_SHORT=1 -DNF_INT8_IS_C_LONG_LONG=1 -DNF_INT_IS_C_INT=1 -DNF_REAL_IS_C_FLOAT=1 -DNF_DOUBLEPRECISION_IS_C_DOUBLE=1 -DNCBYTE_T=byte -DNCSHORT_T=integer\*2 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_NETCDF_H=1 -DHAVE_NC_DEF_OPAQUE=1 -DHAVE_NCCREATE=1 -DHAVE_NC_SET_LOG_LEVEL=1 -DHAVE_OC_OPEN=1 -DHAVE_NC_DEF_VAR_SZIP=1 -DUSE_NETCDF4=1 -DLOGGING=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDARG_H=1 -DHAVE_ERRNO_H=1 -DHAVE_CTYPE_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_GETOPT_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_SYS_RESOURCE_H=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE__BOOL=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_SSIZE_T=1 -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DSIZEOF_SHORT=2 -DSIZEOF_INT=4 -DSIZEOF_LONG=8 -DSIZEOF_FLOAT=4 -DSIZEOF_DOUBLE=8 -DSIZEOF_OFF_T=8 -DSIZEOF_SIZE_T=8 -DSIZEOF_PTRDIFF_T=8 -I.   -fPIC -O1 -I/user/home/software/netcdf-c/include -I. -g -c -o nf_fortv2.lo nf_fortv2.F90
libtool: compile:  /user/home/spack/opt/spack/linux-rhel8-zen3/gcc-13.2.0/nvhpc-24.5-5cpb5mmvfywbwptnvsbk7gnkwc54drgp/Linux_x86_64/24.5/comm_libs/mpi/bin/mpifort -DPACKAGE_NAME=\"netCDF-Fortran\" -DPACKAGE_TARNAME=\"netcdf-fortran\" -DPACKAGE_VERSION=\"4.6.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"netCDF-Fortran 4.6.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"support-netcdf@unidata.ucar.edu\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"netcdf-fortran\" -DVERSION=\"4.6.1\" -DNF_RELAX_COORD_BOUND=1 -DENABLE_CDF5=1 -DNF_HAS_PARALLEL4=1 -DNF_HAS_QUANTIZE=1 -DHAVE_F2008=1 -DHAVE_TS29113_SUPPORT=1 -DTEMP_LARGE=\".\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DNF_INT1_T=byte "-DNF_INT2_T=integer*2" "-DNF_INT8_T=integer*8" -DNF_INT1_IS_C_SIGNED_CHAR=1 -DNF_INT2_IS_C_SHORT=1 -DNF_INT8_IS_C_LONG_LONG=1 -DNF_INT_IS_C_INT=1 -DNF_REAL_IS_C_FLOAT=1 -DNF_DOUBLEPRECISION_IS_C_DOUBLE=1 -DNCBYTE_T=byte "-DNCSHORT_T=integer*2" -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_NETCDF_H=1 -DHAVE_NC_DEF_OPAQUE=1 -DHAVE_NCCREATE=1 -DHAVE_NC_SET_LOG_LEVEL=1 -DHAVE_OC_OPEN=1 -DHAVE_NC_DEF_VAR_SZIP=1 -DUSE_NETCDF4=1 -DLOGGING=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDARG_H=1 -DHAVE_ERRNO_H=1 -DHAVE_CTYPE_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_GETOPT_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_SYS_RESOURCE_H=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE__BOOL=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_SSIZE_T=1 -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DSIZEOF_SHORT=2 -DSIZEOF_INT=4 -DSIZEOF_LONG=8 -DSIZEOF_FLOAT=4 -DSIZEOF_DOUBLE=8 -DSIZEOF_OFF_T=8 -DSIZEOF_SIZE_T=8 -DSIZEOF_PTRDIFF_T=8 -I. -fPIC -O1 -I/user/home/software/netcdf-c/include -I. -g -c nf_fortv2.F90  -o .libs/nf_fortv2.o
libtool: compile:  /user/home/spack/opt/spack/linux-rhel8-zen3/gcc-13.2.0/nvhpc-24.5-5cpb5mmvfywbwptnvsbk7gnkwc54drgp/Linux_x86_64/24.5/comm_libs/mpi/bin/mpifort -DPACKAGE_NAME=\"netCDF-Fortran\" -DPACKAGE_TARNAME=\"netcdf-fortran\" -DPACKAGE_VERSION=\"4.6.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"netCDF-Fortran 4.6.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"support-netcdf@unidata.ucar.edu\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"netcdf-fortran\" -DVERSION=\"4.6.1\" -DNF_RELAX_COORD_BOUND=1 -DENABLE_CDF5=1 -DNF_HAS_PARALLEL4=1 -DNF_HAS_QUANTIZE=1 -DHAVE_F2008=1 -DHAVE_TS29113_SUPPORT=1 -DTEMP_LARGE=\".\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DNF_INT1_T=byte "-DNF_INT2_T=integer*2" "-DNF_INT8_T=integer*8" -DNF_INT1_IS_C_SIGNED_CHAR=1 -DNF_INT2_IS_C_SHORT=1 -DNF_INT8_IS_C_LONG_LONG=1 -DNF_INT_IS_C_INT=1 -DNF_REAL_IS_C_FLOAT=1 -DNF_DOUBLEPRECISION_IS_C_DOUBLE=1 -DNCBYTE_T=byte "-DNCSHORT_T=integer*2" -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_NETCDF_H=1 -DHAVE_NC_DEF_OPAQUE=1 -DHAVE_NCCREATE=1 -DHAVE_NC_SET_LOG_LEVEL=1 -DHAVE_OC_OPEN=1 -DHAVE_NC_DEF_VAR_SZIP=1 -DUSE_NETCDF4=1 -DLOGGING=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDARG_H=1 -DHAVE_ERRNO_H=1 -DHAVE_CTYPE_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_GETOPT_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_SYS_RESOURCE_H=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE__BOOL=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_SSIZE_T=1 -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DSIZEOF_SHORT=2 -DSIZEOF_INT=4 -DSIZEOF_LONG=8 -DSIZEOF_FLOAT=4 -DSIZEOF_DOUBLE=8 -DSIZEOF_OFF_T=8 -DSIZEOF_SIZE_T=8 -DSIZEOF_PTRDIFF_T=8 -I. -fPIC -O1 -I/user/home/software/netcdf-c/include -I. -g -c nf_fortv2.F90 -o nf_fortv2.o >/dev/null 2>&1
depbase=`echo nf_lib.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\
/bin/sh ../libtool  --tag=CC   --mode=compile /user/home/spack/opt/spack/linux-rhel8-zen3/gcc-13.2.0/nvhpc-24.5-5cpb5mmvfywbwptnvsbk7gnkwc54drgp/Linux_x86_64/24.5/comm_libs/mpi/bin/mpicc -DPACKAGE_NAME=\"netCDF-Fortran\" -DPACKAGE_TARNAME=\"netcdf-fortran\" -DPACKAGE_VERSION=\"4.6.1\" -DPACKAGE_STRING=\"netCDF-Fortran\ 4.6.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"support-netcdf@unidata.ucar.edu\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"netcdf-fortran\" -DVERSION=\"4.6.1\" -DNF_RELAX_COORD_BOUND=1 -DENABLE_CDF5=1 -DNF_HAS_PARALLEL4=1 -DNF_HAS_QUANTIZE=1 -DHAVE_F2008=1 -DHAVE_TS29113_SUPPORT=1 -DTEMP_LARGE=\".\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DNF_INT1_T=byte -DNF_INT2_T=integer\*2 -DNF_INT8_T=integer\*8 -DNF_INT1_IS_C_SIGNED_CHAR=1 -DNF_INT2_IS_C_SHORT=1 -DNF_INT8_IS_C_LONG_LONG=1 -DNF_INT_IS_C_INT=1 -DNF_REAL_IS_C_FLOAT=1 -DNF_DOUBLEPRECISION_IS_C_DOUBLE=1 -DNCBYTE_T=byte -DNCSHORT_T=integer\*2 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_NETCDF_H=1 -DHAVE_NC_DEF_OPAQUE=1 -DHAVE_NCCREATE=1 -DHAVE_NC_SET_LOG_LEVEL=1 -DHAVE_OC_OPEN=1 -DHAVE_NC_DEF_VAR_SZIP=1 -DUSE_NETCDF4=1 -DLOGGING=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDARG_H=1 -DHAVE_ERRNO_H=1 -DHAVE_CTYPE_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_GETOPT_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_SYS_RESOURCE_H=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE__BOOL=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_SSIZE_T=1 -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DSIZEOF_SHORT=2 -DSIZEOF_INT=4 -DSIZEOF_LONG=8 -DSIZEOF_FLOAT=4 -DSIZEOF_DOUBLE=8 -DSIZEOF_OFF_T=8 -DSIZEOF_SIZE_T=8 -DSIZEOF_PTRDIFF_T=8 -I.   -fPIC -O1 -I/user/home/software/netcdf-c/include  -fPIC -O1 -DLONGLONG_IS_LONG -MT nf_lib.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o nf_lib.lo nf_lib.c &&\
mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo
libtool: compile:  /user/home/spack/opt/spack/linux-rhel8-zen3/gcc-13.2.0/nvhpc-24.5-5cpb5mmvfywbwptnvsbk7gnkwc54drgp/Linux_x86_64/24.5/comm_libs/mpi/bin/mpicc -DPACKAGE_NAME=\"netCDF-Fortran\" -DPACKAGE_TARNAME=\"netcdf-fortran\" -DPACKAGE_VERSION=\"4.6.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"netCDF-Fortran 4.6.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"support-netcdf@unidata.ucar.edu\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"netcdf-fortran\" -DVERSION=\"4.6.1\" -DNF_RELAX_COORD_BOUND=1 -DENABLE_CDF5=1 -DNF_HAS_PARALLEL4=1 -DNF_HAS_QUANTIZE=1 -DHAVE_F2008=1 -DHAVE_TS29113_SUPPORT=1 -DTEMP_LARGE=\".\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DNF_INT1_T=byte "-DNF_INT2_T=integer*2" "-DNF_INT8_T=integer*8" -DNF_INT1_IS_C_SIGNED_CHAR=1 -DNF_INT2_IS_C_SHORT=1 -DNF_INT8_IS_C_LONG_LONG=1 -DNF_INT_IS_C_INT=1 -DNF_REAL_IS_C_FLOAT=1 -DNF_DOUBLEPRECISION_IS_C_DOUBLE=1 -DNCBYTE_T=byte "-DNCSHORT_T=integer*2" -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_NETCDF_H=1 -DHAVE_NC_DEF_OPAQUE=1 -DHAVE_NCCREATE=1 -DHAVE_NC_SET_LOG_LEVEL=1 -DHAVE_OC_OPEN=1 -DHAVE_NC_DEF_VAR_SZIP=1 -DUSE_NETCDF4=1 -DLOGGING=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDARG_H=1 -DHAVE_ERRNO_H=1 -DHAVE_CTYPE_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_GETOPT_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_SYS_RESOURCE_H=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE__BOOL=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_SSIZE_T=1 -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DSIZEOF_SHORT=2 -DSIZEOF_INT=4 -DSIZEOF_LONG=8 -DSIZEOF_FLOAT=4 -DSIZEOF_DOUBLE=8 -DSIZEOF_OFF_T=8 -DSIZEOF_SIZE_T=8 -DSIZEOF_PTRDIFF_T=8 -I. -fPIC -O1 -I/user/home/software/netcdf-c/include -fPIC -O1 -DLONGLONG_IS_LONG -MT nf_lib.lo -MD -MP -MF .deps/nf_lib.Tpo -c nf_lib.c  -fPIC -DPIC -o .libs/nf_lib.o
libtool: compile:  /user/home/spack/opt/spack/linux-rhel8-zen3/gcc-13.2.0/nvhpc-24.5-5cpb5mmvfywbwptnvsbk7gnkwc54drgp/Linux_x86_64/24.5/comm_libs/mpi/bin/mpicc -DPACKAGE_NAME=\"netCDF-Fortran\" -DPACKAGE_TARNAME=\"netcdf-fortran\" -DPACKAGE_VERSION=\"4.6.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"netCDF-Fortran 4.6.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"support-netcdf@unidata.ucar.edu\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"netcdf-fortran\" -DVERSION=\"4.6.1\" -DNF_RELAX_COORD_BOUND=1 -DENABLE_CDF5=1 -DNF_HAS_PARALLEL4=1 -DNF_HAS_QUANTIZE=1 -DHAVE_F2008=1 -DHAVE_TS29113_SUPPORT=1 -DTEMP_LARGE=\".\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DNF_INT1_T=byte "-DNF_INT2_T=integer*2" "-DNF_INT8_T=integer*8" -DNF_INT1_IS_C_SIGNED_CHAR=1 -DNF_INT2_IS_C_SHORT=1 -DNF_INT8_IS_C_LONG_LONG=1 -DNF_INT_IS_C_INT=1 -DNF_REAL_IS_C_FLOAT=1 -DNF_DOUBLEPRECISION_IS_C_DOUBLE=1 -DNCBYTE_T=byte "-DNCSHORT_T=integer*2" -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_NETCDF_H=1 -DHAVE_NC_DEF_OPAQUE=1 -DHAVE_NCCREATE=1 -DHAVE_NC_SET_LOG_LEVEL=1 -DHAVE_OC_OPEN=1 -DHAVE_NC_DEF_VAR_SZIP=1 -DUSE_NETCDF4=1 -DLOGGING=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDARG_H=1 -DHAVE_ERRNO_H=1 -DHAVE_CTYPE_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_GETOPT_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_SYS_RESOURCE_H=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE__BOOL=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_SSIZE_T=1 -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DSIZEOF_SHORT=2 -DSIZEOF_INT=4 -DSIZEOF_LONG=8 -DSIZEOF_FLOAT=4 -DSIZEOF_DOUBLE=8 -DSIZEOF_OFF_T=8 -DSIZEOF_SIZE_T=8 -DSIZEOF_PTRDIFF_T=8 -I. -fPIC -O1 -I/user/home/software/netcdf-c/include -fPIC -O1 -DLONGLONG_IS_LONG -MT nf_lib.lo -MD -MP -MF .deps/nf_lib.Tpo -c nf_lib.c -o nf_lib.o >/dev/null 2>&1
/bin/sh ../libtool  --tag=FC   --mode=compile /user/home/spack/opt/spack/linux-rhel8-zen3/gcc-13.2.0/nvhpc-24.5-5cpb5mmvfywbwptnvsbk7gnkwc54drgp/Linux_x86_64/24.5/comm_libs/mpi/bin/mpifort -DPACKAGE_NAME=\"netCDF-Fortran\" -DPACKAGE_TARNAME=\"netcdf-fortran\" -DPACKAGE_VERSION=\"4.6.1\" -DPACKAGE_STRING=\"netCDF-Fortran\ 4.6.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"support-netcdf@unidata.ucar.edu\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"netcdf-fortran\" -DVERSION=\"4.6.1\" -DNF_RELAX_COORD_BOUND=1 -DENABLE_CDF5=1 -DNF_HAS_PARALLEL4=1 -DNF_HAS_QUANTIZE=1 -DHAVE_F2008=1 -DHAVE_TS29113_SUPPORT=1 -DTEMP_LARGE=\".\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DNF_INT1_T=byte -DNF_INT2_T=integer\*2 -DNF_INT8_T=integer\*8 -DNF_INT1_IS_C_SIGNED_CHAR=1 -DNF_INT2_IS_C_SHORT=1 -DNF_INT8_IS_C_LONG_LONG=1 -DNF_INT_IS_C_INT=1 -DNF_REAL_IS_C_FLOAT=1 -DNF_DOUBLEPRECISION_IS_C_DOUBLE=1 -DNCBYTE_T=byte -DNCSHORT_T=integer\*2 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_NETCDF_H=1 -DHAVE_NC_DEF_OPAQUE=1 -DHAVE_NCCREATE=1 -DHAVE_NC_SET_LOG_LEVEL=1 -DHAVE_OC_OPEN=1 -DHAVE_NC_DEF_VAR_SZIP=1 -DUSE_NETCDF4=1 -DLOGGING=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDARG_H=1 -DHAVE_ERRNO_H=1 -DHAVE_CTYPE_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_GETOPT_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_SYS_RESOURCE_H=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE__BOOL=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_SSIZE_T=1 -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DSIZEOF_SHORT=2 -DSIZEOF_INT=4 -DSIZEOF_LONG=8 -DSIZEOF_FLOAT=4 -DSIZEOF_DOUBLE=8 -DSIZEOF_OFF_T=8 -DSIZEOF_SIZE_T=8 -DSIZEOF_PTRDIFF_T=8 -I.   -fPIC -O1 -I/user/home/software/netcdf-c/include -I. -g -c -o nf_nc4.lo nf_nc4.F90
libtool: compile:  /user/home/spack/opt/spack/linux-rhel8-zen3/gcc-13.2.0/nvhpc-24.5-5cpb5mmvfywbwptnvsbk7gnkwc54drgp/Linux_x86_64/24.5/comm_libs/mpi/bin/mpifort -DPACKAGE_NAME=\"netCDF-Fortran\" -DPACKAGE_TARNAME=\"netcdf-fortran\" -DPACKAGE_VERSION=\"4.6.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"netCDF-Fortran 4.6.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"support-netcdf@unidata.ucar.edu\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"netcdf-fortran\" -DVERSION=\"4.6.1\" -DNF_RELAX_COORD_BOUND=1 -DENABLE_CDF5=1 -DNF_HAS_PARALLEL4=1 -DNF_HAS_QUANTIZE=1 -DHAVE_F2008=1 -DHAVE_TS29113_SUPPORT=1 -DTEMP_LARGE=\".\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DNF_INT1_T=byte "-DNF_INT2_T=integer*2" "-DNF_INT8_T=integer*8" -DNF_INT1_IS_C_SIGNED_CHAR=1 -DNF_INT2_IS_C_SHORT=1 -DNF_INT8_IS_C_LONG_LONG=1 -DNF_INT_IS_C_INT=1 -DNF_REAL_IS_C_FLOAT=1 -DNF_DOUBLEPRECISION_IS_C_DOUBLE=1 -DNCBYTE_T=byte "-DNCSHORT_T=integer*2" -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_NETCDF_H=1 -DHAVE_NC_DEF_OPAQUE=1 -DHAVE_NCCREATE=1 -DHAVE_NC_SET_LOG_LEVEL=1 -DHAVE_OC_OPEN=1 -DHAVE_NC_DEF_VAR_SZIP=1 -DUSE_NETCDF4=1 -DLOGGING=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDARG_H=1 -DHAVE_ERRNO_H=1 -DHAVE_CTYPE_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_GETOPT_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_SYS_RESOURCE_H=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE__BOOL=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_SSIZE_T=1 -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DSIZEOF_SHORT=2 -DSIZEOF_INT=4 -DSIZEOF_LONG=8 -DSIZEOF_FLOAT=4 -DSIZEOF_DOUBLE=8 -DSIZEOF_OFF_T=8 -DSIZEOF_SIZE_T=8 -DSIZEOF_PTRDIFF_T=8 -I. -fPIC -O1 -I/user/home/software/netcdf-c/include -I. -g -c nf_nc4.F90  -o .libs/nf_nc4.o
libtool: compile:  /user/home/spack/opt/spack/linux-rhel8-zen3/gcc-13.2.0/nvhpc-24.5-5cpb5mmvfywbwptnvsbk7gnkwc54drgp/Linux_x86_64/24.5/comm_libs/mpi/bin/mpifort -DPACKAGE_NAME=\"netCDF-Fortran\" -DPACKAGE_TARNAME=\"netcdf-fortran\" -DPACKAGE_VERSION=\"4.6.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"netCDF-Fortran 4.6.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"support-netcdf@unidata.ucar.edu\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"netcdf-fortran\" -DVERSION=\"4.6.1\" -DNF_RELAX_COORD_BOUND=1 -DENABLE_CDF5=1 -DNF_HAS_PARALLEL4=1 -DNF_HAS_QUANTIZE=1 -DHAVE_F2008=1 -DHAVE_TS29113_SUPPORT=1 -DTEMP_LARGE=\".\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DNF_INT1_T=byte "-DNF_INT2_T=integer*2" "-DNF_INT8_T=integer*8" -DNF_INT1_IS_C_SIGNED_CHAR=1 -DNF_INT2_IS_C_SHORT=1 -DNF_INT8_IS_C_LONG_LONG=1 -DNF_INT_IS_C_INT=1 -DNF_REAL_IS_C_FLOAT=1 -DNF_DOUBLEPRECISION_IS_C_DOUBLE=1 -DNCBYTE_T=byte "-DNCSHORT_T=integer*2" -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_NETCDF_H=1 -DHAVE_NC_DEF_OPAQUE=1 -DHAVE_NCCREATE=1 -DHAVE_NC_SET_LOG_LEVEL=1 -DHAVE_OC_OPEN=1 -DHAVE_NC_DEF_VAR_SZIP=1 -DUSE_NETCDF4=1 -DLOGGING=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDARG_H=1 -DHAVE_ERRNO_H=1 -DHAVE_CTYPE_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_GETOPT_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_SYS_RESOURCE_H=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE__BOOL=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_SSIZE_T=1 -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DSIZEOF_SHORT=2 -DSIZEOF_INT=4 -DSIZEOF_LONG=8 -DSIZEOF_FLOAT=4 -DSIZEOF_DOUBLE=8 -DSIZEOF_OFF_T=8 -DSIZEOF_SIZE_T=8 -DSIZEOF_PTRDIFF_T=8 -I. -fPIC -O1 -I/user/home/software/netcdf-c/include -I. -g -c nf_nc4.F90 -o nf_nc4.o >/dev/null 2>&1
/bin/sh ../libtool  --tag=FC   --mode=link /user/home/spack/opt/spack/linux-rhel8-zen3/gcc-13.2.0/nvhpc-24.5-5cpb5mmvfywbwptnvsbk7gnkwc54drgp/Linux_x86_64/24.5/comm_libs/mpi/bin/mpifort -I. -g  -L/user/home/software/netcdf-c/lib -o libtypeSizes.la  typeSizes.lo  -lnetcdf -lm 
/usr/bin/grep: /libmpi.la: No such file or directory
/usr/bin/sed: can't read /libmpi.la: No such file or directory
libtool:   error: '/libmpi.la' is not a valid libtool archive
make[2]: *** [Makefile:742: libtypeSizes.la] Error 1
make[2]: Leaving directory '/user/home/software/build/netcdf-fortran-4.6.1/fortran'
make[1]: *** [Makefile:931: check] Error 2
make[1]: Leaving directory '/user/home/software/build/netcdf-fortran-4.6.1/fortran'
make: *** [Makefile:588: check-recursive] Error 1
Making install in libsrc
make[1]: Entering directory '/user/home/software/build/netcdf-fortran-4.6.1/libsrc'
make[2]: Entering directory '/user/home/software/build/netcdf-fortran-4.6.1/libsrc'
make[2]: Nothing to be done for 'install-exec-am'.
make[2]: Nothing to be done for 'install-data-am'.
make[2]: Leaving directory '/user/home/software/build/netcdf-fortran-4.6.1/libsrc'
make[1]: Leaving directory '/user/home/software/build/netcdf-fortran-4.6.1/libsrc'
Making install in fortran
make[1]: Entering directory '/user/home/software/build/netcdf-fortran-4.6.1/fortran'
make  install-am
make[2]: Entering directory '/user/home/software/build/netcdf-fortran-4.6.1/fortran'
/bin/sh ../libtool  --tag=FC   --mode=link /user/home/spack/opt/spack/linux-rhel8-zen3/gcc-13.2.0/nvhpc-24.5-5cpb5mmvfywbwptnvsbk7gnkwc54drgp/Linux_x86_64/24.5/comm_libs/mpi/bin/mpifort -I. -g  -L/user/home/software/netcdf-c/lib -o libtypeSizes.la  typeSizes.lo  -lnetcdf -lm 
/usr/bin/grep: /libmpi.la: No such file or directory
/usr/bin/sed: can't read /libmpi.la: No such file or directory
libtool:   error: '/libmpi.la' is not a valid libtool archive
make[2]: *** [Makefile:742: libtypeSizes.la] Error 1
make[2]: Leaving directory '/user/home/software/build/netcdf-fortran-4.6.1/fortran'
make[1]: *** [Makefile:938: install] Error 2
make[1]: Leaving directory '/user/home/software/build/netcdf-fortran-4.6.1/fortran'
make: *** [Makefile:588: install-recursive] Error 1