chore: sphinx-autoapiをv3.1.0に上げる

[qryxip]

内容

sphinx-autoapiをhttps://github.com/readthedocs/sphinx-autoapi/commit/823c146b3a3b359778a2435c1b7e5410336c57f0が含まれるv3.1.0に上げ、ワークアラウンドを一つ消します。このワークアラウンドは手元でSphinxを動かす際にもいちいちやらねばならず面倒でした。

関連 Issue

その他

他のSphinx系のものも一緒にアップデートしようとも思いましたが、どうやら≧Python 3.9が要求されてしまうようなので今回は最低限にしました。