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ValparaisoGenomics / Tarea_Jacqueline-Vasquez_DBT_2021

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DESCRIPCIÓN COMPLETA PRÁCTICA 1 #3

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Jacke07 commented 3 years ago

PRÁCTICA 1: INTRODUCCIÓN A BASES DE DATOS GENÓMICOS : ASSEMBLY Y SRA DE NCBI

INTRODUCCIÓN

El Centro Nacional para la Información Biotecnológica (en inglés: National Center for Biotechnology Information [NCBI]), es parte de la Biblioteca Nacional de Medicina de los Estados Unidos. Se encarga de almacenar y actualizar la información referente a secuencias genómicas en GenBank, un índice de artículos científicos rederentes a biomedicina, biotecnología, bioquímica, genética y genómica en PubMed, una recopilación de enfermedades genéticas humanas en OMIM, además de otros datos biotecnológicos de relevancia en diversas bases de datos.
Todas las bases de datos de NCBI estasn disponibles en línea de manera gratuita
Dentro de las bases de datos se encuentran por ejemplo:

bases de datos de NCBI

OBJETIVOS

  1. Reconocer y utlizar las Bases de datos Assembly y SRA del NCBI
  2. Realizar descarga manual de metadata de una muestra seleccionada.
  3. Registrar actividades en el proyecto de genómica github.

TRABAJO PRÁCTICO

1. SELECCIÓN DE UNA ESPECIE DE IMPORTANCIA ECONÓMICA EN PRODUCCIÓN ANIMAL.

Ovis aries (sheep)

2. INFORMACIÓN GENÓMICA DE LA ESPECIE

ENSAMBLAJE DEL GENOMA ("Assembly")

ESTADÍSTICA GLOBAL DEL GENOMA
Longuitud total de la secuencia 2,869,914,396
Longuitud total sin gaps 2,869,531,333
Gaps entre "scaffolds" 0
Número de "scaffolds" 2,641
"scaffolds" N50 107,697,089
"scaffolds" L50 8
Número de "contigs" 7,486
"contigs" N50 2,572,683
"contigs" L50 313
Número total de cromosomas y plásmidos 28

SECUENCIAS DE REFERENCIA COMPLETA, INTEGRADA Y NO REDUNDANTE DEL GENOMA ("Refseq")
Información del cromosoma 1 del Ovis aries cepa OAR_USU_Benz2616

3. INFORMACIÓN DE BIOPROYECTOS Y BIOMUESTRAS

BIOPROYECTOS Y BIOMUESTRAS DE LA BASE DE DATOS SRA DE NCBI

Ovis aries[Taxonomy ID: 9940] RESUMEN
BIOMUESTRAS 7,897 públicas
BIOPROYECTOS 363 públicos

EJEMPLO DE LA BIOMUESTRA SRX10911446: RNA-Seq de Ovis aries: Glándulas adrenales de hembra adulta

REFERENCIAS Y LINK DE INTERÉS

  1. https://es.wikipedia.org/wiki/Centro_Nacional_para_la_Informaci%C3%B3n_Biotecnol%C3%B3gica
  2. https://youtu.be/fCd6B5HRaZ8
  3. https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/illumina_sequencing_introduction.pdf
  4. https://www.nature.com/articles/nrg.2016.49
  5. https://github.com/GenomicsEducation/GeneticaGenomicaProducionAnimal_v21
  6. https://github.com/pkalbers/OxfordDPhilThesis
  7. https://github.com/Lamm-a/MSc-Bioinformatics-thesis
  8. https://www.ionos.es/digitalguide/paginas-web/desarrollo-web/tutorial-de-markdown/
Jacke07 commented 3 years ago

PRÁCTICA 1: INTRODUCCIÓN A BASES DE DATOS GENÓMICOS : ASSEMBLY Y SRA DE NCBI

INTRODUCCIÓN

El Centro Nacional para la Información Biotecnológica (en inglés: National Center for Biotechnology Information [NCBI]), es parte de la Biblioteca Nacional de Medicina de los Estados Unidos. Se encarga de almacenar y actualizar la información referente a secuencias genómicas en GenBank, un índice de artículos científicos rederentes a biomedicina, biotecnología, bioquímica, genética y genómica en PubMed, una recopilación de enfermedades genéticas humanas en OMIM, además de otros datos biotecnológicos de relevancia en diversas bases de datos.

Todas las bases de datos de NCBI estasn disponibles en línea de manera gratuita

Dentro de las bases de datos se encuentran por ejemplo:

bases de datos de NCBI

  • Assembly: Contiene información sobre la estructura de genomas ensamblados, nombres de ensamblados y otros metadatos (anotación de genes), informes estadísticos y enlaces a datos de secuencias de genómas.
  • GenBank: Base de datos redundante de secuencias genéticas del Nacional Institutes of Health (NIH), es una colección anotada de todas las secuencias de ADN disponibles públicamente. GenBank es parte del INSDC.
  • Genome: Contiene secuencia y mapa de genomas completos y en progreso de más de 1000 organismos. Los tres dominios principales de la vida (bacterias, arqueas y eucariotas), pero también virus, fagos, viroides, plásmidos.
  • Reference sequence (RefSeq): Colección de secuencias de ADN y ARN (cDNA) no redundantes y curadas producidas por NCBI. RefSeqs proporciona una referencia estable para la anotación del genoma, iden\ficación y caracterización de genes, análisis de mutaciones y polimorfismos, estudios de expresión y análisis comparativos.
  • SRA (Sequence Read Archive): Almacena datos NGS de plataformas de secuenciación que incluyen Roche 454 GS System®, Illumina Genome Analyzer®, Life Technologies AB SOLiD System®, Helicos Biosciences Heliscope®, Complete Genomics® y Pacific Biosciences SMRT®.
  • BioProject: Este recurso describe el alcance, el material y los objetivos de proyectos genómicos, proporcionando un mecanismo para recuperar conjuntos de datos almacenados en diferentes bases de datos.
  • BioSample: Esta base de datos contiene descripciones de materiales de origen biológico utilizados en ensayos experimentales.

OBJETIVOS

  1. Reconocer y utlizar las Bases de datos Assembly y SRA del NCBI
  2. Realizar descarga manual de metadata de una muestra seleccionada.
  3. Registrar actividades en el proyecto de genómica github.

TRABAJO PRÁCTICO

1. SELECCIÓN DE UNA ESPECIE DE IMPORTANCIA ECONÓMICA EN PRODUCCIÓN ANIMAL.

Ovis aries (sheep)

2. INFORMACIÓN GENÓMICA DE LA ESPECIE

ENSAMBLAJE DEL GENOMA ("Assembly")

  • Baylor College of Medicine Human Genome Sequencing Center (November 2017)
  • Nombre del organismo: Ovis aries (sheep)
  • Taxonomía del organismo: Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Ruminantia;Pecora; Bovidae; Caprinae; Ovis.
  • Sexo: Hembra
  • Nivel de ensamblaje: Cromosoma
  • Método de ensamblaje: celera v. 8.2; Phase PGA v. 1.0; PBJelly2 v. 14.9.9; Pilon v. 1.8; Chromosomer v. 0.1.4
  • Tecnología de secuenciación: HiSeq X Ten; PacBio RS II

ESTADÍSTICA GLOBAL DEL GENOMA Longuitud total de la secuencia 2,869,914,396 Longuitud total sin gaps 2,869,531,333 Gaps entre "scaffolds" 0 Número de "scaffolds" 2,641 "scaffolds" N50 107,697,089 "scaffolds" L50 8 Número de "contigs" 7,486 "contigs" N50 2,572,683 "contigs" L50 313 Número total de cromosomas y plásmidos 28

SECUENCIAS DE REFERENCIA COMPLETA, INTEGRADA Y NO REDUNDANTE DEL GENOMA ("Refseq")

Información del cromosoma 1 del Ovis aries cepa OAR_USU_Benz2616

3. INFORMACIÓN DE BIOPROYECTOS Y BIOMUESTRAS

BIOPROYECTOS Y BIOMUESTRAS DE LA BASE DE DATOS SRA DE NCBI

Ovis aries[Taxonomy ID: 9940]

RESUMEN
BIOMUESTRAS 7,897 públicas BIOPROYECTOS 363 públicos

  • Busqueda de biomuestras en NCBI

EJEMPLO DE LA BIOMUESTRA SRX10911446: RNA-Seq de Ovis aries: Glándulas adrenales de hembra adulta

  • Diseño: glándulas suprarrenales

  • Realizado por la Académia de ciencias Agrícolas de China

  • Instrumento de secuenciación ILLUMINA (Illumina HiSeq 2500)

  • Fecha de publicación: 17-05-2021

  • Descripción del experimento: El análisis de miARN-ARNm revela la red de regulación del rasgo de fertilidad en las glándulas suprarrenales de las ovejas.

  • Total de muestras analizadas: 12

  • Link del bioproyecto

  • Link del estudio SRA

  • Link de todas las muestras

  • Link de SRA run selector

  • Link DE NCBI DONDE DESCARGAR LA METADATA DE LAS MUESTRA AQUÍ

  • Link DE LA METADATA DE LA MUESTRA DESCARGADA AQUÍ

REFERENCIAS Y LINK DE INTERÉS

  1. https://es.wikipedia.org/wiki/Centro_Nacional_para_la_Informaci%C3%B3n_Biotecnol%C3%B3gica
  2. https://youtu.be/fCd6B5HRaZ8
  3. https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/illumina_sequencing_introduction.pdf
  4. https://www.nature.com/articles/nrg.2016.49
  5. https://github.com/GenomicsEducation/GeneticaGenomicaProducionAnimal_v21
  6. https://github.com/pkalbers/OxfordDPhilThesis
  7. https://github.com/Lamm-a/MSc-Bioinformatics-thesis
  8. https://www.ionos.es/digitalguide/paginas-web/desarrollo-web/tutorial-de-markdown/