VirtualFlyBrain / VFB_reporting

Scripts for reporting on the state of VFB content and pipeline
https://github.com/VirtualFlyBrain/VFB_reporting_results
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Write reporting scripts for CATMAID #20

Closed dosumis closed 3 years ago

dosumis commented 5 years ago

@dosumis commented on Wed May 08 2019

AIM: Generate reports of new annotations when CATMAID is updated.

  1. Report of papers + number of neurons (to be diffed with previous)
  2. Report of neurons + annotations for each paper

Sketch of how this could work via API:

https://l1em.catmaid.virtualflybrain.org/apis project_id: 1

Get a list of skeleton IDs: https://l1em.catmaid.virtualflybrain.org/1/skeletons/

Use Skeleton IDs to get annotations from

https://l1em.catmaid.virtualflybrain.org/1/annotations/forskeletons

Using post and passing skeleton_ids as list

->

skeleton_id=9813188 annotations include

"19711583": "Eichler, Li, Litwin-Kumar et al. 2017",

Do we need to use RegEx to find anything that looks like a paper?

@Robbie1977 - is this on the right track? Do you have some example code from how you've been doing this up to now?


@mmc46 commented on Wed May 08 2019

There is a 'papers' meta-annotation that will list all paper citations (which in turn are annotations to skeletons).


@dosumis commented on Wed May 15 2019

There is a 'papers' meta-annotation that will list all paper citations (which in turn are annotations to skeletons).

@mmc46 @Robbie1977 - do you know how to get this via the API?

@Robbie1977 - do you have any existing code to share?


@mmc46 commented on Wed May 15 2019

/{project_id}/annotations/query-targets http://l1em.catmaid.virtualflybrain.org/apis/#!/annotations/annotations_query_targets_create

Try

project_id 1
annotated_with papers
with_annotations true
annotation_reference name

to get

curl -X POST --header 'Content-Type: application/x-www-form-urlencoded' --header 'Accept: application/json' --header 'X-CSRFToken: Ty57CElSrimSvBOcHbMxWrvA0CpdE9IZ0FXyzqHUcDrlVyop1Nc2GSCcPz9Sf4FA' -d 'annotated_with=papers&with_annotations=true&annotation_reference=name' 'http://l1em.catmaid.virtualflybrain.org/1/annotations/query-targets'

and you'll see the output.


@jefferis commented on Wed May 15 2019

Just a note that the CSRF token must be acquired in a separate login step in order to allow POST actions on the catmaid server. If you are happy to use the R catmaid package, you can do:

library(catmaid)
catmaid_login(server='http://l1em.catmaid.virtualflybrain.org/')
catmaid_query_by_annotation('papers')

and get

         id                                               name       type skid
1  19496665                                  Zwart et al. 2016 annotation   NA
2  19711421                      Berck, Khandelwal et al. 2016 annotation   NA
3  19711583              Eichler, Li, Litwin-Kumar et al. 2017 annotation   NA
4  19711972                      Larderet, Fritsch et al. 2017 annotation   NA
5  19712046               Ohyama, Schneider-Mizell et al. 2015 annotation   NA
6  19712156              Jovanic, Schneider-Mizell et al. 2016 annotation   NA
7  19712202                               Schlegel et al. 2016 annotation   NA
8  19712396                                Fushiki et al. 2016 annotation   NA
9  19716589                                 Takagi et al. 2017 annotation   NA
10 19756504                              Heckscher et al. 2015 annotation   NA
11 19756692                                Gerhard et al. 2017 annotation   NA
12 19862922                                  Burgos et al 2018 annotation   NA
13 20282757                           Miroschnikow et al. 2018 annotation   NA
14 20284758 "Carreira-Rosario, Arzan Zarin, Clark et al. 2018" annotation   NA

@dosumis commented on Thu May 16 2019

Thanks Greg. @Robbie1977 - how are you doing this now? Would prefer to keep this all in Python in order to fit with the rest of our tool chain. At some point later this year I plan to work on Python code that pulls from this API and writes RDF to our new triple-store integration layer, so will need to have some basic stuff like this sorted first. @jefferis - do you know if anyone has written a Python wrapper for the CATMAID API?


@mmc46 commented on Thu May 16 2019

https://github.com/schlegelp/pyMaid


@Robbie1977 commented on Fri May 17 2019

@dosumis an example script - loads SWC files manually which is no longer used. (change project ID to 1 and password - can give privately)

import requests
import json
from glob import glob

URL="https://catmaid-fafb.virtualflybrain.org"
PROJECT_ID = 4 

client = requests.session()
client.get(URL)
for key in client.cookies.keys():
    if key[:4] == 'csrf':
        csrf_key = key
csrftoken = client.cookies[csrf_key]
client.post("%s/api-token-auth" % (URL), data={"username":"admin","password":"admin"}, headers={"Referer": URL, "X-CSRFToken":csrftoken}).json()
token = client.post("%s/api-token-auth" % (URL), data={"username":"admin","password":"admin"}, headers={"Referer": URL, "X-CSRFToken":csrftoken}).json()['token']
for swc in glob("*.swc"):
    skeleton = {"file": open(swc,"rb")}

    neuron_id = {"name":"Pub_Zheng2018_" + str(swc.split('/')[-1][:-4])}

    client.post("%s%d/skeletons/import" % (URL,PROJECT_ID), files=skeleton, data=neuron_id, headers={"Authorization":"Token %s" % (token), "Referer": URL, "X-CSRFToken":csrftoken})

@Robbie1977 commented on Thu Jun 06 2019

import requests
import json
from glob import glob

URL="https://l1em.catmaid.virtualflybrain.org"
PROJECT_ID = 1 

client = requests.session()
client.get("%s" % (URL))
for key in client.cookies.keys():
    if key[:4] == 'csrf':
        csrf_key = key
csrftoken = client.cookies[csrf_key]

print(csrftoken)

shtqPxJ742Rz6NsTARtRPkQ2p2WemshcPBCMK25u63bI0Jev4xVBePtAdtO5dpJe

call_papers = {"annotated_with":"papers","with_annotations":False,"annotation_reference":"name"}
papers = client.post("%s/%d/annotations/query-targets" % (URL,PROJECT_ID), data=call_papers, headers={"Referer": URL, "X-CSRFToken":csrftoken}).json()["entities"]
print(papers)
[{'id': 19496665, 'name': 'Zwart et al. 2016', 'type': 'annotation'}, {'id': 19711421, 'name': 'Berck, Khandelwal et al. 2016', 'type': 'annotation'}, {'id': 19711583, 'name': 'Eichler, Li, Litwin-Kumar et al. 2017', 'type': 'annotation'}, {'id': 19711972, 'name': 'Larderet, Fritsch et al. 2017', 'type': 'annotation'}, {'id': 19712046, 'name': 'Ohyama, Schneider-Mizell et al. 2015', 'type': 'annotation'}, {'id': 19712156, 'name': 'Jovanic, Schneider-Mizell et al. 2016', 'type': 'annotation'}, {'id': 19712202, 'name': 'Schlegel et al. 2016', 'type': 'annotation'}, {'id': 19712396, 'name': 'Fushiki et al. 2016', 'type': 'annotation'}, {'id': 19716589, 'name': 'Takagi et al. 2017', 'type': 'annotation'}, {'id': 19756504, 'name': 'Heckscher et al. 2015', 'type': 'annotation'}, {'id': 19756692, 'name': 'Gerhard et al. 2017', 'type': 'annotation'}, {'id': 19862922, 'name': 'Burgos et al 2018', 'type': 'annotation'}, {'id': 20282757, 'name': 'Miroschnikow et al. 2018', 'type': 'annotation'}, {'id': 20284758, 'name': '"Carreira-Rosario, Arzan Zarin, Clark et al. 2018"', 'type': 'annotation'}]
call_papers["annotation_reference"] = "id"
for paper in papers:
    call_papers["annotated_with"] = paper["id"]
    neurons = client.post("%s/%d/annotations/query-targets" % (URL,PROJECT_ID), data=call_papers, headers={"Referer": URL, "X-CSRFToken":csrftoken}).json()["entities"]
    paper["neurons"] = neurons

print(papers)
[{'id': 19496665, 'name': 'Zwart et al. 2016', 'type': 'annotation', 'neurons': [{'id': 4028115, 'name': 'MN5 LO1_a1l', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [4028114]}, {'id': 4037552, 'name': 'A14a_a1r', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [5298032]}, {'id': 4038809, 'name': 'A27k_a2l', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [4038808]}, {'id': 4042316, 'name': 'MN22/23 (RF:LT2/LT3) LT1_a1l', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [4042315]}, {'id': 4071033, 'name': 'A02f_a1l ', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [4071032]}, {'id': 4102729, 'name': 'MN22/23 (RF:LT2/LT3) LT1_a1r  ', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [4102728]}, {'id': 4104477, 'name': 'T01d1_t3l', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [4104476]}, {'id': 4113534, 'name': 'A01c1_a1l', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [4113533]}, {'id': 4113613, 'name': 'A27k_a2r', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [4113612]}, {'id': 4121536, 'name': 'MN23/24 (RF: LT3/LT4) LT4_a1r  ', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [4121534]}, {'id': 4124564, 'name': 'A27n_a1r', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [4124563]}, {'id': 4289774, 'name': 'MN23/24 (RF: LT3/LT4) LT4_a1l', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [4289773]}, {'id': 4326469, 'name': 'MN8 (RF:SBM) LT3_a1l', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [4326468]}, {'id': 4535769, 'name': 'MN5 LO1_a1r', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [4535767]}, {'id': 4538682, 'name': 'T03a1_t3r', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [4538681]}, {'id': 4538739, 'name': 'A23a_a1l', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [4538738]}, {'id': 4543282, 'name': 'A03a4_a2r', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [4543281]}, {'id': 4729047, 'name': 'A23a_a1r', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [4729046]}, {'id': 4881630, 'name': 'MN8 (RF:SBM) LT3_a1r ', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [4881629]}, {'id': 4936150, 'name': 'A01c1_a1r', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [4936149]}, {'id': 4978455, 'name': 'A19l_a1r', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [4978454]}, {'id': 5078761, 'name': 'A18j_a1l', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [5078760]}, {'id': 5084469, 'name': 'A01c2_ipsi_dendrite_a1l', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [5084467]}, {'id': 5309933, 'name': 'A03g_a1l', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [5309932]}, {'id': 5358139, 'name': 'A19l_a1l', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [5358138]}, {'id': 6467482, 'name': 'MN21/22 (RF:LT1/LT2) LT2_a1l', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [6467481]}, {'id': 7934160, 'name': 'A27n_a1l', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [7934159]}, {'id': 8688632, 'name': 'A03a4_a2l', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [8688631]}, {'id': 10090270, 'name': 'A27e(2)_a1l', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [10090269]}, {'id': 10185586, 'name': 'T01d1_t3r', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [10185585]}, {'id': 10855207, 'name': 'A03g_a1r', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [10855206]}, {'id': 12820278, 'name': 'A14a_a1l', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [12820277]}, {'id': 12953346, 'name': 'A02f_a1r', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [12953345]}, {'id': 13122057, 'name': 'A00g_a1', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [13122056]}, {'id': 13258643, 'name': 'A26f_a1l', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [13258642]}, {'id': 14242930, 'name': 'T03a1_t3l', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [14242929]}, {'id': 15290336, 'name': 'A27e(2)_a1r', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [15290335]}, {'id': 16226513, 'name': 'A01c2_ipsi_dendrite_a1r', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [16226512]}, {'id': 16690921, 'name': 'A18j_a1r', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [16690920]}, {'id': 16713122, 'name': 'MN21/22 (RF:LT1/LT2) LT2_a1r  ', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [16713121]}, {'id': 17071667, 'name': 'A26f_a1r', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [17071666]}]}, {'id': 19711421, 'name': 'Berck, Khandelwal et al. 2016', 'type': 'annotation', 'neurons': [{'id': 40042, 'name': '22c ORN left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [40045]}, {'id': 2568466, 'name': 'mPN iACT B1_left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [2568465]}, {'id': 2571762, 'name': '83a ORN right', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [2571761]}, {'id': 2582392, 'name': '1a ORN right', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [2582391]}, {'id': 2584839, 'name': '30a ORN right', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [2584838]}, {'id': 2608844, 'name': '42b ORN right', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [2608843]}, {'id': 2611806, 'name': '1a ORN left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [2611805]}, {'id': 2612528, 'name': 'mPN iACT C2 left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [2612527]}, {'id': 3158544, 'name': '63a ORN left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3158543]}, {'id': 3410507, 'name': '85c ORN left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3410506]}, {'id': 3410513, 'name': '67b ORN left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [6791927]}, {'id': 3450443, 'name': 'mPN iACT B2 left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3450442]}, {'id': 3464774, 'name': '42a ORN left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3464773]}, {'id': 3468160, 'name': '74a ORN left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [7542938]}, {'id': 3480832, 'name': '42b ORN left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3410499]}, {'id': 3486382, 'name': '42a PN left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3486381]}, {'id': 3486951, 'name': 'vine left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3486950]}, {'id': 3511997, 'name': '94a & 94b ORN left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3511996]}, {'id': 3538130, 'name': 'mPN D right', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3538129]}, {'id': 3547398, 'name': '83a ORN left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3547397]}, {'id': 3592998, 'name': '24a ORN left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3592997]}, {'id': 3694516, 'name': '47a & 33b ORN left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3694515]}, {'id': 3708876, 'name': '33a ORN left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3708875]}, {'id': 3712894, 'name': 'mPN iACT bilateral LOWER left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3712893]}, {'id': 3716798, 'name': '45a ORN left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3716797]}, {'id': 3736501, 'name': 'ginkgo 2 left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3736500]}, {'id': 3768026, 'name': '30a ORN left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3768025]}, {'id': 3771795, 'name': '49a ORN left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3771794]}, {'id': 3774569, 'name': '82a ORN left', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3774568]}, {'id': 3790005, 'name': '67b ORN right', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3790004]}, {'id': 3805642, 'name': 'ventral LN right', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3805641]}, {'id': 3806574, 'name': 'picky 2 right', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3806573]}, {'id': 3806653, 'name': 'spruce right', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3806652]}, {'id': 3813488, 'name': 'Ladder (olfactory) post.', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3813487]}, {'id': 3813724, 'name': '45b ORN right', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3813723]}, {'id': 3827212, 'name': '42a ORN right', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': [3827211]}, {'id': 3840346, 'name': '35a ORN right', 'type': 'neuron', 'skeleton_ids': 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@jefferis commented on Thu Jun 06 2019

Don't forget that @schlegelp has https://github.com/schlegelp/pyMaid/

Clare72 commented 3 years ago

duplicate of #19