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WAMAWAMA / TNSCUI2020-Seg-Rank1st

This is the source code of the 1st place solution for segmentation task in MICCAI 2020 TN-SCUI challenge.
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第一阶段训练时候的问题 #33

Closed BelieferQAQ closed 2 years ago

BelieferQAQ commented 2 years ago

大神您好，我有些疑问，麻烦您回答下，

第一个问题，readme中，脚本中设置参数： parser.add_argument('--filepath_img', type=str, default='./DDTI/2_preprocessed_data/stage1/p_image') parser.add_argument('--filepath_mask', type=str, default='./DDTI/2_preprocessed_data/stage1/p_image') 请问下，第二个参数：--filepath_mask，对应的路径不应该是p_mask文件吗?

第二个问题，为什么我在训练第一阶段时，验证集的指标除了ACC都是0呢（每一个epoch都是）？IOU也是0 Epoch [23/405], Loss: 0.2362 9.948524919112924e-05 @,,@ testing with TTA [Validation] Acc: 0.9521, SE: 0.0000, SP: 0.0000, PC: 0.0000, Dice: 0.0000, IOU: 0.0000 per epoch testing&vlidation cost Time 00 h:00 m:07 s

第三个问题，第二阶段的所需要的数据集，是怎么获得的，依靠的哪句代码？ torchvision.utils.save_image(images_all.data.cpu(), os.path.join(self.resultpath, 'images', '%s%d_image.png' (mode, i))， nrow=self.batch_size) 是这句吗?并没有发现保存mask到stage2文件夹目录下

打扰了，十分感谢！

WAMAWAMA commented 2 years ago

你好你好

1）第一个问题：抱歉，filepath_mask这个参数确实是p_mask，我搞错了，感谢纠正； 2）第二个问题：这个问题大概率是库的问题，参考这几个解决方案即可： #8，#2，#14（推荐先看14）; 3）第三个问题：这个是由matlab代码生成的，但是这个repo里的step3_TestOrInference.py也有对应的python实现，就是那个preprocess函数，你可以参考这个函数自己制作训练stage2的数据。

BelieferQAQ commented 2 years ago

感谢您的回答。另外请问 category.csv和train.csv文件中结节的类别，都是记录原始数据集（TNSCUI2020）中的吗

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "WAMAWAMA/TNSCUI2020-Seg-Rank1st" @.>; 发送时间: 2022年4月28日(星期四) 晚上9:08 @.>; 抄送: "ambition for @.**@.>; 主题: Re: [WAMAWAMA/TNSCUI2020-Seg-Rank1st] 第一阶段训练时候的问题 (Issue #33)

你好你好

1）第一个问题：抱歉，filepath_mask这个参数确实是p_mask，我搞错了，感谢纠正； 2）第二个问题：这个问题大概率是库的问题，参考这几个解决方案即可： #8，#2，#14（推荐先看14）; 3）第三个问题：这个是由matlab代码生成的，但是这个repo里的step3_TestOrInference.py也有对应的python实现，就是那个preprocess函数，你可以参考这个函数自己制作训练stage2的数据。

— Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you authored the thread.Message ID: @.***>

不是的哦，是随机生成的，详见DDTI.zip的readme image

WAMAWAMA commented 2 years ago

感谢您的回答。另外请问 category.csv和train.csv文件中结节的类别，都是记录原始数据集（TNSCUI2020）中的吗 … ------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "WAMAWAMA/TNSCUI2020-Seg-Rank1st" @.>; 发送时间: 2022年4月28日(星期四) 晚上9:08 @.>; 抄送: "ambition for @.**@.>; 主题: Re: [WAMAWAMA/TNSCUI2020-Seg-Rank1st] 第一阶段训练时候的问题 (Issue #33) 你好你好 1）第一个问题：抱歉，filepath_mask这个参数确实是p_mask，我搞错了，感谢纠正； 2）第二个问题：这个问题大概率是库的问题，参考这几个解决方案即可： #8，#2，#14（推荐先看14）; 3）第三个问题：这个是由matlab代码生成的，但是这个repo里的step3_TestOrInference.py也有对应的python实现，就是那个preprocess函数，你可以参考这个函数自己制作训练stage2的数据。 — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you authored the thread.Message ID: @.***>

不是的哦，是随机生成的，详见DDTI.zip的readme image

BelieferQAQ commented 2 years ago

十分感谢。另外我想请问一下，那个--Task_name,第一阶段需要改成‘dpv3plusstage1’第二阶段需要修改成什么？

WAMAWAMA commented 2 years ago

十分感谢。另外我想请问一下，那个--Task_name,第一阶段需要改成‘dpv3plusstage1’第二阶段需要修改成什么？

这个是自定义的，随意即可，后面运行的脚本设置好你自定义的taskname对应的路径就好b(￣▽￣)d

WAMAWAMA commented 2 years ago

感谢！另外，我想请问一下， 1.因为我没有该代码数据集原始数据，所以我想知道预处理之后，图片发生了什么变化。我看评论好像是去除了什么水印类似的。 2.我准备使用我自己的数据集（甲状腺CT），大小为512*512，图片如下所示，不知道还需要进行预处理吗？ image 3.我的数据集为jpg格式，应该不用特意去改为png格式了吧。只需改下读取图片的代码就可以了吧

1) 你理解的没错，只是去除了图像边框上的水印之类的； 2）是否需要预处理，性能决定，你的部分图像（如26号）有大量的背景，如果是我，我会尝试去除； 3）没错，但是我是吧文件名（带png后缀）放到了csv文件里，你可以根据你的需求修改