WeiCSong / toothGermInteractome

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Can't find data at https://data.mendeley.com/7ryrp25y6z #1

Closed zhangchi1006 closed 2 years ago

zhangchi1006 commented 2 years ago

Song老师,您好,最近在拜读您的文章,figure实在是好看,尤其是circ的图,于是心痒痒,想跟着老师文章的code学习一下。只是发现data 里面的https://data.mendeley.com/7ryrp25y6z这个链接似乎失效了,老师方便更新一下吗?如果打扰到老师,深表抱歉,翘首以盼老师的回复。近期上海疫情肆虐,愿老师身体健康,科研产出赛新高!

WeiCSong commented 2 years ago

你好, 数据正在mendeley审核,你可以先在preview里下载https://data.mendeley.com/v1/datasets/7ryrp25y6z/draft 这个数据是包含所有细胞的 seurat object,复现circos plot的话要先做完nichenetr分析(sc.r的最后一部分),然后用circ.r整理数据和画图。circ.r对应成骨细胞的circos plot (fig 4c),里面的数字、阈值和基因名字等都是成骨细胞的分析结果。

zhangchi1006 commented 2 years ago

确实可以下载到了,那就close issue啦,感谢老师!