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Wu-tz / Wu-tz.github.io

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genome_anno | TianzhenWu' Blog #38

Open Wu-tz opened 2 months ago

Wu-tz commented 2 months ago

https://wu-tz.github.io/2024/07/17/genome-anno/

主题：基因组注释相关参考： 基因组注释（一）：重复序列注释 | 生信技工 (yanzhongsino.github.io) 使用RepeatModeler从头预测基因组重复序列 | BioChen 博客 【基因组注释】RepeatMasker和RepeatModeler安装、配置与运行避坑 - 简书 (jianshu.com) 基因组重复序列注释repeatmask&repeatmodel

Wu-tz commented 1 month ago

部分软件的使用细节没有给出

gudiiiii commented 1 month ago

关于：策略二（可注释不同转录本）：trinity+pasa，pasa的使用部分没给出，感谢作者

hanheaven commented 1 month ago

使用本物种二代转录组和近缘物种蛋白结合从头预测的方法，如果使用busco评估的分数一直在90%左右，可以在哪一个步骤改进呢

Wu-tz commented 1 month ago

@gudiiiii 关于：策略二（可注释不同转录本）：trinity+pasa，pasa的使用部分没给出，感谢作者

这个组合我没测试过，后续有机会的话再补，你可以顺着这个链接找一找https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki/Genome-Structure-Annotation-Using-Trinity--and-PASA

Wu-tz commented 1 month ago

@hanheaven 使用本物种二代转录组和近缘物种蛋白结合从头预测的方法，如果使用busco评估的分数一直在90%左右，可以在哪一个步骤改进呢

可以尝试不同的软件组合