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Xiyue-Wang / TransPath

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关于patch embedding的疑惑 #22

Open ZHAN-GAN opened 1 year ago

ZHAN-GAN commented 1 year ago

作者你好，我最近正在尝试用你的ctranspath模型放在我的病理数据集上进行patch embedding的工作，我有两个问题可以帮忙解答一下吗？第一个问题就是你分享的get_feature_CTransPath文件里面默认的是用ImageNet上面的mean和std进行patch的预处理的，在你自己的任务上也是用的同样的mean和std吗，还是说你是从你自己的数据集上面算出来的mean和std呢? 第二个问题是我做patch embedding的话，我目前用的是CLAM里面的256×256,但是我看你给的get_feature_CTransPath文件好像有一个resize_224的操作，关于patch size大小，就是应用到下游的预测任务上，你有推荐的吗？ 可以麻烦你解答一下吗？谢谢 = =

Xiyue-Wang commented 1 year ago

你好， 1.第一个mean和std,下游统一用相同的，我们是直接imgnet （mean,std）预处理的，这个应该使用同样的，就没问题不大。 2.patch size大小 是224，不过你可以选用不同的倍率，clam是256256，那是因为预处理他切的256256，你自己切成224*224就可以，实在不行256 reszie 到224，影响也不大

ZHAN-GAN commented 1 year ago

好的，非常感谢！

LiuJin629 commented 9 months ago

@Xiyue-Wang 请问作者第二个问题中，你将这么多中心的WSI切成patch时统一切的大小都是224 224吗，还是说可以是不同大小的patch，然后代码中resize成224的？（因为我切的是512px的，感觉直接resize成224的有很大问题）