询问如何恢复裁剪前的数据大小

[LightA2]

作者您好，想实现您论文中的代码，发现数据在process.py文件中进行了裁剪处理，并且在网络的输出后，输出大小不一，请问如何恢复到裁剪前240x240x155的数据大小，并保存为nii.gz文件，由于无法统一数据大小，无法对应到原始flair模态上进行可视化处理，并且与ground truth有数据偏移，请问作者如何解决这个问题？

[YaoZhang93]

您好，可以将裁剪的参数（即裁掉的长宽高）记录下来，参考preprocess.py中26行的crop函数，保存每个case的裁剪范围，然后还原回去。

[LightA2]

作者您好，我看到您在运行U-HVED时遇到了一个问题，具体内容如下： CRITICAL:niftynet: Reader required input section name [T1], but in the filename list the column is empty. CRITICAL:niftynet: file_list parameter should be a pandas.DataFrame instance and has input section name [T1] as a column name. CRITICAL:niftynet: Reader requires section(s): ['T1', 'T1c', 'T2', 'Flair'] CRITICAL:niftynet: Configuration input sections are: ['T1', 'subject_id', 'T1c', 'Flair', 'T2'] Traceback (most recent call last): File "/apdcephfs/share_1290796/medzhang_data/Task/missing_modal/U-HVED/uhved_python/bin/net_run", line 8, in sys.exit(main()) File "/apdcephfs/share_1290796/medzhang_data/Task/missing_modal/U-HVED/uhved_python/lib/python3.6/site-packages/niftynet/init.py", line 141, in main app_driver.initialise_application(system_param, input_data_param) File "/apdcephfs/share_1290796/medzhang_data/Task/missing_modal/U-HVED/uhved_python/lib/python3.6/site-packages/niftynet/engine/application_driver.py", line 167, in initialise_application data_param, app_param, self.data_partitioner) File "/apdcephfs/share_1290796/medzhang_data/Task/missing_modal/U-HVED/extensions/multi_modal_application.py", line 97, in initialise_dataset_loader data_param, task_param, file_list) for file_list in file_lists] File "/apdcephfs/share_1290796/medzhang_data/Task/missing_modal/U-HVED/extensions/multi_modal_application.py", line 97, in data_param, task_param, file_list) for file_list in file_lists] File "/apdcephfs/share_1290796/medzhang_data/Task/missing_modal/U-HVED/uhved_python/lib/python3.6/site-packages/niftynet/io/image_reader.py", line 158, in initialise raise ValueError ValueError 我在运行时也遇到了一样的问题，麻烦问一下作者是哪里出现问题的，要怎样解决这个问题，非常感谢作者回复！ 祝好！

[YaoZhang93]

抱歉，时间比较久远我没有印象了，可以看一下config是否有问题