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YinLiLin / CMplot

📊 Circular and Rectangular Manhattan Plot
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p values should be at range of (0, 1). #118

Open wangfei20201127 opened 3 months ago

wangfei20201127 commented 3 months ago

您好，我是中国农业科学院的博士生王斐，我是在解决不了这个问题，一直说我的P值有问题，我们付费请您远程帮我看一下，您看是否可以，您可以直接通过手机微信联系我，18515952091，谢谢您

Liny2333 commented 2 months ago

你好请问你找到解决方法了吗？我也遇到了一样的问题，我的目的是画环形曼哈顿图，我发现是因为我的p值存在0的值就会报错，但是我的数据不能删除那些0值。

wangfei20201127 commented 2 months ago

我的也没找到解决的办法，所以只能把那个性状舍弃了，也不知道改怎么弄

王斐

@.*** |

---- Replied Message ---- | From | @.> | | Date | 05/8/2024 14:57 | | To | @.> | | Cc | @.> , @.> | | Subject | Re: [YinLiLin/CMplot] p values should be at range of (0, 1). (Issue #118) |

你好请问你找到解决方法了吗？我也遇到了一样的问题，我的目的是画环形曼哈顿图，我发现是因为我的p值存在0的值就会报错，但是我的数据不能删除那些0值。

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YinLiLin commented 2 months ago

你好，统计检验的P值理论上不可等于0，如果不是P值，存在0的情况，可以添加参数LOG10=FALSE；如果是P值，需要弄清楚出现0的原因，针对具体情况调整数据

Liny2333 commented 1 month ago

你好，统计检验的P值理论上不可等于0，如果不是P值，存在0的情况，可以添加参数LOG10=FALSE；如果是P值，需要弄清楚出现0的原因，针对具体情况调整数据 你好，感谢你的回复，我也意识到了这一点，但是我的数据是p值和fst值，这两个轨道的其中一个需要添加参数LOG10=FALSE，而另一个不需要，我就不知道怎么设置了。

YinLiLin commented 1 month ago

@Liny2333 可以先把数据进行转换，比如把p值提前用-log10转换好，然后再把替换好的数据赋值给CMplot，并设置参数LOG10=FALSE即可实现。

Liny2333 commented 1 month ago

@Liny2333 可以先把数据进行转换，比如把p值提前用-log10转换好，然后再把替换好的数据赋值给CMplot，并设置参数LOG10=FALSE即可实现。

谢谢，太有帮助了！！