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y叔您好,非常感谢能提供covplot这个函数出来,但是我这里想自己给条形图的颜色添加透明度,我把covplot.r脚本复制下来并library相应的包逐行运行,在getChrCov函数内的 cov <- lapply(peak.cov, slice, lower=1) 命令出现以下错误
library(ChIPseeker) library(ggplot2) library(GenomeInfoDb) library(S4Vectors) library(dplyr) library(magrittr) files <- getSampleFiles() peak=GenomicRanges::GRangesList(CBX6=readPeakFile(files[[4]]),CBX7=readPeakFile(files[[5]])) peak.gr <- peak$CBX6 weight <- mcols(peak.gr)[['V5']] peak.cov <- coverage(peak.gr, weight=weight) cov <- lapply(peak.cov, slice, lower=1) Error in UseMethod("slice") : no applicable method for 'slice' applied to an object of class "c('Rle', 'Vector', 'Annotated', 'vector_OR_Vector')"
我在网上搜索这类型的问题,说是slice所用的包dplyt版本太低,但是我认为不应该是版本问题,因为直接运行ChIpseeker::covplot 是没有报错的。请问我应该如何做才能成功运行修改后的covplot函数? 我的ChIpseeker版本是1.35.0
y叔您好,非常感谢能提供covplot这个函数出来,但是我这里想自己给条形图的颜色添加透明度,我把covplot.r脚本复制下来并library相应的包逐行运行,在getChrCov函数内的 cov <- lapply(peak.cov, slice, lower=1) 命令出现以下错误
我在网上搜索这类型的问题,说是slice所用的包dplyt版本太低,但是我认为不应该是版本问题,因为直接运行ChIpseeker::covplot 是没有报错的。请问我应该如何做才能成功运行修改后的covplot函数? 我的ChIpseeker版本是1.35.0