search

YuLab-SMU / ProjectYulab

:next_track_button: Small coding tasks that enable you to participate in our development
33 stars 3 forks source link

write an R function to parse eggNOG annotation #16

Open GuangchuangYu opened 1 year ago

GuangchuangYu commented 1 year ago

eggNOG can functionally annotate a large number of non-model organisms. Once we are able to parse the output of eggNOG, we can easily combine it for analysis with GOSemSim and clusterProfiler.

see also

FeiYee commented 1 year ago

您好，我尝试用R来复现了该功能，详情可以查看以下仓库： https://github.com/FeiYee/eggNOG.git

GuangchuangYu commented 1 year ago

@FeiYee 你的代码是解析了obo文件，这个不是必要的，因为我们可以通过GO.db来获取相应的信息。

这个issue，主要的需求是解析eggNOG的注释输出。

GuangchuangYu commented 3 months ago

您好，我尝试用R来复现了该功能，详情可以查看以下仓库： https://github.com/FeiYee/eggNOG.git

@FeiYee 我们有更通用的obo解析器，https://github.com/YuLab-SMU/obolite

51cat commented 1 month ago

余教授您好，我尝试实现了对eggNOG结果中GO的注释结果进行了解析，并使用clusterProfile进行了测试，仓库位置：https://github.com/51cat/parse_eggNOG.git 具体代码位置：https://github.com/51cat/parse_eggNOG/blob/main/R/parse.GO.r

GuangchuangYu commented 1 month ago

结果不止是GO的注释，所以你的代码是否可以更新一下，兼容不同信息的提取？

51cat commented 1 month ago

结果不止是GO的注释，所以你的代码是否可以更新一下，兼容不同信息的提取？

余教授您好，更新了代码，尝试实现了下面注释信息的提取，

输出结果可以直接用于clusterProfiler富集分析，并将上述的功能封装成了一个R包，具体请见仓库：https://github.com/51cat/parseggNOG.git，测试数据：https://github.com/51cat/parseggNOG/blob/main/test_data/eggNOG_output.tsv