YuLab-SMU / ReactomePA

Reactome Pathway Analysis
https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/
37 stars 10 forks source link

Support passing a GSON object to `enrichPathway(organism)` and `gsePathway(organism)` #39

Closed huerqiang closed 2 years ago

huerqiang commented 2 years ago

老师,此次提交主要有两项修改: (1)add function gson_Reactome 写了gson_Reactome函数来获取Reactome注释数据,并存入GSON对象中。

(2)support passing a GSON object to enrichPathway(organism) and gsePathway(organism) 让这两个函数支持GSON对象的输入。

huerqiang commented 2 years ago

老师,我此次提交删去了enrichPathway()gsePathway()的修改,只保留了新增的gson_Reactome()

GuangchuangYu commented 2 years ago

image

版本,时间这些信息是可以获取的,以前的代码没有记录这些信息,你除了调用以前的代码之外,还应该看看当前要的信息,是否可以拿到。

huerqiang commented 2 years ago

老师,我这次提交增加了version、keytype和info。 其中version是DBSCHEMAVERSION和SOURCEDATE拼接起来的(clusterProfiler::gson_GO的version只有SOURCEDATE,缺少DBSCHEMAVERSION信息,我感觉这两个信息都挺重要的,都能代表版本信息,因此就把他们拼起来了) keytype我直接写成了"ENTREZID"。因为这个函数没有提供修改基因id的选项,结果就只有“ENTREZID”了。 info我写成了SOURCEURL的信息。 image