YuLab-SMU / clusterProfiler

:bar_chart: A universal enrichment tool for interpreting omics data
https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/
1.02k stars 256 forks source link

关于GSEA中emapplot的建议 #351

Open swcyo opened 3 years ago

swcyo commented 3 years ago

在GSEA分析中,可以按NES的大小,将富集结果分为激活和抑制,该功能已经在ridgeplot实现,并且通过split=".sign"实现了分面效果

dotplot(gsea,split=".sign")+facet_grid(~.sign)

但是在可以显示网络关系的emapplot中并不能很好的体现出哪些是激活结果,哪些是抑制结果 因此我的建议是是否可以实现按ES的结果采用不同的颜色效果,比如激活(ES>0或NES>1)为红色,抑制(ES<0或NES<-1)为蓝色,然后按照P值(或-log10P值)的大小实现颜色的强度,然后点的大小可以设置为NES的值或者P值等等

GuangchuangYu commented 3 years ago

可以是可以,但这可能会限制用户设置颜色,起码门槛高了些。

我的意见是用不同的点形状,这个当前+ scale_shape_xxx是可行的。