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在GSEA分析中,可以按NES的大小,将富集结果分为激活和抑制,该功能已经在ridgeplot实现,并且通过split=".sign"实现了分面效果
ridgeplot
split=".sign"
dotplot(gsea,split=".sign")+facet_grid(~.sign)
但是在可以显示网络关系的emapplot中并不能很好的体现出哪些是激活结果,哪些是抑制结果 因此我的建议是是否可以实现按ES的结果采用不同的颜色效果,比如激活(ES>0或NES>1)为红色,抑制(ES<0或NES<-1)为蓝色,然后按照P值(或-log10P值)的大小实现颜色的强度,然后点的大小可以设置为NES的值或者P值等等
emapplot
可以是可以,但这可能会限制用户设置颜色,起码门槛高了些。
我的意见是用不同的点形状,这个当前+ scale_shape_xxx是可行的。
在GSEA分析中,可以按NES的大小,将富集结果分为激活和抑制,该功能已经在
ridgeplot
实现,并且通过split=".sign"
实现了分面效果但是在可以显示网络关系的
emapplot
中并不能很好的体现出哪些是激活结果,哪些是抑制结果 因此我的建议是是否可以实现按ES的结果采用不同的颜色效果,比如激活(ES>0或NES>1)为红色,抑制(ES<0或NES<-1)为蓝色,然后按照P值(或-log10P值)的大小实现颜色的强度,然后点的大小可以设置为NES的值或者P值等等