Open CGsTree opened 7 months ago
首先感谢余老师提供ggmsa这个好用的工具。有一个问题提出如下：
现在ggmsa函数调用了seqmagick的fa_read，而fa_read默认使用了guess_sequence_type函数来猜测序列的类型。 但这个函数在预测时，依赖于计算比对结果中，部分序列的“-”比例，导致对某些同源性较差的比对预测时，即比对结果有很多“-”时，会将AA比对错认为DNA比对。而且目前出现这种问题时没有方便解决的办法。
因此ggmsa可能需要一个选择比对序列类型的参数，或者guess_sequence_type函数需要更加智能一点，谢谢余老师
首先感谢余老师提供ggmsa这个好用的工具。有一个问题提出如下：
现在ggmsa函数调用了seqmagick的fa_read，而fa_read默认使用了guess_sequence_type函数来猜测序列的类型。 但这个函数在预测时，依赖于计算比对结果中，部分序列的“-”比例，导致对某些同源性较差的比对预测时，即比对结果有很多“-”时，会将AA比对错认为DNA比对。而且目前出现这种问题时没有方便解决的办法。
因此ggmsa可能需要一个选择比对序列类型的参数，或者guess_sequence_type函数需要更加智能一点，谢谢余老师